Trong thực tiễn áp dụng BLTTHS thấy còn một số vướng mắc trong việc nhận thức và áp dụng ví dụ như:
- Điều 26 BLTTHS năm 2003 quy định: trong phạm vi trách nhiệm của mình các Cơ quan Nhà nước phải áp dụng các biện pháp phòng ngừa tội phạm, phối hợp với CQĐT, VKS, Tòa án trong việc đấu tranh phòng ngừa và chống tội phạm. Nhưng trong thực tế thực hiện còn thiếu những quy định cụ thể về cách thức hoạt động và cơ chế phối hợp của cơ quan nhà nước với CQĐT, VKS nên cần bổ sung qui định này. Cũng tại Điều luật này đã quy định các Cơ quan Nhà nước phải thông báo ngay cho CQĐT, VKS mọi hành vi phạm tội xảy ra trong cơ quan, lĩnh vực mình quản lý…Thời điểm thông báo ngay được hiểu như thế nào. Nếu Cơ quan Nhà nước không thực hiện nguyên tắc này thì có chế tài gì, cần có hướng dẫn bổ sung về quy trình thông báo, thời gian thông báo của các cơ quan Nhà nước với các cơ quan pháp luật nếu không đây chỉ là một quy định tùy nghi và thực tiễn sẽ không thực hiện đầy đủ.
BLTTHS không đưa ra khái niệm về người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan đến vụ án nên nảy sinh nhiều vướng mắc trong việc xác định tư cách pháp lý của người tham gia tố tụng.
Khoản 4 Điều 81 BLTTHS quy định: Trong mọi trường hợp, việc bắt khẩn cấp phải được báo ngay cho VKS cùng cấp bằng văn bản. Cần được hiểu như thế nào về thời gian CQĐT báo ngay cho VKS cùng cấp. Do vậy, cần phải có quy định cụ thể tại các thông tư hướng dẫn.
BLTTHS không quy định hiệu lực của lệnh bắt khẩn cấp, quyết định bắt tạm giam trong trường hợp chưa bắt được đối tượng nên trong thực tiễn áp dụng nảy sinh nhiều vướng mắc trong việc xác định hiệu lực để áp dụng thủ tục truy nã bị can. Ví dụ: Sau khi lệnh bắt khẩn cấp, quyết định bắt tạm giam bị can có liệu lực pháp luật thì sau bao nhiêu ngày CQĐT có quyền ra quyết định truy nã.
Bộ luật không quy định việc tạm giam đối với các trường hợp bị can, bị cáo phạm tội có mức hình phạt cao nhất đến 2 năm, trong quá trình điều tra bỏ trốn, CQĐT ra lệnh truy nã, khi bị bắt bị can không khai rõ hành vi phạm tội cản trở hoạt động điều tra nếu tiếp tục để bị can tại ngoại sẽ không thể điều tra làm rõ vụ án đây là vướng mắc phát sinh trong thực tiễn áp dụng pháp luật.
Khoản 5 Điều 92 BLTTHS quy định: Cá nhân hoặc tổ chức nhận bảo lĩnh vi phạm nghĩa vụ đã cam đoan phải chịu trách nhiệm về nghĩa vụ đã cam đoan… vậy trách nhiệm họ phải chịu cụ thể là gì và cần có hình thức xử lý như thế nào để việc bảo lĩnh được chấp hành nghiêm theo tinh thần của điều luật.
Về tiếp nhận xử lý tin báo, tố giác về tội phạm: Theo quy định tại Điều 103 BLTTHS thì việc tiếp nhận, xác minh, xử lý tin báo, tố giác tội phạm thuộc trách nhiệm của CQĐT. Những trường hợp CQĐT trực tiếp nhận được tin báo, tố giác tội phạm lại không thông báo cho VKS cùng cấp biết. Quy định này dẫn đến một thực trạng là VKS không nắm được đầy đủ, kịp thời các tin báo, tố giác về tội phạm xảy ra trên thực tế, cũng như thực tế xử lý tin báo, tố giác của CQĐT, do vậy số vụ án đưa ra truy tố chưa phản ánh được thực trạng tình hình tội phạm (cả về số lượng và cơ cấu của tội phạm) nên VKS không thể kiểm sát được việc giải quyết của CQĐT đã làm giảm hiệu quả công tác THQCT, KSĐT.
Về kiểm sát việc khởi tố và không khởi tố vụ án hình sự: Điều 104, Điều 108 BLTTHS quy định việc khởi tố, không khởi tố vụ án hình sự. Khi CQĐT ra quyết định khởi tố, không khởi tố vụ án hình sự trong thời hạn 24 giờ phải gửi quyết định khởi tố, không khởi tố, kèm theo tài liệu liên quan cho VKS. Tuy nhiên trong thực tế việc chấp hành quy định này của CQĐT chưa nghiêm túc. Vì vậy, VKS rất khó khăn trong việc kiểm sát các quyết định khởi tố, không khởi tố vụ án của CQĐT, đây là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng khởi tố rồi nhưng phải đình chỉ hoặc để lọt tội phạm.
Điều 116 BLTTHS quy định: việc chuyển vụ án phải có văn bản đề nghị của CQĐT. Trong thực tiễn nảy sinh tình huống CQĐT chưa muốn chuyển vụ án nên không làm văn bản đề nghị do đó vụ án bị kéo dài gây khó khăn cho hoạt động điều tra.
Điều 119 BLTTHS không quy định cụ thể về việc tính thời hạn điều tra trong trường hợp tách, nhập vụ án hoặc trong một vụ án khởi tố nhiều tội danh khác nhau, có bị can bị khởi tố về tội đặc biệt nghiêm trọng, có bị can bị
khởi tố về tội ít nghiêm trọng hoặc tách nhập nhiều vụ án hình sự đã được khởi tố ở nhiều thời điểm khác nhau việc tính thời hạn điều tra vụ án gặp nhiều khó khăn trong việc hiểu và áp dụng luật.
BLTTHS không có quy định nào về người đại diện hợp pháp của bị can, bị cáo là người đã thành niên mà có nhược điểm về tâm thần hoặc thể chất; vì vậy, đã gây khó khăn trong tình huống bị can, bị cáo hoặc nhân chứng là người câm điếc nhưng không được học ở trường câm điếc nên giáo viên ở trường câm điếc không thể phiên dịch được "ký hiệu", luật sư không thể bào chữa được cho bị cáo hoặc không thể phiên dịch được "ký hiệu" của nhân chứng dẫn đến việc phải hoãn phiên tòa, không bảo đảm thời hạn xét xử.
BLTTHS chưa quy định thời hạn CQĐT thực hiện yêu cầu của VKS trong việc giao hồ sơ để thực hiện quyền năng kiểm sát hồ sơ vụ án. Do vậy, trong thực tế còn nhiều bất cập khi VKS yêu cầu nhưng CQĐT vì nhiều lý do khác nhau nên không giao hồ sơ kịp thời để thực hiện kiểm sát lập hồ sơ nên hoạt động KSĐT đạt hiệu quả không cao, do vậy cần có văn bản liên ngành để quy định về vấn đề này.
Điều 113 BLTTHS quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của VKS khi THQCT trong giai đoạn điều tra.
Tại khoản 4 quy định: VKS có quyền yêu cầu CQĐT cung cấp tài liệu cần thiết về vi phạm pháp luật của ĐTV. Nhưng chưa có quy định về thời điểm cụ thể mà CQĐT phải cung cấp. Cần có văn bản dưới luật hướng dẫn cụ thể qui định này.
Tại khoản 5 quy định: VKS có quyền kiến nghị với cơ quan tổ chức hữu quan áp dụng các biện pháp phòng ngừa tội phạm và vi phạm pháp luật. Tuy đã có quy định về trách nhiệm phải thực hiện của các cơ quan, tổ chức nhưng việc thực hiện của các cơ quan đã được kiến nghị và trách nhiệm thực hiện kiến nghị chưa được quy định cụ thể nên hiệu quả của việc áp dụng biện pháp phòng ngừa vi phạm và tội phạm chưa cao. Cần có văn bản hướng dẫn
cụ thể việc các cơ quan tổ chức tiếp thu, tổ chức thực hiện và thông báo kết quả thực hiện cho VKS.
Tại khoản 2 Điều 150 BLTTHS: Khám nghiệm hiện trường có thể tiến hành trước khi khởi tố vụ án hình sự. Trong mọi trường hợp trước khi khám nghiệm, ĐTV phải thông báo cho VKS cùng cấp biết, KSV phải có mặt để khám nghiệm hiện trường. Tuy nhiên, căn cứ vào quy định phân công trách nhiệm và quan hệ phối hợp trong công tác điều tra giải quyết tai nạn giao thông của lực lượng Cảnh sát nhân dân (Ban hành kèm theo quyết định 768/2006/BCA ngày 20/6/2006 của BCA). Hầu hết các vụ tai nạn giao thông không có người chết tại hiện trường hoặc trên đường đi cấp cứu, cơ quan thụ lý không báo cho VKS. Sau này VKS chỉ tham gia việc dựng hiện trường nên có lúc, có nơi còn thiếu khách quan, không đúng tinh thần Điều 150 BLTTHS.
Tại khoản 2 Điều 153 BLTTHS: Khi tiến hành thực nghiệm điều tra phải có người chứng kiến và trong trường hợp cần thiết người bị tạm giữ, bị can, người bị hại, người làm chứng cũng có thể tham gia. Điều luật không quy định sự tham gia của KSV đã gây khó khăn cho thực tiễn phối hợp công tác.
Tại Điều 168 BLTTHS quy định về những căn cứ để trả hồ sơ điều tra bổ sung đó là: Còn thiếu những chứng cứ quan trọng đối với vụ án mà VKS không thể tự mình bổ sung được; có căn cứ để khởi tố bị can về một tội phạm khác hoặc có người đồng phạm khác; có vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng.
Điều 303 BLTTHS: Bắt, tạm giữ, tạm giam (người chưa thành niên). Khoản 1 Điều 303 BLTTHS quy định: Người từ đủ 14 đến dưới 16 tuổi có thể bị bắt, tạm giữ, tạm giam…, nhưng về bắt tạm giữ, tạm giam người chưa thành niên chỉ trong những trường hợp phạm tội rất nghiêm trọng do cố ý hoặc phạm tội đặc biệt nghiêm trọng. Khoản 2 quy định: Người từ đủ 16 đến dưới 18 tuổi có thể bị bắt, tạm giữ, tạm giam…, nhưng chỉ trong những trường hợp phạm tội nghiêm trọng do cố ý, phạm tội rất nghiêm trọng hoặc phạm tội đặc biệt nghiêm trọng.
Thực tế có những bị can là người chưa thành niên không bị bắt, tạm giữ, tạm giam theo những quy định trên nhưng lại bỏ trốn hoặc tiếp tục phạm tội mới nếu không áp dụng biện pháp ngăn chặn thì không xử lý được, nhưng nếu áp dụng thì vi phạm quy định của pháp luật.