Cốt truyện song hành là một trong những đặc điểm của tiểu thuyết Biển và chim bói cá của Bùi Ngọc Tấn. Ở tác phẩm ta thấy có hai cốt truyện đan xen lẫn nhau là cốt truyện quá khứ và cốt truyện hiện tại: toàn bộ câu chuyện của Bùi Ngọc Tấn diễn ra dựa trên mối quan hệ giữa quá khứ và hiện tại, trên cái nền chung đó, mỗi nhân vật cũng đều có một hồi ức về quá khứ cho dù họ đang ở thì hiện tại. Nhân vật Chơn khi gặp lại Hòa anh lại nhớ về Hòa của ngày xưa, khi ấy mới là cô bé mười bốn tuổi: “Trước mắt anh là một phụ nữ xinh đẹp và quyến rũ. Dù quần áo rộng vẫn thấy được một cơ thể căng đầy, nở nang, hơi xổ ra càng làm nổi tấm thân tràn căng nhựa sống… Không còn là cô bé Hòa nhỏ xíu năm
nào dù khỏa thân vẫn chỉ gợi cho người ta ý niệm đứng xa xa nhìn ngắm” [3, tr.299]. Cũng như vậy, cuộc gặp gỡ giữa Chơn và Huyền cũng đánh thức trong anh nghĩ về quá khứ. Trong cái giây phút nhìn Huyền khỏa thân trước mặt mình, Chơn lại nhớ đến vợ: “nhưng khi mảnh vài cuối cùng trên người được Huyền khẽ cong người lên gỡ bỏ, anh giật mình tưởng như vợ anh đang nằm trước mặt” [3, tr.28]. Đây có lẽ là thời khắc tồi tệ nhất trong cuộc đời của anh khi cái cảnh vợ anh cũng ngoại tình, cũng nằm chờ đợi người đàn ông khác như Huyền lúc này lại hiện về rõ mồn một trong trí nhớ. Đó là thời gian của tâm trạng, thời gian của tâm lý. Hiện tại và quá khứ đan xen trong mạch tâm trạng của nhân vật, điều đó cho thấy được chiều sâu nội tâm nhân vật.
Nhân vật tôi (cậu bé Phong) theo bố lênh đênh trên biển, khoảng thời gian đó là của thời hiện tại nhưng quá khứ vẫn là khoảng trời tuổi thơ luôn giữ mãi trong tâm hồn nhân vật. Thời gian quá khứ chính là lúc nhân vật nhớ về mẹ, nhớ về tuổi thơ với cái giếng tròn, nhớ tiếng chổi quét sân của cái Ngàn, nhớ đến tiếng con lợn hộc hộc đòi ăn trong chuồng. Còn thời gian hiện tại thì luôn hiện hữu sau cái khoảnh khắc của quá khứ: “Con tàu vẫn thẳng hướng xé nước ra khơi. Tôi quay lại nhìn về phía tây. Mặt trời đã xuống thấp. Chân trời rực đỏ” [3, tr.76].
Thời gian của hiện tại được biểu hiện bằng dãy nhà mới xây, những phòng làm việc hiện đại với “những quạt cần National, Hitachi vàng óng, có đèn ngủ có hẹn giờ, là những tủ lạnh trong buồng các tổng và phó tổng” [3, tr.78]. Còn thời gian của quá khứ được biểu hiện bằng hình ảnh “cánh cửa bung gãy, những chiếc ghế dài có chỗ dựa lưng mà ta thường thấy ở những hội trường bất kỳ, vất chổng chơ, cái nọ chồng lên cái kia, cái mất chân, cái long đinh, những thanh gỗ dựa lưng rời ra” [3, tr.79]. Cái cũ và cái mới đan xen, không gian vì thế được phản chiếu từ hai chiều trở nên bao quát hơn.
Thời gian luôn đồng hiện trong mỗi hoàn cảnh, mỗi nhân vật. Đối với Cương, Bôn hay bất kỳ nhân vật nào cũng vậy. Hiện tại họ phải đối mặt với sóng gió, phải làm việc để mưu sinh nhưng ai cũng có một khoảng thời gian quá khứ cho riêng mình. Đó là khi Bôn nhớ về vợ sau những tháng ngày lênh đênh trên
biển: “Anh nghĩ tới những lần hai vợ chồng ân ái, nghĩ tới tấm thân mát rượi mà bốc lửa của chị. Nghĩ tới khi người chị dâm dấp mồ hôi, thứ mồ hôi của ái ân” [3, tr.96]. Rồi nghĩ đến con: “anh hình dung rõ chi tiết về đứa con gái khi ấy mới lên năm, còn đang học lớp năm tuổi trường mẫu giáo Mầm Non” [3, tr.97]. Những nỗi nhớ về vợ, về gia đình luôn hiện hữu trong tâm hồn các nhân vật, đó là khoảng thời gian tâm lý đẹp nhất của người thủy thủ.
Đoạn vĩ thanh cuối cùng ta nhận thấy thời gian hiện tại khi nói về nhân vật Lê Mây. Nếu như nhân vật Lê Mây của quá khứ hiện lên trong suốt chiều dài tác phẩm là một người thuyền trưởng say biển, say nghề, luôn hồn hậu và chất phác thì Lê Mây ở đoạn vĩ thanh lại là một Lê Mây của hiện tại với những năm tháng buồn tủi cuối đời và sự ra đi trong âm thầm lặng lẽ. Hiện tại cũng không còn là câu chuyện ở xí nghiệp đánh cá với những người thủy thủ trong những chuyến ra khơi mà là những gì diễn ra trên đất liền, là thời của những thanh niên thời @ chính hiệu với xe máy SH, đồng hồ Thụy Sỹ, giày da Ý…, thời của Phong, của Lê Chí Sỹ, của những đứa trẻ giờ đã trưởng thành. Giờ đây cảnh vật và con người đã thay đổi: “tất cả đã thay đổi, từ cầu cảng, nhà cửa và nhất là những con người. Không một nét mặt quen, không một con tàu cá” [3, tr.582]. Sáng tạo cốt truyện song hành bằng việc xây dựng thời gian quá khứ và hiện tại đan xen đã góp phần giúp Bùi Ngọc Tấn thể hiện được cái nhìn khái quát hơn về hiện thực và con người trong tác phẩm
Nếu như ở cốt truyện truyền thống với quan niệm nhất thành bất biến con người luôn phụ thuộc vào hiện thực thì với cốt truyện song hành, con người luôn sống trong hai thế giới: hiện tại và kí ức, do vậy họ luôn mang trong mình hai quan niệm về cuộc đời, về nhân sinh. Thế giới trong tâm hồn con người vì thế cũng phong phú hơn, sâu rộng hơn, bí ẩn hơn tạo nên tính phức tạp đa chiều trong tính cách nhân vật của nhà văn.