Bào tử cĩ thể cĩ hình trịn hay bầu dục, bào tử cĩ thể hình thành chính giữa tế bào, ở một đầu hay gần một đầu của tế bào. Khi đường kính của bào tử khơng lớn hơn đường kính của tế bào thì vi khuẩn thường thuộc giống Bacillus, cịn khi đường kính của bào tử lớn hơn đường kính của tế bào thì vi khuẩn thuộc
giống Clostridium, trong trường hợp này tế bào bị căng phồng ra bởi bào tử. Sự hình thành bào tử trong vịng vài giờ phụ thuộc vào hình thái, sinh lý học và những thay đổi hĩa sinh [31].
Quá trình tạo bào tử ở C. saccharobutylicum khởi đầu bằng sự tích lũy của các thể hạt tại cuối của pha bùng nổ. Thể hạt là một cao phân tử polyglucan, cĩ chứa duy nhất liên kết ?(1- 4) của các đơn phân D-glucopyranose và sử dụng chúng làm nguồn carbon và nguồn năng lượng cho quá trình hình thành và trưởng thành của bào tử. Tương tự, một polyme phân nhánh khơng hồn chỉnh như vậy cũng được phát hiện ở C. botulinum, C. butyricum, và C. pasteurianum.
Hình 2.3: Quá trình tạo bào tử gồm 7 bước ở C. saccharobutylicum [17] Chính sự tích lũy dẫn đến sự căng phồng, cĩ hình giống như điếu xì gà,
xác định tình trạng bắt đầu hình thành bào tử mạnh mẽ của Clostridium, quá trình này là nét khác biệt chính so với Bacillus. Sau đĩ, sự phân chia khơng cân xứng ở tế bào gốc, tạo ra hai ngăn là tế bào mẹ lớn hơn và tiền bào tử nhỏ hơn. Vách của tế bào gốc vẫn bao quanh cả hai ngăn, màng tế bào chất của tế bào mẹ phát triển bao quanh tiền bào tử, thậm chí nhấn chìm nĩ hồn tồn. Vùng vỏ cĩ chứa peptidoglycan và thêm một ít protein, được sinh tổng hợp giữa hai lớp màng. Lớp áo gồm vài lớp protein, được hình thành phía ngồi màng của tiền
bào tử. Sau khi hồn thành, sự ly giải tế bào mẹ xảy ra và nhờ đĩ bào tử được
giải phĩng ra ngồi mơi trường. Quá trình tạo bào tử vi khuẩn được chia thành 7 bước thay đổi hình thái tế bào (hình 2.3), với bước cuối cùng là sự phĩng thích bào tử từ tế bào mẹ [17].