Sự phát sinh cơ quan có thể từ chồi hiện diện sẵn hay do sự tạo mới. Các chồi đỉnh và các chồi nách hiện diện sẵn, ở trạng thái hoạt động hay nghỉ, có thể phát triển in vitro, không cần qua sự tạo mới cơ quan). Sự nuôi cấy mô phân sinh ngọn chồi là một phương pháp hiệu quả trong vi nhân giống, sản xuất cây sạch bệnh bảo
tồn và lưu trữ nguồn gene. Sự phát sinh cơ quan chịu ảnh hưởng bởi tuổi, trạng thái sinh lý của mô cấy của chính những cơ quan bên dẫn xuất từ mô phân sinh ngọn và sự thay đổi của các điều kiện môi trường, đặc biệt là vai trò của các chất điều hòa tăng trưởng thực vật. Một mô cấy chứa một chồi duy nhất có thể phát triển thành một chồi duy nhất hay cụm chồi, tùy thuộc vào loài, trạng thái sinh lý của mô cấy và môi trường nuôi cấy [17], [51].
Kích thích sự phát triển của chồi hiện diện sẵn là phương pháp vi nhân giống thông dụng, dễ áp dụng trong hầu hết các loài thực vật, đặc biệt đối với các cây thân gỗ. Sự tái hoạt động của mô phân sinh ngọn chồi trong nuôi cấy có thể được cảm ứng trên cây nguyên bằng cách đàn áp các hiệu ứng cản tương quan (như cắt ngọn để gỡ ưu tính ngọn) hay trên mô cấy nhờ các môi trường thích hợp [17], [128].
Trong sự tạo mới chồi, như từ các tế bào lá đã phân hóa, có sự hiện diện của các nhóm tế bào đặc biệt, gọi là mô đích, nơi nhận các thông tin hóa học, đặc biệt là chất điều hòa tăng trưởng thực vật. Nếu auxin có tác dụng tạo rễ đối với các mô quanh mạch (nguồn gốc nội sinh của rễ), thì cytokinin có tác dụng tạo chồi đối với các mô ngoại vi (nguồn gốc ngoại sinh của chồi). Tỉ lệ auxin/cytokinin xác định một chương trình phát sinh hình thái (rễ hay chồi) [51]. Trong phần lớn các trường hợp, sự hiện diện của cytokinin giúp cho sự tạo chồi sẽ cản sự tạo rễ. Do đó môi trường cảm ứng sự tạo rễ phải là môi trường khác, và đôi khi sự nuôi cấy phải qua nhiều lần cấy chuyền trên các môi trường không có hay giảm nồng độ cytokinin [128].