Lô hàng thực phẩm có thể đợc miễn kiểm tra, bị kiểm tra đại diện hoặc bị kiểm tra toàn bộ. Đối với việc kiểm tra do cơ quan hải quan phụ trách, hình thức kiểm tra đại diện phần lớn đợc áp dụng. Giám đốc hải quan cảng sẽ chỉ định số l- ợng định mức đại diện để kiểm tra trong những điều kiện đảm bảo an toàn hợp lý cho hàng, thông thờng với mức đại diện từ 3-10%. Miễn kiểm tra sẽ đợc áp dụng đối với lô hàng mà chủ hàng hay ngời nhập khẩu có lịch sử chấp hành nghiêm túc mọi quy định của hải quan về nhập khẩu. Đôi khi, dựa vào các kỹ thuật quản lý rủi ro và xem xét các thông tin trên chứng từ nhập khẩu, cơ quan hải quan Mỹ không cần phải tiến hành kiểm tra trực tiếp lô hàng. Tuy nhiên, nếu trong một lần kiểm tra hải quan Mỹ phát hiện có sự gian lận và chủ hàng phải chịu mức phạt trên 100 USD trở lên thì trong vòng 10 năm liền, chủ hàng này sẽ liên tục bị kiểm tra tất cả các hàng hoá mà họ nhập qua hải quan Mỹ. Hình thức kiểm tra toàn bộ sẽ đợc áp dụng nếu có sự vi phạm nghiêm trọng giữa số lợng hàng khai báo trên chứng từ so với số hàng thực tế đợc kiểm tra hoặc nếu hàng bị nghi ngờ và có bằng chứng xác
thực chứng minh rằng ma túy đợc cất giấu trong đó. Đối với những mặt hàng thực phẩm mà việc phân loại, xác định trị giá tính thuế là quá phức tạp, hải quan Mỹ sẽ lu giữ lại một kiện hàng hoặc một phần trong lô hàng nhập khẩu để phân tích và kiểm tra. Phần còn lại của lô hàng có thể đợc thông quan có điều kiện trớc. Sau khi kiểm tra xong, kiện hàng hay một phần lô hàng đó sẽ đợc gửi trả cho chủ hàng hoặc ngời nhập khẩu.
Đối với việc kiểm tra do các cơ quan quản lý an toàn thực phẩm của Mỹ tiến hành, lô hàng thực phẩm có thể bị kiểm tra hoặc miễn kiểm tra phụ thuộc vào bản chất lô hàng, lịch sử nhập khẩu của chủ hàng. Lấy mẫu từ lô hàng và tiến hành kiểm tra, phân tích mẫu trong phòng thí nghiệm là hình thức kiểm tra thông dụng hơn so với cách kiểm tra toàn bộ lô hàng. Kiểm tra trên mẫu là một đặc điểm riêng có đối với hàng thực phẩm nhập khẩu.