Typhi và Paratyphi A có thể sinh sôi trong tuyến tụy và được thải ra ngoài theo phân trong một thời gian dài. Con người là vật chủ duy nhất cho Typhi và Paratyphi A, vì vậy những người mang trùng không triệu chứng được xem là góp phần quan trọng trong việc lưu giữ những chủng Typhi và lan truyền bệnh trong cộng đồng. Ở nhóm bệnh nhân nhiễm sốt thương hàn không chữa trị, khoảng 10% trong số này sẽ thải vi khuẩn trong vòng 3 tháng (gọi là tình trạng mang trùng tạm thời). Khoảng 4% bệnh nhân sốt thương hàn sẽ trở thành người mang trùng mãn tính với thời gian dài hơn 1 năm sau khi bình phục[19]. Hiện tượng này thường xảy ra ở bệnh nhân có sẵn bệnh lý ở túi mật (ví dụ: sỏi mật), phổ biến ở phụ nữ hơn là ở đàn ông[17].Việc mang trùng mãn tính ở túi mật được xem là có liên quan đến nguy cơ bị ung thư túi mật, tuyến tụy và ruột già[62]. Tình hình mang trùng mãn tính thậm chí còn có thể xuất hiện ở bệnh nhân không có triệu chứng của bệnh thương hàn với 25% số người mang trùng không triệu chứng cho biết chưa có tiền sử bị bệnh sốt thương hàn[55]. Ngoài ra, việc thải vi khuẩn trong nước tiểu cũng được ghi nhận, thường xảy ra ở bệnh nhân có đường tiểu bất thường, và được cho là có liên quan tới việc nhiễm sán máng trong đường tiểu[43]. Bệnh nhân nhiễm sán máng làm kéo dài tình trạng mang trùng không triệu chứng vì
Salmonella có thể xâm nhập và sinh sản bên trong thân sán và được bảo vệ khỏi tác
động của kháng sinh. Bất thường về mặt cấu trúc của túi mật hoặc đường tiểu cũng khiến cho việc loại bỏ hoàn toàn Salmonella gặp thất bại do chúng được bảo vệ ở những phần bị tắc nghẽn .