Nhập siêu của Việt Nam xuất phát từ cơ cấu hàng hóa xuất nhập khẩu “bất cân xứng”. Việt Nam xuất khẩu chủ yếu là sản phẩm thô như nông sản, nguyên liệu, loại hàng hóa thâm dụng lao động…có giá trị thấp. Ngược lại, Việt Nam nhập khẩu những sản phẩm có giá trị cao như máy móc, thiết bị, hàng tiêu dùng cao cấp. Ví dụ năm 2009, trong số 12 sản phẩm có kim ngạch xuất khẩu trên 1 tỉ USD có tới 5 mặt hàng nông sản (thủy sản, gạo, gỗ, cà phê, cao su); trong khi đó, hàng nhập khẩu chủ yếu là thiết bị, máy móc, linh kiện điện tử, hóa chất, tân dược,…
Kim ngạch xuất khẩu suốt 16 năm qua (1993-2009) của Việt Nam đều thấp hơn kim ngạch nhập khẩu, đặc biệt là sau khi gia nhập WTO, tốc độ tăng trưởng nhập khẩu tăng cao hơn xuất khẩu, dẫn tới tình trạng nhập siêu cao. Năm 2009, tổng kim ngạch xuất khẩu ước tính đạt 56,584 tỷ USD, giảm 9,7% so với năm 2008 (là năm đầu tiên kim ngạch xuất khẩu giảm so với năm trước đó). Về nhập khẩu, kim ngạch cả năm 2009 ước đạt 68,83 tỷ USD và giảm 14,7% so với năm 2008. Năm 2009 là năm thứ hai (sau năm 1998) kim ngạch nhập khẩu giảm so với năm trước đó, nhưng mức độ giảm mạnh hơn (năm 1998 chỉ giảm 0,8%).
Cuộc khủng hoảng tài chính và suy thoái kinh tế thế giới năm 2008 làm cho thị trường xuất khẩu lớn bị co lại (xuất khẩu của Việt Nam sang Mỹ giảm 5,5%, sang ASEAN giảm 16,4%, sang Nhật Bản giảm 27,7%, sang Úc giảm 48%) dẫn tới giá xuất khẩu bị giảm theo. Cuộc khủng hoảng cũng làm cho hàng hóa Việt Nam bị cạnh tranh gay gắt hơn ở thị trường xuất khẩu. Trong khi xuất khẩu phục hồi chậm thì nhập khẩu tăng nhanh nhờ gói kích cầu. Khi sản xuất được kích thích phát triển thì nhu cầu nhập khẩu gia tăng.