Nguyên tắc:
Dưới tác dụng của điện trường, DNA tích điện âm sẽ di chuyển từ cực âm sang cực dương. Gel agarose có cấu tạo nền như tổ ong có thể phân tách các trình tự DNA
Hóa chất và dụng cụ:
● Dung dịch đệm Tris-borat/EDTA 10X (TBE): 108g Tris base, 55g acid boric, 40ml EDTA 0.5M.
● Dung dịnh đệm mang mẫu (6X) gồm 0,25% phẩm màu cam, 30% glycerol trong nước.
● 10mg/ml Ethidium bromide trong nước (2,7-diamino-10-ethyl-9- phenylphenanthridinium bromide).
● Thang DNA lamda 100 bp chuẩn (Invitrogen) với vạch thấp nhất là 100 bp, cao nhất là 2072 bp, từ vạch 100 bp đến vạch 1500 bp mỗi vạch cách nhau 100 bp (hình 2.1).
● Máy phát hiện DNA bằng tia UV (Vilber Lourmat) và hệ thống chụp hình, phân tích kết quả bằng hệ thống Gel Doc (Biorad, Mỹ). Các vạch được phân tích bằng phần mềm Quantity One (Biorad, Mỹ).
Tiến hành :
● Tạo bảng gel 2%: Cân 2g agarose hoà trong 100ml dung dịch đệm TBE, đun sôi cho agarose tan hoàn toàn, sau đó để nguội khoảng 50oC. Cho vào dung dịch 3µl Ethidium bromide, lắc đều và đổ gel vào khay có gắn lược tạo giếng. Gel sẽ định hình sau khoảng 30-60 phút.
● Điện di: 10µl sản phẩm PCR sau khi khuếch đại được trộn với 2 µl dung dịch đệm mang mẫu có nồng độ 6X (loading buffer). Tất cả hỗn hợp được cho vào các giếng của bảng gel 2% và chạy điện di cùng với 6 µl thang DNA 100 bp (50ng/ml). Quá trình điện di được thực hiện trong 45 phút, ở điện thế 180
Volt.
● Kích thước sản phẩm DNA được phát hiện và kiểm tra bằng máy đo UV ở bước sóng 590nm trong vùng ánh sáng đỏ cam và kết quả được phân tích bằng phần mềm Quantity One.