H. influenzae
1.4.3. So sánh kỹ thuật PFGE với các phương pháp phõn loại sinh học phõn tử khác thường được sử dụng trong nghiên cứu
phõn tử khác thường được sử dụng trong nghiên cứu
Phương pháp Đặc điểm PFGE PCR based locus – specific RFLP
RAPD Rep- PCR AFLP ADN
Sequencing Tiện lợi sự dụng Trung
bình Dễ Dễ Dễ
Trung
bình Khó
Giải thích kết quả Dễ Dễ Dễ Dễ Dễ Trung bình
Khả năng tách biệt Cao Trung bình Cao Cao Cao Cao
Thời gian thực hiện
(ngày) 3 1 1 1 2 2
Mức độ lặp lại trong
phòng xét nghiệm Cao Cao
Trung
bình Cao Cao Cao
Mức độ tái lặp giữa
các phòng xét nghiệm Cao Cao Thấp
Trung
bình Cao Cao
Giá trang thiết bị Trung
bình Trung bình
Trung bình
Trung
bình Cao Cao
Giá mỗi mẫu Xét nghiệm
Trung
bình Thấp Thấp Thấp
Trung
bình Cao
Bảng 1. 4 : So sánh ưu điểm, nhược điểm của các kỹ thuật sinh học phân tử thường được sử dụng trong phân loại vi khuẩn
Với sự giúp đỡ của máy tính và phần mềm phõn tích kết quả điện di trên thạch, PFGE có thể tạo ra ngõn hàng số liệu về các mẫu phõn tớch ADN với tất cả vi khuẩn. Vì vậy, những mẫu này có thể tạo ra cơ sở dữ liệu tham khảo, so sánh đối với một số chủng mới để xác định quan hệ phát sinh loài (phylogenetic relationship). Khả năng này được phản ánh bởi một số báo cáo về an toàn thực phẩm, các nghiên cứu đưa ra 2 sự chấp nhận đối với kỹ thuật PFGE, đó là: (I) để nõng cao khả năng giám sát sự bùng nổ ngộ độc thức ăn
do vi khuẩn, cần thiết phải thực hiện kỹ thuật ADN fingerprinting (trong đó, PFGE là tiêu chuẩn vàng) để xác định nguồn gốc của yếu tố gõy nhiễm trùng và (II) để thiết lập một mạng lưới giúp cho việc so sánh ADN fingerprinting thuận tiện, chúng cho phép lưu giữ ở những trang web thường trực để chia sẻ số liệu một cách nhanh chóng [81], [97], [106].
Vì vậy, để nghiên cứu dịch tễ học phõn tử hay xác định nguồn gốc của vi khuẩn, kỹ thuật PFGE luôn được lựa chọn dựa trên nhiều ưu điểm như đã mô tả ở trên (bảng 1.4). Tuy nhiên, một trong các yếu tố làm giới hạn việc sử dụng phương pháp PFGE là thời gian có liên quan đến việc hoàn thành quá trình phõn tích. Mặc dù các bước thực hiện không phức tạp, nhưng thời gian để hoàn thành là 2 đến 3 ngày. Điều này làm giảm khả năng phõn tích một lượng lớn mẫu chủng vi khuẩn [97], [106].
Chương 2