Trớc hết cần tìm hiểu địa vị của nấm trong giới sinh vật. Trớc kia ngời ta chia sinh vật trong địa cầu thành 2 giới động vật và thực vât . Nấm là thực vật mất chất diệp lục và thuộc về ngành thực vât nấm tảo. Cùng với sự phát
triển của khoa học việc phân chi giới sinh vật cũng có những thay đổi. Năm 1969 Whitaker căn cứ vào địa vị trong giới tự nhiên, phơng thức dinh dỡng đề xúat hệ thống 5 giới, chia sinh vật ra các giới: sinh vật nhân nguyên thuỷ (Procaryotae), giới sinh vật nguyên thuỷ (Protista) ,giới thực vật (Plantae), giới nấm ( Fungi) và giới động vật ( Animalia). Vào những năm 80 của thế kỷ 20 sự phát triển kính hiển vi điện tử, sinh học phân tử hệ thống phân loại sinh vật càng đợc đổi mới. Năm 1981 Calaviaer-Smith lần đầu tiên đề ra hệ thống phân loại 8 giới. Dù 5 giới hay 8 giới các nhà khoa học đều chủ trơng tách Nấm ra một giới riêng, gọi là giới nấm ( Fungi hoặc Mycota). Trong hệ thống 8 giới nấm noãn đợc xếp vào giới tảo, nấm nhầy và nấm bớu rễ đợc xếp vào giới động vật nguyên sinh. Vì vậy, năm 1992 Barr đề nghị nấm nên chia ra 3 giới và gọi chung là sinh vật nấm (union of fungi), sinh vật giới nấm đợc gọi là nấm thật ( true fungi), nấm noãn nên xếp vào nấm giả ( pseudofungi). Giới nấm bao gồm 3 bộ phận nấm thật, nấm giả và nấm nhầy.
Về phân loại nấm, quan điểm của các nhà khoa học cha nhất trí, nhiều ngời nêu ra các hệ thống khác nhau, trong đó hệ thống của ainsworth (1971,1973) đã đợc nhiều ngời tiếp thu. Hệ thống này ông chia nấm ra làm 2 ngành: nấm nhầy ( Myxomycota) thể dinh dỡng là khối nhầy biến dạng và nấm thật ( Eumycota) thể dinh dỡng chủ yếu là sợi nấm. Hầu hết nấm gây bệnh cây thuộc ngành nấm thật. Căn cứ vào thể dinh dỡng, sinh sản vô tính và sinh sản hữu tính, ngành nấm thật đợc chia ra 5 ngành phụ: ngành phụ nấm lông roi ( Mastigomycotina) ngành phụ nấm tiếp hợp ( Zygomycotina) ngành phụ nấm túi ( ascomycotina), ngành phụ nấm đảm ( Basidiomycotina) và ngành phụ nấm bất toàn ( Deuteromycotina)
Bảng khoá phân loại của chúng nh sau:
(2) Sinh sản vô tính không có bào tử động, sinh sản hữu tính có thể sản sinh: + Bào tử tiếp hợp...Ngành phụ nấm tiếp hợp + Bào tử túi...Ngành phụ nấm túi + Bào tử đảm...Ngành phụ nấm đảm (3) Sinh sản vô tính lhông có bào tử động, cha phát hiện giai đoạn hữu tính.. ...Ngành phụ nấm bất toàn.
Đơn vị phân loại của các cấp nấm là: giới, ngành (-mycota), ngành phụ (-mycotina), lớp ( -mycetes) lớp phụ (- mycetidae), bộ (-ales), họ ( aceae), chi, loài. Loài là đơn vị phân loại cơ bản nhất của nấm, những loài thân thuộc là chi. Đặc điểm hình thái là cơ sở phân loài, đặc điểm giữa các loài chủ yếu là hình thái, có lúc còn căn cứ vào sự khác nhau về sinh thái, sinh lý, sinh hoá và di truyền.
Dới loài có lúc còn có thể chia ra biến loài (variety), kiểu chuyên hoá ( forma specialis, viết tắt là f.sp.) và kiểu sinh lý ( physiological race). Biến loài là căn cứ vào sự khác nhau về hình thái; kiểu chuyên hoá và sinh lý phần lớn dựa vào sự khác nhau về tính gây bệnh đối với các loài cây chủ. Có một số loài nấm không có kiểu chuyên hoá rõ rệt, nhng khác nhau về kiểu sinh lý. Nghĩa là trong một quần thể trong đó tính di truyền cá thể không hoàn toàn nh nhau. Cho nên kiểu sinh lý là do một loạt kiểu sinh vật ( biotype) tổ thành. Kiểu sinh vật là một quần thể tổ thành bởi các cá thể cùng một tính di truyền.
Cách đặt tên nấm cũng giống nh cách đặt tên của thực vật. Tên trớc là tên chi, sau là tên loài. Tên chi là một danh từ nên phải viết hoa chữ đầu, tên loài là một tính từ. Sau tên la tinh là tên của ngời đặt tên. Nếu tên cũ không hợp lý và bị sửa lại, thì để tên ngời đó trong ngoặc đơn. Ví dụ nấm gây bệnh mộc sơng : Peronospora parasitica ( Pers.) Fr. Nếu dới loài còn có biến loài thì sau đó thêm biến loài nh nấm bệnh phấn trắng đào Sphaeroptheca pannosa (Wallr) Lev. var. persicae Worronich. Nếu là kiểu chuyên hoá thì
thì thêm kiểu chuyên hoá nh nấm gây bẹnh khô héo da chuột : Fusarium oxysporum ( Schl.) f.sp. cucumerium Owen.. Kiểu sinh lý thờng dùng số để biểu hiện.
Một số loài nấm có 2 tên là do sau khi phát hiện đợc giai đoạn hữu tính đã đặt cho tên khác. Ví dụ bệnh đốm đen quả trẩu giai doạn hữu tính là
Mycosphaerella aleuritidis ( Miyake) Ou mà giai đoạn vô tính là
Cercospora aleuritidis Miyake. Những loài nấm này giai đoạn vô tính rất dài và khả năng gây bệnh rất lớn.