Sự phát sinh hình thái thực vật là quá trình phát triển một cấu trúc hình thái mới thông qua sự phân chia, tăng trưởng và phân hóa tế bào. Sự phát sinh hình thái được nghiên cứu ở nhiều mức độ tổ chức: cơ quan, mô, tế bào và phân tử, và dưới nhiều khía cạnh: sinh lý học, di truyền học, sinh học tế bào và sinh học phân tử [17],[70].
Sự phát sinh hình thái phụ thuộc vào hai quá trình căn bản: điều hòa hướng kéo dài tế bào và kiểm soát mặt phẳng phân chia tế bào. Để nghiên cứu sự phát sinh hình thái cần tìm hiểu nguồn gốc phát sinh và các yếu tố liên quan trong các biến đổi hình thái và cấu trúc. Hai phương pháp thường được áp dụng để nghiên cứu sự phát sinh hình thái là: cắt bỏ một vùng mô phân sinh và theo dõi các biến đổi phát triển sau đó; và nuôi cấy in vitro các phần tách rời của cơ thể thực vật cùng với sự áp dụng các hormone thực vật ngoại sinh [17], [41], [100], [102].
Theo Nozeran [152], trong quá trình phát triển, có sự tác động qua lại giữa các cơ quan thực vật, và cấu trúc toàn vẹn của cơ thể thực vật là do toàn bộ các tương tác giữa các cấu trúc hợp thành. Các nhân tố di truyền và môi trường có ảnh hưởng quan trọng tới sự phát sinh hình thái. Trong nuôi cấy in vitro, trên môi trường nhân tạo và với các điều kiện môi trường được kiểm soát, mô cấy (như khúc cắt mô phân sinh ngọn) thoát khỏi sự tương quan mà nó phải chịu trong cơ thể thực vật nguyên vẹn để thiết lập sự tương quan mới.