Thực hiện Nghị định 281/HĐBT ngày 07/8/1990 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) “V/v thành lập hệ thống thu thuế Nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính”, ngày 21/8/1990 Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ký Quyết định số 314/TC/QĐ/TCCB thành lập cơ quan thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trong đó có Cục thuế Hà Nam Ninh. Cục thuế Hà Nam Ninh được tách ra từ Sở Tài chính Hà Nam Ninh trên cơ sở hợp nhất 3 tổ chức thu: Chi cục thu quốc doanh, Chi cục thuế công thương nghiệp và Chi cục thuế nông nghiệp. Cơ cấu tổ chức của Cục thuế khi đó gồm 10 phòng và 20 Chi cục thuế các huyện, thành phố, thị xã, với số cán bộ công chức thuế là 1319 người, văn phòng Cục thuế đặt tại thành phố Nam Định.
Thực hiện Nghị quyết Quốc hội khóa VIII về việc chia tách tỉnh Hà Nam Ninh thành 2 tỉnh: Nam Hà và Ninh Bình, Cục thuế Nam Hà được thành lập theo Quyết định số 56/TC/QĐ/TCCB ngày 29/01/1992 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Cơ cấu tổ chức của Cục thuế Nam Hà gồm 11 phòng, 10 Chi cục thuế các huyện, thành phố, thị xã với số cán bộ công chức thuế là 935 người.
Thực hiện Nghị quyết Quốc hội khóa IX về việc chia tách tỉnh Nam Hà thành 2 tỉnh: Nam Định và Hà Nam, ngày 14/12/1996 Bộ trưởng Bộ Tài chính
đã ký Quyết định số 1135/TC/QĐ/TCCB thành lập Cục thuế Nam Định. Số cán bộ công chức thuế (đến 30/6/2011) là: 736 người, trong đó có 03 thạc sỹ (chiếm 0,41%), 357 đại học (chiếm 49%), 323 trung cấp (chiếm 44%), còn lại 53 người (chiếm 7,2%).