Phân tích đặc điểm các gen giữ nhà (house keeping genes)
Những đột biến trên trình tự mã hóa protein dẫn đến thay đổi trình tự acid amin được gọi là đột biến không đồng nghĩa (non synomynous substitution), trong khi những đột biến không làm thay đổi acid amin được gọi là đột biến đồng nghĩa (synomynous substitution). Tỉ lệ giữa số lượng của đột biến không đồng nghĩa (non-synomynous subtitution) trên đột biến đồng nghĩa (dN/dS) được tính toán bằng phần mềm Mega 5[94]. Tỉ số dN/dS này được sử dụng nhằm ước lượng áp lực chọn lọc trên trình tự mã hóa protein. Giá trị dN/dS lớn hơn 1 chứng tỏ có chọn lọc dương, tức là những đột biến không đồng nghĩa được ưu tiên trong quần thể. Trong khi tỉ số dN/dS=1 chứng tỏ có chọn lọc trung tính và dN/dS<1 chứng tỏ có chọn lọc âm, quần thể ưu tiên giữ lại trình tự protein gốc hơn là protein đột biến.
nhau được so sánh kiểm tra sự tương đồng sử dụng phần mềm Se_al
(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/) , lưu ở định dạng PHYLIP, sau đó được đưa vào
phần mềm PHYML 3.0 [42] để dựng cây phát sinh loài, sử dụng mô hình biến đổi (substitution model) của Hasegawa-Kishino-Yano (HKY85), quá trình xây dựng cây được lặp lại 500 lần. Cây phát sinh loài sau đó được xem bằng phần mềm Fig tree
(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) và xuất ra ở định dạng JPEG.
Vẽ cây Minimum spanning tree bằng phần mềm Bionumeric 4.5
MSTREE là công cụ đồ họa cho phép liên kết các nút (node) với nhau trong một nhóm dữ liệu (dataset) sao cho tổng khoảng cách của các nhánh là nhỏ nhất. Thuật toán MST được cài đặt trong Bionumerics 4.5 được sử dụng để vẽ cây MSTREE từ số allele của tất cả các mẫu phân lập được. Thuật toán này sử dụng một kiểu di truyền (ST) có số lượng biến đổi ở một locus (single locus variants_SLVs) cao nhất làm nút gốc và dẫn xuất những ST khác từ đó. ST có từ 3 allele giống nhau trở lên được liên kết bằng đường gạch ngang.