tƣơng ứng trên GenBank
Xác định trình tự nucleotide:
Chọn các mẫu plasmid tái tổ hợp có kích thƣớc nhƣ mong muốn để tinh sạch và xác định trình tự trên máy đọc trình tự tự động. Sử dụng các phần mềm DNAstar, BioEdit và MEGA 4 để so sánh các trình tự gen và dựng cây phát sinh chủng loại theo phƣơng pháp tối đa (Maximum Parsimony (MP)) trên cở sở các số liệu thu đƣợc qua so sánh các trình tự gen.
Phân tích trình tự nucleotide của các gen thu được:
So sánh các trình tự thu đƣợc với các trình tự gen trong BLAST của NCBI để xác nhận gen tách dòng đƣợc là đoạn gen quan tâm. Sau đó so sánh các trình tự gen ở các tỉnh thành khác nhau với nhau để đánh giá mức độ tƣơng đồng di truyền giữa các thể phân lập và so sánh với các trình tự tƣơng ứng đã công bố trên Ngân hàng gen thế giới (GenBank).
Bảng 2.11: Bảng các mã số (GenBank ID), nguồn gốc các trình tự DNA-A của các chủng virus trên thế giới đƣợc sử dụng trong so sánh tạo cây phát sinh chủng loại
NEW WORLD VIRUSES
STT Loài Vật chủ Mã số
GenBank
Nguồn gốc đất nƣớc
1 Bean dwarf mosaic virus Bean M88179 Braxin 2 Sida golden mosaic Costa Rica virus Sida rhombifolia X99550 Costa Rica 3 Abutilon mosaic virus Abutilon sellovianum
Regel
X15983 Đức 4 Rhynchosia golden mosaic virus Rhynchosia minima AF239671 Honduras 5 Tomato mottle Taino virus Tomato AF012300 Mexico 6 Tomato golden mottle virus Tomato AF132852 Mỹ 7 Kudzu mosaic virus Kudzu DQ641690 Việt Nam
OLD WORLD VIRUSES
STT Loài Vật chủ Mã số
GenBank
Nguồn gốc đất nƣớc
1 Ageratum leaf curl virus Ageratum conyzoides AJ851005 Trung Quốc 2 Ageratum yellow vein virus Weed X74516 Singapore 3 Ageratum yellow vein virus Sauropus androgynus JN809812 Thái Lan 4 Ageratum yellow vein China virus Ageratum conyzoides AJ849916 Trung Quốc 4 Cotton leaf curl Multan virus Cotton AJ002459 Pakistan 5 Erectites yellow mosaic virus Fireweed DQ641698 Việt Nam 6 Eupatorium yellow vein virus Eupatorium makinoi AJ438936 Anh
7 Indian cassava mosaic virus Cassava AJ314739 Ấn Độ 8 Lindernia anagallis yellow vein
virus
False pimpernel DQ641701 Việt Nam 9 Ludwigia yellow vein Vietnam virus Primrose willow DQ641699 Việt Nam 10 Mimosa yellow leaf curl virus Mimosa DQ641695 Việt Nam 11 Papaya leaf curl China virus Corchoropsis timentosa AJ876548 Trung Quốc 12 Papaya leaf curl China virus Siegesbeckia orientalis JF682837 Trung Quốc 14 Papaya leaf curl China virus Tomato AJ558116 Trung Quốc 15 Papaya leaf curl China virus Tobacco DQ641700 Việt Nam 16 Papaya leaf curl China virus Tomato JX555979 Trung Quốc 17 Papaya leaf curl China virus Tomato AJ704604 Trung Quốc 18 Papaya leaf curl China virus Lycopersicon esculentum AJ558117 Trung Quốc 19 Pepper leaf curl virus Chilli AF414287 Malaysia 20 Sida leaf curl virus Sida cordifolia AM050730 Trung Quốc 21 Sida yellow mosaic virus Sida acuta AJ810096 Trung Quốc 22 Sida yellow vein Vietnam virus Arrow leaf DQ641696 Việt Nam 23 Squash leaf curl Yunnan virus Squash AJ420319 Trung Quốc 24 Stachytarpheta leaf curl virus Stachytarpheta AJ810157 Trung Quốc 25 Tobacco leaf curl Yunnan virus Tomato AJ566744 Trung Quốc 26 Tomato leaf curl Gujarat virus Tomato AY234383 NePan 27 Tomato leaf curl Hainan virus Tomato FN434083 Trung Quốc 28 Tomato leaf curl Hainan virus Papaya HQ162268 Việt Nam 29 Tomato leaf curl Hainan virus Papaya HQ162268 Việt Nam 30 Tomato leaf curl Hanoi virus Tomato HQ162270 Việt Nam 31 Tomato leaf curl Laos virus Tomato AF195782 Lào 32 Tomato leaf curl Malaysia virus Tomato AF327436 Malaisia 33 Tomato leaf curl Taiwan virus Tomato GU723708 Đài Loan 34 Tomato leaf curl Vietnam virus Tomato GQ373254 Việt Nam 35 Tomato leaf curl Vietnam virus Tomato EU368372 Việt Nam 36 Tomato leaf curl Vietnam virus Tomato GQ338766 Việt Nam 37 Tomato leaf curl Vietnam virus Tomato GQ870288 Việt Nam 38 Tomato leaf curl virus Tomato S53251 Mỹ 39 Tomato yellow leaf curl Thailand
virus
Tomato AY514630 Thái Lan 40 Tomato yellow leaf curl virus Tomato AB116629 Nhật Bản
CHƢƠNG III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN