Để tăng hiệu quả của phản ứng PCR trong quá trình thực hiện các phản ứng chúng tôi tiến hành điều chỉnh lƣợng mẫu, nồng độ mồi, lƣợng Mg2+, nhiệt độ bắt cặp mồi, thành phần hỗn hợp phản ứng và chu kỳ nhiệt của phản ứng đƣợc tối ƣu hoá, để đảm bảo cho cho phản ứng PCR xảy ra đặc hiệu và đạt hiệu quả cao nhất .
Hình 3.2: Kết quả điện di sản phẩm PCR nhân vòng DNA-A của TLCV
M: Marker 1Kb; 1, 5: HN; 2, 6: BG; 3, 7: LS; 4, 8: đối chứng âm. 1-4: Nhân đoạn gen V1 bằng cặp mồi prV324N/prC889N, 5-8: Nhân đoạn A bằng cặp mồi TYLC- A-F/TYLC-A-R
Sử dụng cặp mồi prV324N/prC889N chúng tôi đã nhân đƣợc đoạn gen V1 của TLCV. Đoạn DNA-A còn lại đƣợc nhân lên bằng cặp mồi TYLCV-A- F/TYLCV-A-R. Kết quả cả 3 mẫu HN, BG và LS đều cho băng đặc hiệu. Theo tính toán lý thuyết, sản phẩm PCR với cặp mồi prV324N/prC889N có kích thƣớc khoảng 500 bp, với cặp mồi TYLCV-A-F/TYLCV-A-R có kích thƣớc khoảng 2300 bp. Kết quả PCR khuếch đại các đoạn DNA vòng DNA-A của TLCV đƣợc điện di trên gel agarose 0,8% (Hình 3.2).
Kết quả điện di trên hình cho thấy sản phẩm PCR khá đặc hiệu, cho những băng có kích thƣớc nhƣ tính toán lý thuyết. Chỉ duy nhất mẫu TLCV-HN chạy với cặp mồi prV324N/prC889N xuất hiện 2 băng DNA, trong đó có 1 băng DNA có kích thƣớc mong muốn. Bƣớc đầu kết luận đã nhân dòng thành công các đoạn của DNA-A của TLCV. Để có kết luận chính xác hơn chúng tôi tiến hành tách dòng và đọc trình tự gen.
Comment [SCD18]: Marker