- Sự phù hợp thông lệ quốc tế: cho đến nay mặc dù đã hội nhập WTO hơn 6 năm nhưng nhiều văn bản của hệ thống, đặc biệt hệ thống các tiêu
2.3.2.Hạn chế, khuyết điểm
- Một thực trạng chung hiện nay của hệ thống VBQPPL, trong đó có hệ thống VBQPPL về lĩnh vực ATVSDBDTV là vừa thừa, vừa thiếu, cồng kềnh, manh múm, phức tạp, khó quản lý, khai thác và sử dụng. Trong hệ thống đó, có một số tiểu hệ thống VBQPPL vẫn chưa hoàn chỉnh.
- Tình trạng thiếu đồng bộ, thiếu thống nhất về nội dung giữa các VBQPPL còn khá nhiều. Tình trạng này thể hiện trên hai phương diện. Một là, một số văn bản công bố sau mâu thuẫn với những quy định của văn bản được ban hành trước đó, giữa các văn bản của các hệ thống khác nhau mâu thuẫn với nhau. Hai là, luật ban hành nhưng do chưa có văn bản hướng dẫn thi hành một cách kịp thời nên đã rơi vào tình trạng "nằm chờ", Thực tế đó cộng với việc có nhiều nội dung cần các văn bản dưới luật quy định đã tạo cho các văn bản triển khai, hướng dẫn có giá trị pháp lý "cao" hơn luật, pháp lệnh. Pháp lệnh đã ban hành, nhưng phải chờ nghị định; nghị định ban hành phải chờ thông tư hướng dẫn mới thực hiện được. Công tác rà soát, hệ thống hoá được quan tâm của các Bộ, ngành. Tuy nhiên, việc thực hiện nhưng chưa có tính tổng thể, chưa có hệ cơ sở dữ liệu và chưa quy chuẩn trong việc công nhận, khai thác, sử dụng hệ cơ sở dữ liệu
- Tình trạng chồng chéo, trùng lặp khá phổ biến của các VBQPPL. Nhiều quy định của văn bản này mâu thuẫn với quy định của văn bản khác, thậm chí ngay trong một văn bản nhiều quy định không còn phù hợp hoặc
chậm được sửa đổi, bổ sung. Ngược lại, nhiều vấn đề cần phải được ổn định thì lại thường xuyên sửa đổi, bổ sung, tính ổn định của nhiều văn bản chưa cao, có những văn bản mới thông qua chưa có văn bản hướng dẫn thi hành đã phải sửa, gây khó khăn trong việc hiểu, giải thích, áp dụng một cách thống nhất và đầy đủ.
- Các tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về ATTP hiện còn thiếu rất nhiều, đặc biệt là đối với những thực phẩm truyền thống. Một số tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật được ban hành cũng đã lạc hậu nhưng chưa được sửa đổi nên rất khó khăn trong công tác quản lý ATTP.
- Hệ thống văn bản về tổ chức, bộ máy, phân công, phân cấp vẫn còn bất cập, không rõ ràng và thiếu tính ổn định, đặc biệt là hệ thống văn bản quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức bộ máy của các cơ quan QLNN, đơn vị sự nghiệp hoạt động trong lĩnh vực ATVSDBĐTV.
- Cán bộ làm công tác pháp chế, soạn thảo văn bản nếu được đào tạo về luật thì còn thiếu kiến thức chuyên ngành, nếu được đào tạo về chuyên ngành thì thiếu kiến thức về luật. Việc nghiên cứu, tiếp cận với pháp luật quốc tế là quan trọng khi Việt Nam gia nhập WTO và các tổ chức quốc tế khác, là thành viên của các điều ước quốc tế song phương và đa phương về nông nghiệp. Thực trạng đó đòi hỏi cán bộ pháp chế phải có khả năng ngoại ngữ, am hiểu chuyên môn, luật pháp quốc tế. Tuy nhiên, năng lực cán bộ pháp chế các Bộ chưa đáp ứng được đòi hỏi này.