Căn nguyờn gõy bệnh VMNM rất phong phỳ, người ta xỏc định cú ớt nhất 14 loại vi khuẩn gõy bệnh. Tuy nhiờn vi khuẩn này thay đổi tuỳ theo thời kỳ, theo lứa tuổi và theo vựng địa lý từng nước: giai đoạn trước khỏng sinh (trước 1944) căn nguyờn chủ yếu là nóo mụ cầụ Từ năm 1945 đến trước thập kỷ 80 cỏc căn nguyờn thường gặp theo thứ tự là nóo mụ cầu, tụ cầu, liờn cầu, trực khuẩn đường ruột… Những năm 80 của thế kỷ trước đến nay, căn nguyờn gõy VMNM ở trẻ em đứng đầu là Hib, tiếp đến là phế cầu và nóo mụ cầu [2].
Vi khuẩn hay gặp theo thứ tự là: Hib, phế cầu, nóo mụ cầu, liờn cầu, tụ cầu, Ẹcoli. Ngoài ra một số loại vi khuẩn ớt gặp hơn: Listeria monocytogenes,
Klebsiela pneumonia, trực khuẩn mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa), thương hàn (Salmonella S.typhi).
Một số tỏc giả phõn vi khuẩn gõy bệnh theo lứa tuổi của bệnh nhõn: ở lứa tuổi sơ sinh, vi trựng gõy VMNM thường liờn quan đến cỏc loại vi trựng bỡnh thường của õm đạo người mẹ (như: liờn cầu nhúm B, Ẹcoli, Listeria monocytogenes…). Trẻ nhũ nhi từ trờn 3 thỏng đến 2 tuổi theo thứ tự là H.ịb, nóo mụ cầu, phế cầụ Ở lứa tuổi đến trường và thiếu niờn thỡ vi khuẩn hay gặp là phế cầu và nóo mụ cầụ Ngoài ra ở trẻ bị VMNM thứ phỏt (do chấn thương, sau viờm nhiễm đường tai mũi họng), hay gặp vi khuẩn tụ cầu và liờn cầu [2], [21], [54].
Cỏc nghiờn cứu về vi khuẩn gõy bệnh VMNM trờn thế giới và Việt Nam cho thấy:
Ba vi khuẩn là Hib, phế cầu, nóo mụ cầu (chiếm xấp xỉ 75-80% cỏc ca bệnh VMNM) luụn đại diện cho nguyờn nhõn gõy bệnh VMNM chung cho cỏc nước trờn thế giới trong những thập kỷ gần đõy, nhưng tỷ lệ do mỗi vi sinh vật gõy ra thỡ thay đổi tuỳ theo vựng địa lý [21], [24], [20], [30], [33], [50]. Tuy nhiờn từ khi một số nước (chủ yếu cỏc nước đó phỏt triển và hiện nay cú Việt Nam) cú đưa vào tiờm chủng một số loại văc xin đặc biệt văc xin tiếp hợp Hib thỡ đó cú sự thay đổi đỏng kể về tần suất mắc bệnh VMNM do
Hib. [24]. Tuy nhiờn tỷ lệ này hầu như vẫn khụng thay đổi ở cỏc nước đang phỏt triển.