Đấu thầu mới xuất hiện ở Việt Nam nên các quy định, các quy chế đấu thầu còn nhiều bất cập chưa rõ ràng. Cụ thể như về giá trúng thầu cũng cần phải xem xét, theo luật đấu thầu, nhà thầu trúng thầu là nhà thầu có giá đánh giá thấp nhất nhưng không vượt giá gói thầu được phê duyệt trong kế hoạch đấu thầu. Nguyên tắc này chỉ phù hợp với một số nước phát triển có trình độ cao. Lý do là khi phê duyệt giá trị gói thầu thì chế độ chính sách khác với thời điểm đấu thầu, do nhà nước có thay đổi về chế độ tiền lương cho doanh nghiệp, dẫn đến việc phát sinh chi phí là điều không thể tránh khỏi.
Cụ thể ở khu vực Móng Cái khi dự toán tính ở thời điểm nhân công được điều chỉnh với hệ số 2,67 theo văn bản số 982/SXD-KTXD ngày 21/6/2011 về việc hướng dẫn điều chỉnh dự toán xây dựng công trình được áp dụng cho thời điểm 01/01/2011 thực hiện đúng theo nghị định số 108/2010 ngày 29/10/2010 của chính phủ). Đến ngày 10/01/2012 hệ số điều chỉnh nhân công lúc này là 3,96 theo văn bản số 56/SXD-KTXD về việc “Hướng dẫn điều chỉnh dự toán trên địa bàn tỉnh từ ngày 01/10/2011” vào thời điểm sau ngày 10/11/2011 nhưng sau đó điều chỉnh lên hệ số 3,96 một khoảng cách không hề nhỏ. Dẫn tới 10% dự phòng không thể đủ cho việc phát sinh trên. Vấn đề lúc này sẽ phải hiểu như thế nào, nếu nhà thầu làm đúng chế độ ắt sẽ vượt giá gói thầu, còn làm sai để cố tình trúng thầu thì chất lượng công trình có dám chắc là sẽ đảm bảo như cam kết hay không.
Theo điều 29 nghị định 85/2009/NĐ-CP có nêu: Sau khi mở thầu nhà thầu có trách nhiệm làm rõ hồ sơ dự thầu khi có yêu cầu của bên mời thầu theo quy định tại điều 36 của luật đấu thầu, trường hợp hồ sơ dự thầu thiếu các tài liệu như giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đầu tư, quyết định thành lập, chứng chỉ chuyên môn và các tài liệu khác theo yêu cầu của hồ sơ mời thầu thì bên mời thầu yêu cầu nhà thầu bổ sung tài liệu nhằm chứng minh tư cách hợp lệ, năng lực và kinh nghiệm với điều kiện không làm thay đổi nội dung cơ bản của hồ sơ dự thầu đã nộp, không thay đổi giá dự thầu. Vậy nội dung cơ bản ở đây là gì.
Như vậy nhà thầu được phép bổ sung hồ sơ dự thầu theo yêu cầu của bên mời thầu, bên mời thầu được phép cho nhà thầu bổ sung hồ sơ dự thầu đã nộp.
Đây là quy định khá mở xong nó lại tiềm ẩn nhiều khẽ hở cho những ai muốn lợi dụng để “lách luật” bởi nhà thầu được bổ sung tài liệu rất quan trọng để làm thay đổi việc đáp ứng hay không đáp ứng với điều kiện tiên quyết (tư cách hợp lệ, năng lực kinh nghiệm).