Bên cạnh những kết quả đã đạt được, hoạt động HĐV của ngân hàng TMCP Hàng Hải Việt Nam còn một số hạn chế:
S Quy mô huy động vốn liên tục giảm qua các năm
Doanh số huy động vốn liên tục giảm qua các năm. Năm 2010, doanh số huy động vốn đạt 107.364 tỷ đồng, con số này giảm dần qua các năm cho đến 2013, chỉ đạt 93470 tỷ đồng, giảm 12,9% so với năm 2010. Doanh số huy động vốn giảm làm thu hẹp quy mơ kinh doanh và ảnh hưởng đến uy tín của ngân hàng.
Ngồi ra, hoạt động huy động vốn của ngân hàng trên thị trường I không ổn định, năm 2011, vốn huy động từ thị trường I tăng mạnh lên đến 69472 tỷ đồng, tăng 14% so với năm 2010. Năm 2012, nguồn vốn này lại giảm xuống chỉ còn 61881 tỷ đồng và tăng trở lại vào năm 2013 10% so với 2012. Sự không ổn định của nguồn vốn huy động từ thị trường I làm cho ngân hàng khó khăn trong việc thực hiện các kế hoạch sử dụng vốn trong năm.
S Cơ cấu vốn huy động theo loại tiền chưa hợp lí
Hoạt động huy động vốn của Ngân hàng tập trung chủ yếu vào huy động nội tệ. tỷ trọng số dư vốn huy động bằng VND qua các năm luôn lớn hơn 80% tổng nguồn vốn, đặc biệt năm 2011, nguồn vốn này chiếm đến 90,4%. Điều này gây khó khăn cho ngân hàng trong việc mở rộng các hoạt động kinh doanh về ngoại tệ. Trong khi tâm lý một số bộ phận dân cư vẫn ưa chuộng giữ tiền bằng vàng và ngoại tệ thì nguồn vốn huy động qua kênh này của ngân hàng cũng chưa đạt được hiệu quả tối đa so với nguồn lực.
S Chi phí huy động vốn bình qn khơng ổn định, phụ thuộc nhiều vào các chính
sách của NHNN
Chi phí huy động vốn bình qn năm 2011 tăng mạnh lên đến 10,9%, tăng 5,2% so với năm 2010. Sang năm 2012, 2013 có xu hướng giảm nhưng không ổn định. Chủ yếu ngân hàng phụ thuộc vào các chính sách về lãi suất của NHNN để giảm chi phí
huy động vốn mà chưa đề ra những chính sách riêng của ngân hàng để chi phí huy động vốn ổn định hơn.
S Kỳ hạn giữa huy động và sử dụng vốn còn chưa cân đối, hoạt động quản trị rủi ro thanh khoản của ngân hàng chưa an toàn.
Hoạt động quản trị rủi ro thanh khoản của ngân hàng chưa đảm bảo an tồn khi trong giai đoạn vẫn cịn năm 2012 tỷ lệ vốn ngắn hạn cho vay trung dài hạn là 33,74%, cao hơn mức 30% do NHNN quy định. Ngay cả các năm khác dù tỷ lệ này có nhỏ hơn 30% nhưng vẫn cịn khá cao, ngân hàng vẫn sử dụng nhiều nguồn vốn ngắn hạn để cho vay trung dài hạn, điều này dẫn đến nguy cơ rủi ro thanh khoản cho ngân hàng.