Chiếm một tỷ trọng rất lớn trong tổng số thu thuế thu nhập cá nhân của Cục thuế tỉnh Nam Định là số thu từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản (Trung bình từ năm 2009 đến 6 tháng đầu năm 2011 số thu từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản chiếm 56% trên tổng số thu thuế TNCN). Hiện nay, tại các cơ quan thuế tỉnh Nam Định, hoạt động chuyển nhượng bất động
sản được tính 2% thuế thu nhập cá nhân trên giá trị chuyển nhượng. Đa số các trường hợp chuyển nhượng tính thuế như trên là đúng, tuy nhiên cũng vẫn tồn tại một số bất cập cần giải quyết, cụ thể là:
- Đối với trường hợp người chuyển nhượng bất động sản chỉ có một nhà ở, quyền sử dụng đất duy nhất thì sẽ được miễn thuế thu nhập cá nhân khi chuyển nhượng bất động sản. Nhưng tài liệu làm căn cứ để xác định tính duy nhất của bất động sản của người chuyển nhượng, cơ quan chịu trách nhiệm trong việc xác nhận bất động sản là duy nhất lại không được quy định rõ ràng trong các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập cá nhân. Điều này gây khó khăn cho người nộp thuế trong việc hồn thiện các thủ tục hành chính để được miễn thuế thu nhập cá nhân, đồng thời cán bộ thuế cũng khó có căn cứ chính xác để giải quyết các trường hợp miễn thuế này. Hiện nay, khi tính thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản, các cơ quan thuế của tỉnh Nam Định đều mặc định tính 2% trên giá trị chuyển nhượng bất động sản mà không quan tâm đến việc bất động sản đó có phải là duy nhất đối với người chuyển nhượng không.
- Theo quy định của Luật thuế thu nhập cá nhân thì nếu người chuyển nhượng bất động sản chứng minh được giá mua bất động sản, giá bán bất động sản và các chi phí liên quan sẽ được tính thuế thu nhập cá nhân bằng 25% thu nhập tính thuế (Thu nhập tính thuế = giá bán – giá mua – chi phí mua). Trường hợp việc chuyển nhượng bất động sản bị lỗ (thu nhập tính thuế <0) thì người chuyển nhượng khơng phải nộp thuế thu nhập cá nhân. Nếu tính thuế thu nhập cá nhân theo mức 2% giá trị chuyển nhượng thì dù việc chuyển nhượng bị lỗ người chuyển nhượng vẫn phải nộp thuế thu nhập cá nhân. Tuy nhiên, việc xác định giá mua, giá bán và các chi phí liên quan rất khó vì nhiều khi giá trị thanh tốn thực tế khác xa so với giá trị ký kết trong hợp đồng mua bán bất động sản; Do đó, để tránh thất thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế
Nam Định thực hiện thu theo mức 2% trên giá trị chuyển nhượng. Đây là một bất cập khá lớn phát sinh trong thực tế quản lý thu thuế thu nhập cá nhân của Cục Thuế tỉnh Nam Định nói riêng và ngành thuế cả nước nói chung.