Cùng với nỗ lực hoàn thiện thể chế, bộ máy quản lý Nhà nước về ODA đã không ngừng được cải tiến và đạt được nhiều tiến bộ. Nếu như trong giai đoạn đầu của quá trình tiếp nhận ODA, quản lý Nhà nước theo mô hình tập trung nhiều ở cấp trung ương thì nay theo mô hình phân cấp mạnh mẽ và gắn với trách nhiệm cụ thể để các Bộ, ngành và địa phương phát huy tính chủ động và nâng cao trách nhiệm từ khâu xây dựng dự án, thực hiện dự án, khai thác và vận hành các sản phẩm đầu ra cũng như cụ thể rõ ràng chức năng và nhiệm vụ ở từng cấp quản lý ODA. Mặc dù vậy, tình trạng phân cấp cho cấp cơ quan chủ quản là UBND tỉnh Quảng Ninh, Bộ KH&ĐT theo hướng gắn liền giữa quyền với nhiệm vụ, đặc biệt cơ quan chủ quản được phép phê duyệt một số khoản ODA là chưa có, thẩm quyền này là thuộc Chính phủ.
Những dự án ODA Nhật Bản thuộc quản lí của UBND tỉnh Quảng Ninh, UBND tỉnh chịu trách nhiệm trước chính phủ về việc quản lí và sử dụng ODA. Trên tinh thần này, thành phố đã giao cho Sở Kế hoạch & Đầu tư Quảng Ninh là cơ quan đầu mối trong lĩnh vực hoạt động kinh tế đối ngoại nói chung, trong đó có quản lý ODA, có nhiệm vụ giúp UBND tỉnh thống nhất các chương trình dự án hợp tác, viện trợ kinh tế nước ngoài, trình UBND tỉnh và các ngành có liên quan, theo dõi, kiểm tra các đơn vị thực hiện các khoản viện trợ kinh tế theo đúng các dự án đã đề ra.
Trong những năm qua, Sở KH&ĐT Quảng Ninh đã cố gắng hoàn thành nhiệm vụ của mình, đã hướng dẫn các chủ dự án trong việc lập hồ sơ, đàm phán kí kết hợp đồng, triển khai thực hiện dự án. Thông qua báo cáo hàng tháng, hàng quí của chủ đầu tư các công trình sử dụng vốn ODA, Sở nắm vững tiến độ thực hiện cũng như nắm được các khó khăn nảy sinh trong quá trình thực hiện, do đó giúp UBND tỉnh nắm bắt kịp thời và chỉ đạo sát sao.
Một bộ phận nữa liên quan đến quản lý nguồn vốn ODA Nhật Bản tại Quảng Ninh đó là Bộ Tài Chính. Đây là cơ quan liên quan đến việc kiểm soát
chi và làm các thủ tục cấp phát vốn cho các dự án, tập trung ở Cục Quản lý nợ và Tài chính đối ngoại. Cục này còn có chức năng giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính thống nhất quản lý nhà nước về vay, trả nợ của Chính phủ, của chính quyền địa phương, nợ được Chính phủ bảo lãnh và nợ nước ngoài của quốc gia; quản lý nhà nước về tài chính đối với các nguồn viện trợ, tài trợ quốc tế cho Chính phủ Việt Nam, các khoản viện trợ, tài trợ của Chính phủ Việt Nam cho nước ngoài. Chính vì vậy mà khối lượng công việc là rất lớn, hồ sơ cấp phát vốn của các dự án liên quan đến nguồn vốn ODA là rất nhiều, không chỉ liên quan đến vốn ODA Nhật Bản ở Quảng Ninh mà còn ở các địa phương khác, khi chuyển lên sẽ ảnh hưởng rất nhiều đến công tác giải ngân nguồn vốn cho các dự án tại Quảng Ninh.
Có thể thấy các dự án ODA Nhật Bản tại Quảng Ninh có rất nhiều cấp thẩm quyền tham gia. Cơ quan chủ quản là UBND tỉnh Quảng Ninh có quyền quyết định phê duyệt, đầu tư đối với dự án, theo dõi tình hình thực hiện các chương trình, dự án và chỉ đạo trực tiếp đối với các Chủ dự án và các Ban quản lý dự án. Tuy nhiên để có thể giải quyết một vấn đề phát sinh thì từ cấp Ban quan lý dự án thì phải trình lên các cấp cao hơn rất là nhiều, giữa các cấp cao này (các Bộ) còn phải xin ý kiến trao đổi lẫn nhau mới có thể đưa ra được một quyết định cuối cùng phù hợp với tất cả các Bộ. Sự chồng chéo là điều không thể tránh khỏi ở đây.
Trong những năm qua, bộ máy quản lý ODA Nhật Bản của tỉnh Quảng Ninh đã có bước chuyển biến mạnh, UBND tỉnh đã chỉ đạo tập trung, phối hợp chặt chẽ với các nhà tài trợ và tăng cường đôn đốc kiểm tra nhằm đẩy nhanh tiến độ triển khai thực hiện. Sở KH&ĐT Quảng Ninh đóng vai trò là cơ quan đầu mối, quản lý chung về các dự án ODA, bố trí vốn đối ứng và tổng hợp các báo cáo từ ban quản lý các dự án ODA Nhật Bản để trình UBND tỉnh. Nhưng trên thực tế, đa phần các cơ quan này vẫn chủ yếu lo làm thế nào để thu hút được vốn ODA với những điều kiện thuận lợi nhất cho Quảng Ninh. Còn trọng trách thực hiện, giám sát và thẩm định hiệu quả dự án, tiến độ thi công phần lớn được phó thác cho Chủ đầu tư, mà đại diện là các ban
quản lý dự án.
Các ban quản lý dự án thường được thành lập theo quyết định của cơ quan chủ quản (các Bộ hoặc UBND thành phố) ngay sau khi văn kiện chương trình dự án ODA được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Cơ quan này có toàn quyền thay mặt chủ dự án thực hiện các quyền hạn và nhiệm vụ được giao từ khi bắt đầu thực hiện cho đến khi kết thúc dự án, kể cả các việc quyết toán, nghiệm thu, bàn giao đưa dự án vào khai thác, sử dụng. Và đặc biệt, các ban quản lý dự án vẫn là những cơ quan quản lý trực tiếp và sâu sắc với nguồn vốn ODA Nhật Bản, nhưng để phê duyệt một phát sinh, điều chỉnh của dự án thì phải đệ trình lên các cấp cao hơn rất là nhiều, gây ra rất nhiều khó khăn và tốn không ít thời gian của toàn dự án.
Vấn đề phải được lưu tâm ngay từ đầu đó là tuyển chọn cán bộ có đủ kinh nghiệm, năng lực, trách nhiệm. Khi một dự án có được các cán bộ có đủ năng lực thì việc vận hành và tính toán chi phí cho dự án là rất tốt. Nếu không thì trong quá trình triển khai dự án sẽ có rất nhiều phát sinh nằm ngoài tính toán ban đầu như dự án cầu Bãi Cháy đã phân tích ở trên. Trong thực tế các ban quản lý dự án có quá nhiều quyền hạn, nhưng năng lực chuyên môn hạn chế, trách nhiệm có giới hạn, phẩm chất đạo đức thấp…đã gây nên những vụ tiêu cực làm xôn xao dư luận, làm giảm sút nghiêm trọng niềm tin của công chúng và các nhà tài trợ, cũng như ảnh hưởng đến nguồn vốn ODA Nhật Bản đầu tư cho các dự án.
Bên cạnh đó, các thông tin liên quan về các dự án ODA Nhật Bản còn chưa được công bố công khai, tình hình sử dụng vốn như thế nào… dẫn đến sự “kiểm soát” của nhân dân đối với các dự án ODA Nhật Bản trên địa bàn Quảng Ninh là chưa có, vô hình làm cho sự thiếu trách nhiệm của các cơ quan liên quan càng lớn hơn. Trên thực tế, có một tổ công tác liên ngành giám sát các dự án ODA, nhưng cơ quan này chỉ can thiệp khi có vướng mắc nảy sinh. Bản thân nhà tài trợ Nhật Bản cũng phải thuê kiểm toán quốc tế độc lập để định kỳ kiểm toán các dự án. Họ cũng phải cử tư vấn giám sát và công việc thẩm định, đánh giá được tiến hành gắt gao trước khi quyết toán từng hạng mục công
trình cũng như khi kết thúc, bàn giao. Thực tế rằng, một số Ban quản lý dự án hiện nay báo cáo hàng tháng về tổng thể công trình chỉ là mang tính chất nội bộ, không có tính chủ động và trách nhiệm chưa cao.