Với sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế, mà đặc biệt là sự chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế, mặc dù Phù Ninh đã đạt được những thành tựu đáng kể nhưng những thách thức đối với Huyện trong quá trình thực hiện những mục tiêu kinh tế xã hội trong những năm tiếp theo cũng không phải là nhỏ. Đó là những yếu kém của nền kinh tế, đặc biệt là chất lượng và hiệu quả phát triển thấp, sức cạnh tranh của hàng hoá trên thị trường còn yếu, những khó khăn mới nảy sinh, nhất là sau tác động của cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ ở khu vực và trên thế giới.
Để khắc phục tình trạng trên trong thời gian tới chúng ta phải ra sức để tác động tích cực cho chuyển dịch cơ cấu kinh tế nói chung và cơ cấu ngành kinh tế nói riêng theo các quan điểm định hướng sau:
- Đẩy mạnh quá trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá, từng bước hình thành và phát triển nền kinh tế tri thức trong Huyện.
Sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá trong những năm tới phải tập trung làm thay đổi căn bản cơ cấu kinh tế xã hội, cụ thể là tiếp tục nâng cao tỷ trọng ngành công nghiệp và dịch vụ trong cơ cấu ngành kinh tế và cơ cấu lao động, (đặc biệt là ở nông thôn) theo hướng là giảm mạnh lao động trong nông nghiệp và tăng nhanh lao động trong khu vực công nghiệp và dịch vụ. Như vậy mới thì số lao động có kỹ thuật, trình độ chuyên môn ngày càng được nâng cao.
- Đổi mới cơ cấu đầu tư gắn liền với nâng cao chất lượng công tác quy hoạch đầu tư và sử dụng vốn trong các dự án đầu tư.
Quy hoạch đầu tư cần được xây dựng phù hợp với chiến lược phát triển kinh tế xã hội. Trong đó cần ưu tiên vào những ngành có lợi thế về tài
nguyên, vị trí địa lý và điều kiện tự nhiên, nhằm khai thác những hàng hoá có chất lượng giá rẻ, để cạnh tranh với các nước như các sản phẩm chè, sản phẩm giấy...Trong những năm tới cần hoàn chỉnh quy hoạch chung và quy hoạch chi tiết, trước hết là chú ý đến quy hoạch hệ thống kết cấu hạ tầng đô thị giao thông cấp thoát nước...Đầu tư phát triển nông nghiệp hàng hoá toàn diện kèm công nghiệp chế biến nông lâm thuỷ sản, công bố các quy hoạch được duyệt đồng thời chú trọng kiểm tra giám sát việc thực hiện quy hoạch ở cấp dưới, tạo cơ sở cho các ngành, xây dựng phương án đầu tư và tổ chức thực hiện đầu tư theo kế hoạch.
- Cải thiện và nâng cấp môi trường đầu tư và đa dạng hoá thu hút nguồn vốn đầu tư phát triển.
Tiếp tục cải thiện và nâng cao tính cạnh tranh của môi trường đầu tư, trước hết là chú trọng vào các biện pháp vĩ mô nhằm đảm bảo sự ổn định chính trị, kinh tế xã hội, cần đầu tư vào những ngành có năng suất thấp do khả năng hạn chế về nguồn vốn để nâng cao hiệu quả cạnh tranh, bên cạnh đó giải quyết được vấn đề dân số gây áp lực lớn đối với nền kinh tế trong Huyện. Giải quyết việc làm cho người lao động đến tuổi lao động một cách có hiệu quả chính là thế mạnh để tích luỹ, phát triển kinh tế huyện Phù Ninh.
- Kết hợp tối ưu giữa cơ cấu ngành kinh tế với cơ cấu vùng, lãnh thổ và cơ cấu kinh tế theo thành phần.
Cơ cấu ngành phải kết hợp với cơ cấu thành phần kinh tế thể hiện ở chỗ: chiến lược và chính sách khuyến khích phát triển các thành phần kinh tế trong đó nhấn mạnh vai trò của kinh tế nhà nước. Cơ cấu ngành gắn liền với cơ cấu vùng thông qua các biện pháp xây dựng khu công nghiệp để tạo động lực cho phát triển kinh tế. Đi đôi với phát triển kinh tế thị Huyện thì công nghiệp nông thôn theo hướng phát huy thế mạnh của mỗi địa phương, mỗi vùng, thực hiện phân công lao động tại chỗ, gắn công nghiệp với nông nghiệp. Công nghiệp
địa phương và công nghiệp nông thôn phải được nằm trong kế hoạch quy hoạch phát triển chung công nghiệp của cả Huyện.
- Xây dựng hệ thống kinh tế mở cả về cơ cấu kinh tế cả về cơ chế quản lý, gắn với thị trường trong nước và quốc tế. Tuyến hành lang kinh tế Côn Minh - Hà Nội - Hải Phòng; Phú Thọ nói chung và Phù Ninh nói riêng có sự đấu nối với tuyến đường cao tốc Côn Minh - Lao Cai - Hà Nội - Hải Phòng sẽ có tác động mạnh tới sự phát triển của Huyện. Phát triển nhanh và bền vững trên cơ sở hiệu quả kinh tế xã hội cao, xác định đúng đắn các mục tiêu của chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế, chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế là biện pháp, một hướng đi nhằm đẩy nhanh sự phát triển kinh tế, nhanh chóng khắc phục nghèo nàn lạc hậu.Trong hội nhập nhiều ngành sẽ thấy sẽ thấy rõ hơn năng lực của mình, vươn lên tăng cường được khả năng cạnh tranh và đứng vững trên các thị trường trong và ngoài nước. Cũng sẽ có các ngành phải thu hẹp, trong mọi trường hợp cần phải đặt lợi ích tổng thể của nền kinh tế lên lợi ích cục bộ của từng ngành, từng địa phương.
- Chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế theo cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước hoạt động một cách đầy đủ đồng bộ, đảm bảo khách quan hoá việc chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế. Hình thành và phát triển các ngành trọng điểm mũi nhọn trong quá trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá nhanh chóng tạo ra cơ cấu ngành kinh tế mới.
Do tác động của tiến bộ khoa học công nghệ và do ảnh hưởng của nhu cầu thị trường, danh mục mỗi ngành trọng điểm, mũi nhọn sẽ thay đổi theo từng thời kỳ 5 năm, 10 năm, có thể ngành hiện nay chưa là mũi nhọn, trọng điểm nhưng thời kỳ sau này sẽ trở thành ngành trọng điểm mũi nhọn. Ngành trọng điểm có thể là ngành mới, ngành truyền thống, ngành gặp thuận lợi, ngành gặp khó khăn trong sự phát triển, những ngành hướng về xuất khẩu hay những ngành thay thế nhập khẩu... Phù Ninh là một Huyện có điểm xuất phát
thấp do vậy một mặt phải chú trọng phát triển các ngành nghề truyền thống, khai thác thế mạnh vốn có về tài nguyên lao động, một mặt phải phát hiện và chú trọng vào một số ngành có tính chất mũi nhọn như chế biến nông lâm thuỷ sản, sản xuất giấy... vừa chú ý phát triển khai thác thế mạnh của từng vùng, miền trong Huyện, vừa tập trung phát triển một số vùng trọng điểm làm động lực thúc đẩy toàn Huyện.
- Điều chỉnh cơ cấu ngành kinh tế đòi hỏi phải tiến hành từng bước với sự nỗ lực đồng bộ của các ngành, các cấp, cả người lao động trong việc huy động sức người sức của và tổ chức thực hiện. Chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế phải đi đôi với quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hoá. Kết hợp hài hoà giữa tăng trưởng kinh tế với phát triển xã hội, tập trung giải quyết tốt những vấn đề bức xúc nhằm tạo được chuyển biến rõ về thực hiện tiến bộ và công bằng xã hội, gắn chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế với đổi mới kỹ thuật công nghệ phù hợp.