Người Việt ta từ xưa đến nay vốn tôn sùng đạo Phật và có đời sống tâm linh rất phong phú. Người ta thường tin vào các hiện tượng thần bí, duy tâm. Có lẽ cũng bởi nguyên nhân ấy mà chính tác giả cũng chịu ảnh hưởng của cái nhìn huyền học tôn giáo. Trong truyện, ta thấy sự kiện nào trùng với một hiện tượng thiên nhiên thích hợp cũng đều được xem là điềm ứng của thiên mệnh. Đôi khi với lối quan niệm này mà nhân dân đôi khi bị bức màn thần bí che phủ và lừa bịp. Đây cũng là điểm hạn chế do nhận thức của người Việt ta ở thời kì này.
Như mọi nơi trên thế giới, từ thuở xa xưa các dân tộc Việt Nam đã thờ rất nhiều thần linh. Họ thờ tất cả các thế lực vô hình và hữu hình mà thực chất là các hiện tượng thiên nhiên và xã hội chưa thể giải thích được. Ngày nay, nhờ những nghiên cứu, những lễ hội, những phong tục hiện hữu chúng ta biết nhiều hơn về cuộc sống vật chất cũng như tinh thần của các dân tộc Việt Nam cổ nói chung và tín ngưỡng của họ nói riêng.
Người xưa tin rằng bất cứ vật gì cũng có linh hồn, nên người ta thường thờ rất nhiều vị thần như thần Mặt Trời, Mặt Trăng, thờ Thần Sông, Thần Núi, thờ Thổ Công, Hoàng làng… Và họ tin rằng khi có lòng tôn sùng thờ cúng các vị thần ấy chu đáo, họ sẽ được các vị thần ban phúc lộc cho mình…
Bởi thế, trong tác phẩm ta thấy tác giả đã nhiều lần nói đến sự xuất hiện của các vị thần trong các giấc mơ của các nhà lãnh đạo nhằm báo trước một sự việc gì sắp diễn ra hoặc trợ giúp họ hoàn thành công việc như sự việc Nguyễn Hoàng được thần linh miếu Trảo Trảo giúp đỡ dẹp quân Mạc, hay công tử Hiệp Đức được các vị thiền sư cho bài kệ báo trước số mệnh của ông….
Ngày nay, thuật chiêm tinh không còn xa lạ với người hiện đại nữa và trong thực tế người ta đã có nhiều lý giải về những hiện tượng khoa học này nhưng ở thời trung đại, khi khoa học chưa phát triển thì chuyện xem thiên văn địa lý để đoán biết sự việc là chuyện bình thường. Thậm chí ở trong triều đình, bao giờ cũng có một vị quan chuyên về mảng xem thiên văn, để trả lời cho vua biết ý nghĩa các hiện tượng thiên nhiên. Những bậc học hành đỗ đạt cao hoặc có trình độ học vấn uyên thâm đều là những người giỏi về thuật chiêm tinh, độn số. Một trong số những người đó có Nguyễn Khoa Chiêm, ông không chỉ đưa ra những hiện tượng tự nhiên đặc biệt để giải thích các hiện tượng xã hội, ông còn dựa trên những lời sấm truyền, ngạn ngữ trong dân gian để mở đường cho sự xuất hiện của nhân vật hoặc sự kiện và coi đó như một lẽ tất nhiên.
Mặc dù là một tác phẩm văn học mang tính lịch sử khá rõ nét nhưng Nguyễn Khoa Chiêm đã đưa thêm yếu tố hoang đường vào tác phẩm nhằm làm cho tác phẩm có tính chất tiểu thuyết hơn một tác phẩm lịch sử, mặt khác cũng là phản ánh sinh động đời sống tâm linh của người Việt thời kì này. Vì thế tác phẩm không chỉ đơn thuần cung cấp cho độc giả những kiến thức cơ bản về lịch sử nước nhà còn làm cho độc giả bị say mê, cuốn hút bởi nội dung cũng như cách thức viết truyện có kèm theo yếu tố kì ảo hoang đường của tác
giả. Mặt khác, Nam triều công nghiệp diễn chí là tác phẩm mà tác giả viết về
những triều đại phong kiến, về các vị chúa, các ông vua. Mà xã hội phong kiến lại có quan điểm vua, chúa là thiên tử, là người được trời cao phái xuống trị vì thiên hạ, giúp dân an bang lập nghiệp, thường được thần, Phật phù trợ, hiển linh báo trước cho một số sự kiện nên trong tác phẩm cũng không thể thiếu các yếu tố siêu nhiên, thần kỳ được. Một vấn đề nữa là các yếu tố này xuất hiện trong tác phẩm thường xuyên sẽ tạo cho tác phẩm có được nét dân gian hóa và trở nên gần gũi lôi cuốn hơn.
Nói tóm lại, có thể khẳng định rằng bằng cách viết riêng của mình Nguyễn Khoa Chiêm đã thành công trong việc viết một truyện sử bằng văn. Một thành công rất đáng ca ngợi.