Trong quá trình chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế huyện Phù Ninh theo hướng bền vững thì cần phải quan tâm đến yếu tố môi trường.
Đối với rác thải nông nghiệp, chủ yếu là các chất thải của bảo vệ thực vật, bao bì các loại phân bón. Có chế độ thu gom thường xuyên đảm bảo an toàn trong sản xuất nông, lâm nghiệp và thủy sản.
Đối với rác thải công nghiệp: Rác thải công nghiệp được phân loại tại cơ sở, tận dụng một số chất có thể tái chế. Phần còn lại đưa về khu xử lý rác công nghiệp tại Trạm Thản.
Ngoài việc thu gom và xử lý rác thải nông nghiệp và công nghiệp thì Huyện cũng cần phải có quy hoạch hệ thống cây xanh và bảo vệ môi trường với các hạng mục sau:
- Trên các đỉnh Núi Voi, Núi trò, Núi Trang và các đỉnh núi có độ dốc trên 250, trồng cây bản địa, rừng đầu nguồn hỗn giao để giữ gìn lâu dài, tạo cảnh quan
- Trồng các băng cây xanh cách ly khu công nghiệp và hóa chất vừa tạo cảnh quan, vừa hạn chế các mùi cloruacanxi, mùi hôi tại bãi thải, đồng thời xử lý triệt để các ô nhiễm.
- Xây dựng các công viên cây xanh tại khu du lịch Núi trang và các khu du lịch Đầm Đình. Khu du lịch Núi Trang là khu vui chơi nên cây xanh đảm nhiệm 3 chức năng: tạo cảnh quan, xử lý ô nhiễm và tạo bóng mát cho người du lịch. Khu du lịch sinh thái Phù Ninh hệ thống cây xanh phù hợp với quần thể hồ nước.
- Nghiên cứu bảo tồn các “rừng cọ” trên địa bàn Huyện tại khu du lịch và vui chơi giải trí Núi Trang và các vùng đồi dọc quốc lộ 2 thu hút khách du lịch về vùng đất có rừng cọ, đồi chè.