ban hành VBQLNN về lĩnh vực ATVSDBĐTV của các Bộ, ngành đã tuân thủ đúng các quy định của pháp luật về ban hành VBQPPL và các văn bản khác có liên quan. Tuy nhiên, vẫn còn một số văn bản được ban hành không đúng căn cứ pháp lý từ đó làm giảm đi tính hiệu lực của hệ thống, ví dụ:
+ Quyết định 91/2006/QĐ-BNN ngày 16/10/2006 của Bộ NNPTNT “quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Thanh tra Cục Bảo vệ thực vật”; Quyết định 93/2006/QĐ-BNN ngày 16/10/2006 của Bộ NNPTNT “Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Thanh tra Cục Thú y” trái với Luật Thanh tra (2004). Theo Luật Thanh tra (2004), không tổ chức thanh tra chuyên ngành tại các Cục thuộc Bộ và Chi cục thuộc Sở. Tuy nhiên, tại các VBQPPL nêu trên vẫn quy định hoạt động thanh tra chuyên ngành tại các cơ quan QLNN trực thuộc Bộ NNPTNT và Sở NNPTNT các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.
+ Hoặc có VBQPPL được ban hành dựa trên căn cứ ban hành là một VBQPPL đã hết hiệu lực như Quyết định 85/2008/QĐ-BNN ban hành “Quy chế quản lý sản xuất, kinh doanh giống thuỷ sản”; Quyết định số 03/2007/QĐ-BNN ngày 19/01/2007 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành ''Quy định về công bố tiêu chuẩn chất lượng sản phẩm, hàng hoá đặc thù chuyên ngành nông nghiệp'' căn cứ vào Quyết định số 03/2006/QĐ-BKHCN ngày 10 tháng 01 năm 2006 của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ về việc ban hành “Quy định về công bố tiêu chuẩn chất lượng sản phẩm, hàng hóa” đã hết hiệu lực.
- Về hình thức và thể thức văn bản: Một số VBQPPL được ban hành chưa đúng về mặt thể thức, ví dụ:
+ VBQPPL được ban hành có số hiệu văn bản theo thể thức văn bản hành chính thông thường, như: Quyết định số 3762/QĐ-BNN-CN ngày 28/11/2008 của Bộ trưởng Bộ NN PTNT về việc “quản lý chất Melamine trong chăn nuôi và nuôi trồng thuỷ sản”; Quyết định số 2670/QĐ-BNN- QLCL ngày 29/8/2008 của Bộ trưởng Bộ NN PTNT “công bố danh mục các chỉ tiêu chỉ định kiểm tra đối với lô hàng thuỷ sản”; Quyết định 1154/QĐ- BTS của Bộ trưởng Bộ Thủy sản “ban hành danh mục thuốc thú y thuỷ sản,
sản phẩm xử lý cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản được phép lưu hành tại Việt Nam”; Quyết định số 818/QĐ-BYT ngày 05/3/2007 của Bộ Y tế “ban hành danh mục hàng hóa nhập khẩu phải kiểm tra về vệ sinh an toàn thực phẩm theo mã số HS”.
+ Hoặc đối với văn bản hành chính, thì lại có tình trạng ngược lại. Nhiều chương trình, đề án do Thủ tướng Chính Phủ và các Bộ ban hành có số hiệu văn bản theo thể thức của VBQPPL, như: Quyết định 149/2007/QĐ-TTg ngày 10/9/2007 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt “Chương trình mục tiêu quốc gia Vệ sinh an toàn thực phẩm giai đoạn 2006 – 2010”; Quyết định 147/2008/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt “Kế hoạch hành động quốc gia đẩy nhanh thực hiện cam kết đối với Hiệp định về vệ sinh an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật đáp ứng nghĩa vụ hành viên WTO”.
+ Hoặc cá biệt có trường hợp văn bản được ban hành không đúng hình thức, đó là Quyết định 2204/QĐ-BYT ngày 28/6/2011 của Bộ trưởng Bộ Y tế “quy định tạm thời về mức giới hạn về DEHP trong thực phẩm”. Theo Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật (2010) thì hình thức VBQPPL do Bộ trưởng ban hành là thông tư nhưng Bộ Y tế sử dụng hình thức Quyết định để quy định các quy phạm pháp luật là không phù hợp.