Khó khăn trong việc áp dụng luật:
Việc áp dụng luật cũng bộc lộ một số tồn tại, gây hệ lụy không nhỏ cần sớm sửa đổi cho phù hợp với thực tiễn cuộc sống. Đến nay chưa có văn bản hướng dẫn về các loại chi phí liên quan đến quá trình lựa chọn nhà thầu, chưa sửa đổi, bổ sung hướng dẫn thủ tục xuất nhập khẩu hàng hóa của nhà thầu trong nước và nước ngoài. Tính chuyên nghiệp về đấu thầu còn hạn chế, lại thiếu đồng đều giữa các địa phương. Công tác theo dõi, phát hiện sai sót, tiêu cực còn hạn chế, gặp nhiều khó khăn do chế độ báo cáo chưa được quy định cụ thể. Bên cạnh đó, còn hạn chế về năng lực nên không đủ trình độ kiểm soát nhiệm vụ và mục tiêu được giao, thể hiện qua việc lúng túng từ khâu lập kế hoạch đấu thầu, thẩm định hồ sơ mời thầu và phê duyệt kết quả đấu thầu. Bộc lộ bất cập và sự non yếu trong cách xử lý những việc liên quan đến đấu thầu.
Cụ thể, văn bản pháp lý của Việt Nam về đấu thầu thường gộp chung vào một tài liệu đã gây rất nhiều lầm lẫn cho người tổ chức thực hiện. Chẳng hạn, nhiều người đã có nhiều năm kinh nghiệm tổ chức đấu thầu tại Việt Nam nhưng khi được hỏi vẫn bị nhầm lẫn khi nói đấu thầu xây lắp hay đấu thầu tuyển chọn tư vấn sử dụng phương thức “một túi hồ sơ” hay “hai túi hồ sơ”. Cũng có người nhầm lẫn khi cho rằng tại lễ mở thầu gói thầu xây lắp không được công khai giá dự thầu và thư giảm giá của nhà thầu.
Khó khăn trong việc bố trí vốn:
Đồng thời, việc cắt giảm đầu tư công theo tinh thần Nghị quyết 11/NQ-CP của Chính phủ đã khiến doanh nghiệp ngành xây dựng chao đảo.
Và cũng trong thời gian vừa qua có văn bản số 12067/BTC-HCSN của Bộ tài chính ngày 10/9/2013 về việc điều hành chi ngân sách nhà nước năm 2013 ghi rất cụ
thể việc sử dụnng nguồn vốn kế hoạch trong xây dựng cơ bản được thắt chặt, điều này sẽ làm cho công cuộc đầu tư xây dựng cơ bản trong thời gian tới là gặp rất nhiều hạn chế. Nhà thầu sẽ phải cân nhắc rất kỹ vấn đề có nên ký hợp đồng giao bán sản phẩm xây dựng nữa hay không.