Bảng 3.2: Hệ số tƣơng đồng và sai khác giữa trình tự nucleotide vòng DNA-A của 3 thể phân lập HN, BG, LS với các trình tự trên ngân hàng gen thế giới
Hệ số tƣơng đồng
Hệ
số
sai k
Dựa vào kết quả BLAST/NCBI (Hình 3.8, 3.9, 3.10) và bảng hệ số tƣơng đồng (Bảng 3.2) cho thấy:
+ Độ tƣơng đồng của thể phân lập BG so với các mẫu trên thế giới dao động từ 61,8% đến 92,5%. Trong đó độ tƣơng đồng so với nhóm Old world dao động từ 61,8% đến 67,2%, còn so với nhóm New world từ 71,3% đến 92,5%.
+ Độ tƣơng đồng của thể phân lập HN so với các mẫu trên thế giới dao động từ 62,1% đến 97,4%. Trong đó độ tƣơng đồng so với nhóm Old world dao động từ 62,1% đến 67,3%, còn so với nhóm New world từ 71,8% đến 97,4%.
+ Độ tƣơng đồng của thể phân lập LS so với các mẫu trên thế giới dao động từ 62,3% đến 98,4%. Trong đó độ tƣơng đồng so với nhóm Old world dao động từ 62,3% đến 64%, còn so với nhóm New world từ 71,4% đến 98,4%.
Theo tiêu chuẩn của Ủy ban Quốc tế về phân loại virus (International committee on Taxonomy of Viruse, ICTV) đối với chi Begomovirus thì hai dòng virus có độ tƣơng đồng di truyền về trình tự nucleotide DNA-A trên 89% thì có thể coi là cùng một loài [10]. Dựa vào tiêu chuẩn này có thể kết luận thể phân lập HN cùng loài với Tomato leaf curl Hanoi virus (có độ tƣơng đồng 97,4%).
Thể phân lập BG thuộc loài Tomato leaf curl Hainan virus (độ tƣơng đồng là
92,5%). Tƣơng tự, thể phân lập LS cùng loài với Papaya leaf curl China virus (độ tƣơng đồng là 98,4%).
3.2.2. Đánh giá tính đa dạng của các thể phân lập BG, HN, LS thông qua cây phát sinh chủng loại cây phát sinh chủng loại
Cây phát sinh chủng loại đƣợc xây dựng theo phƣơng pháp Maximum Parsimony (MP) sử dụng ClustalW/DNAstar để so sánh các trình tự gen virus của ba tỉnh phân lập đƣợc với 47 trình tự gen của các loài Begomovirus khác nhau trên thế giới đƣợc công bố trên Ngân hàng gen (NCBI).