- So sánh về mức độ tương đồng về ADN giữa chủng Hib từ bệnh nhi VMN và chủng Hib từ trẻ khỏe mạnh dưới 5 tuổ
4.4.1.Kỹ thuật PFGE: tiêu chuẩn vàng ứng dụng trong nghiên cứu Hi (điển hình là Hib)
H. influenzae N meningitidis
4.4.1.Kỹ thuật PFGE: tiêu chuẩn vàng ứng dụng trong nghiên cứu Hi (điển hình là Hib)
(điển hình là Hib)
4.4.1.1. Nghiên cứu đặc điểm sinh học phõn tử của vi khuẩn Hi
Đối với phân loại vi khuẩn Hi từ trước đến nay chủ yếu dựa vào 2 phương pháp phân loại chính, đó là phân loại theo typ sinh học (biotype) và phân loại theo typ huyết thanh (serotype). Tuy nhiên, hiện nay với sự phát triển của công nghệ sinh học thì ứng dụng các phương pháp sinh học phân tử trong phân loại vi khuẩn này cho độ phân biệt rất cao, đặc biệt là kỹ thuật PFGE [26], [37], [68], [71], [87], [98], [113]. Những nghiên cứu về đặc điểm sinh học phân tử của Hi có sử dụng kỹ thuật PFGE đều với mục đích phân loại theo genotype. Hiện nay, enzym giới hạn SmaI được sử dụng nhiều nhất để phân tích toàn bộ hệ gen của vi khuẩn này. Với khả năng nhận diện trình tự 5’-CCCGGG-3’ có ở trên toàn bộ phân tử ADN và cắt ở vị trí giữa nucleotid C và G (hình 4.2) cho các mẫu phân tích PFGE với 10-12 đoạn ADN cú kớch
thước từ 10-500 kilobases (kb) trên điện di đồ [105]. Qua phân tích những mẫu PFGE thu được sẽ cho phân loại genotype của các chủng Hi theo đặc thù của kỹ thuật PFGE [5], [9], [105].
Hình 4.2: Vị trí cắt của enzym SmaI
- Tại Việt Nam, hiện nay đã có nghiên cứu về đặc điểm sinh học phân tử vi khuẩn Hib gây VMN dựa trên phân loại genotype theo kỹ thuật PFGE. Qua phân tích cho thấy, hầu hết những chủng Hib này tập trung ở một số nhóm genotype chính. Bên cạnh đó, một số nghiên cứu khác cũng đã đỏnh giá, so sánh đặc điểm sinh học phân tử giữa các chủng Hib gây VMN và những chủng Hib gây nhiễm trùng đường hô hấp dưới [9], [87], [105].
- Trên thế giới đã có nhiều nghiên cứu về đặc điểm sinh học phân tử của vi khuẩn Hi gây bệnh hoặc phân lập từ người lành được thực hiện ở nhiều quốc gia khác nhau. Điển hình tại Ba Lan, nghiên cứu của Anna Skoczyn’ska và cộng sự đã đánh giá đặc điểm sinh học phân tử của những chủng Hib gây VMN từ năm 1997 đến 2004 bằng kỹ thuật PFGE. Kết quả cho thấy 233 chủng Hib gây bệnh được xếp vào 5 genotype và tất cả các chủng này đều được đỏnh giá là có thể có sự liên quan với nhau (possibly related). Trong
một nghiên cứu khác, Agnieszka Sulikowska cũng đã sử dụng kỹ thuật PFGE để đỏnh giá đặc điểm sinh học phân tử của những chủng Hi phân lập từ họng mũi (nasopharynge) những trẻ nhỏ theo mùa khác nhau [101]. Ngoài ra, còn nhiều nghiên cứu khác về Hi nói chung và Hib nói riêng có sử dụng kỹ thuật PFGE, đặc biệt trong lĩnh vực dịch tễ học [26], [37], [68], [71].
4.4.1.2. Đỏnh giá mối liên quan về ADN của các chủng Hib phân lập được và xác định nguồn gốc gây nhiễm trùng
C C C G G GG G G C C C