4.4.1. Khuếch đại PCR trình tự 16S rDNA
Sử dụng mồi chuyên biệt cho vi khuẩn 27F-1492R để khuếch đại vùng gen 16S rDNA [27]. Cả 8 chủng Clostridium sp. phân lập được chọn là DF3, DL1, DL2, DL3, DL4, DL5, PB7, PB10 đều cho sản phẩm khuếch đại với kích thước
được mong chờ là khoảng 1,5kb. Kết quả điện di khơng cĩ tạp nhiễm, các vạch rõ ràng chứng tỏ cặp mồi sử dụng và phản ứng PCR hoạt động tốt.
1 2 3 4 5 6 7 8
Hình 4.6: Sản phẩm PCR khi sử dụng cặp mồi 27F-1492R để khuếch đại vùng gen 16S rDNA. 1. Chứng âm; 2. Thang chu?n DNA 1 kb Ladder (0.5–10 kb) ; 3. DF3; 4. DL1; 5. DL2; 6. DL3; 7. DL4; 8. DL5.
Tiếp theo chúng tơi sử dụng cặp mồi chuyên biệt cho giống Clostridium để khuếch đại vùng gen 16S rDNA là S-G-Clos-0586-S-21 và S-G-Clos-1205-A-21 để khuếch đại vùng gen 16S rDNA để kiểm tra, cả 8 chủng Clostridium sp. phân lập được chọn là DF3, DL1, DL2, DL3, DL4, DL5, PB7, PB10 đều cho sản phẩm khuếch đại với kích thước được mong chờ là khoảng 600bp. Kết quả điện di, các vạch rõ ràng chứng tỏ cặp mồi sử dụng là chuyên biệt cho giống Clostridium, các chủng phân lập được là vi khuẩn thuộc giống Clostridium và phản ứng PCR hoạt động tốt, khơng cĩ tạp nhiễm.
1 2 3 4 5 6 7 8
Hình 4.7: Sản phẩm PCR khi sử dụng cặp mồi S-G-Clos-0586-S-21 và S-G-Clos-
1205-A-21 để khuếch đại vùng gen 16S rDNA đặc trưng cho giống Clostridium. 1. Chứng âm; 2. Thang chu?n Benchtop PCR marker (50-1000bp); 3. DF3; 4. DL1; 5. DL2; 6. DL3; 7. DL4; 8. DL5.