Trong quá trình áp dụng khoản 1 Điều 25 BLHS về miễn trách nhiệm hình sự có nhiều cách hiểu khác nhau về thuật ngữ: "do chuyển biến của tình hình", do đó việc áp dụng pháp luật trong thực tiễn chưa thống nhất. Theo đó nên sửa khoản 1 Điều 25 BLHS theo hướng: "...do sự chuyển biến của chính sách hình sự mà hành vi phạm tội...không còn nguy hiểm cho xã hội nữa" thì được miễn trách nhiệm hình sự cho dễ hiểu và thống nhất trong áp dụng pháp luật.
Thực tiễn nếu áp dụng toàn văn khoản 2 Điều 25 BLHS thì sẽ không có trường hợp nào đủ điều kiện để được đình chỉ miễn trách nhiệm hình sự, do đó không thể hiện chính sách khoan hồng đối với các bị can và không khuyến khích được các bị can khai báo thành khẩn hành vi phạm tội của mình, tố giác hành vi phạm tội của đồng phạm ảnh hưởng đến việc đấu tranh phòng chống tội phạm.
Bổ sung và hoàn thiện các quy định về chế định lỗi, chế định các giai đoạn thực hiện tội phạm (BLHS hiện hành quy định thiếu hai khái niệm tội phạm hoàn thành và tội phạm chưa hoàn thành), chế định đồng phạm (cần quy định cụ thể giữa khái niệm phạm tội có tổ chức và tổ chức phạm tội). Quy định cụ thể chế định đa tội phạm (phạm tội nhiều lần, phạm nhiều tội, phạm tội có tính chất chuyên nghiệp, tái phạm, tái phạm nguy hiểm...). Cần có hướng dẫn cụ thể về cách đánh giá, xác định thế nào "hậu quả nghiêm trọng, rất nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng" trong cấu thành một số tội danh cơ bản. Quy định cụ thể về một số tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ trách nhiệm hình sự như: "vượt quá giới hạn của phòng vệ chính đáng, tình thế cấp thiết, phạm tội vì hoàn cảnh đặc biệt khó khăn mà không phải do mình gây ra..."; "phạm tội có tổ chức và tổ chức phạm tội, phạm tội có tính chất côn đồ, phạm tội vì động cơ đê hèn..." để tránh áp dụng tùy tiện.