Bên cạnh đặc trưng về cốt truyện song hành, tiểu thuyết Biển và chim bói cá của Bùi Ngọc Tấn còn mang đặc trưng về cốt truyện lồng ghép. Bàn về cốt truyện tiểu thuyết Biển và chim bói cá có nhiều ý kiến, có người nói tiểu thuyết này không có cốt truyện, người khác lại cho rằng cốt truyện ở đây bị phá vỡ, nó lỏng lẻo. Nhưng theo chúng tôi, toát lên trên nền nghệ thuật chính của tác phẩm là hai câu chuyện, mỗi câu chuyện là một cốt truyện hoàn chỉnh với đầy đủ các thành phần: hình thành, phát triển và kết thúc, lồng ghép nhau trong một câu chuyện chung là sự tan rã của Liên hiệp hải sản Biển Đông vào thời kỳ cuối bao cấp.
Tiểu thuyết dài 500 trang chia làm hai phần, mỗi phần là một câu chuyện với một cốt truyện hoàn chỉnh
Phần thứ nhất nói về thân phận “những con chim bói cá trên biển”, trong đó có cả những con chim thuộc biên chế trên biển nhưng vì lý do cơ chế nên phải về nằm bờ chờ việc, ăn lương thất nghiệp dài dài. Phần thứ hai nói về những “con chim bói cá” tại vô số phòng ban, ban bệ trên bờ, làm việc tại bản doanh của “quốc doanh đánh giậm”, từ đó toát lên cung cách sống của những con người trong một thể chế đang lụn bại, đang trên bờ vực phá sản song cũng cố vùng vẫy cựa quậy tự thay đổi trong một cuộc cải cách tuyệt vọng chế độ kinh doanh. Một cuộc cải cách của những người rủ nhau đi biển đầy nắng và sóng gió nhưng lại mang màu sắc ảm đạm của những kẻ đi vào con đường hầm không lối thoát.
Trong phần thứ nhât, Bùi Ngọc Tấn kể câu chuyện về những con chim bói cá trực tiếp đi “đánh giậm” trên biển. Có chừng mấy chục nhân vật được nhà văn xây dựng nên, sắp xếp đứng cạnh nhau nhưng không có nhân vật nào chính hơn nhân vật nào, nhân vật nào cũng có tên, cũng sắc nét nhưng không nhân vật nào là nhân vật trung tâm. Người đọc thấy mình bị mất hút trong đám nhân vật có tên nhưng dường như không tên, những gương mặt trong tầng tầng lớp lớp các gương mặt. Mỗi gương mặt có một câu chuyện riêng khác nhau với một sự rõ nét như nhau, hấp dẫn đến nỗi cứ bắt ta phải bám lấy từng gương mặt cho tới khi
nó nhường chỗ cho gương mặt khác. Nhưng tựu chung trong những gương mặt ấy, đám con người ấy, ta thấy toát lên một khát vọng chung: khát vọng được sống hạnh phúc. Một thứ hạnh phúc giản dị: “những niềm vui nhỏ nhoi mà người trong đất liền chẳng bao giờ để ý như tiếng bánh xe ô tô lăn trên đường nhựa, hay một vòi nước công cộng vỉa hè, túm tụm người lấy nước, rửa ráy, giặt giũ” [99]. Ở phần thứ hai của cuốn tiểu thuyết, Bùi Ngọc Tấn dồn sức và dồn tư liệu phác họa thật tài tình sự tan rã của một thiết chế vô cùng thiếu tự nhiên, gửi thân trong một hệ thống đánh cá quan liêu bao câp. Chỉ bằng vài nét phác họa ngắn gọn về những người cán bộ hành chính của Liên hiệp hải sản Biển Đông - những con chim bói cá ăn theo trên bờ - Bùi Ngọc Tấn đã cho ta thấy sự giả dối của những con người buộc lòng phải sống trong một thiết chế giả dối. Tủ tài liệu của họ được dành để cất giấu cá, đem về nhà cải thiện đời sống, có khi chỉ một bọc cá cũng đáng giá bằng cả tháng lương. Họ xin cá của các tàu đánh cá như những kẻ hành khất sang trọng: “Xin được nhiều, ăn không hết đem bán. Ai cũng là con mẹ hàng cá. Từ cầu cảng về, nhìn trước nhìn sau không thấy sếp, cánh phòng ban, người trước kẻ sau xách túi cá nặng vào buồng làm việc, mở tủ đứng hay tủ bàn dúi vào, và khép nhanh cánh cửa tủ lại, đi ra ngoài cửa đứng nghênh ngó xem có ai nhìn thấy mình vừa xách cá về không, rồi trở vào kéo ghế ngồi trước bàn làm việc, giở tài liệu ra xem như người trách nhiệm nhất trên đời”…
Ở đoạn kết tác phẩm, nhà văn chọn nhân vật Cảnh để kết thúc câu chuyện của mình, cũng là mô tả sự chấm hết tất yếu trong cuộc tan rã vĩ đại của quốc doanh đánh giậm. Cô Phòng, người đáng bị đuổi việc hơn cả lại là người phát tháng lương cuối cùng cho Cảnh, kèm theo lời an ủi: “Thôi em ạ. Đi làm mười ba ngày mà được lương nửa tháng là tốt rồi”. Với cái kết ấy, Bùi Ngọc Tấn đã vẽ lên một cậu Cảnh thất nghiệp y hệt như những người thất nghiệp khác mà thân phận họ chưa bao giờ nằm trong một bản thống kê có giá trị nào. Không một mầm xanh hy vọng, không một tia sáng lạc quan cho những thân phận con người như thế trong tác phẩm.
Như vậy, với hai cốt truyện đứng riêng biệt tách làm hai phần song lại có tác dụng hỗ trợ bổ sung cho nhau trong một chỉnh thể thống nhất của tác phẩm nghệ thuật, tiểu thuyết Biển và chim bói cá rõ ràng mang đặc điểm của cốt truyện lồng ghép. Khi xem xét những đặc điểm của cốt truyện hiện đại, có một số nhà nghiên cứu đã dùng thuật ngữ “phi cốt truyện”, “phản cốt truyện” để chỉ những kiểu cốt truyện mới khác hẳn với cốt truyện truyền thống. Nếu xem cốt truyện là toàn bộ các sự kiện, chi tiết, biến cố được nhà văn tạo ra trong tác phẩm mà người đọc có thể đem kể lại, hoặc nếu cốt truyện phải tuân theo qui luật phát triển năm bước như quan niệm tiểu thuyết thì có rất nhiều tác phẩm tự sự, văn xuôi không đáp ứng được yêu cầu trên, song nếu chúng ta quan niệm cốt truyện là sự tổ chức các sự kiện, biến cố, chi tiết theo một trật tự nghệ thuật nhất định nào đó phục vụ cho ý tưởng của nhà văn thì kiểu cốt truyện lồng ghép của Bùi Ngọc Tấn là tiêu biểu.