Để định danh vi khuẩn đến lồi cĩ độ chính xác cao, ngồi định danh theo phương pháp truyền thống, chúng tơi thực hiện định danh bằng phương pháp sinh học phân tử dựa vào việc giải trình tự rDNA 16S.
Trước khi chạy PCR chúng tơi tiến hành tách DNA bộ gen để dùng làm khuơn mẫu cho phản ứng PCR, kết quả tách chiết DNA cho thấy DNA bộ gen thu nhận được tốt cho việc thực hiện phản ứng PCR, với nồng độ thu được và độ tinh sạch (OD260/OD280) được thể hiện trong Bảng 3.8 và độ nguyên vẹn được thể hiện trên Hình 3.4.
Bảng 3.8: Độ tinh sạch và nồng độ DNA bộ gen vi khuẩn thu được
OD260 nm OD280 nm OD320 nm OD260nm/ OD280 nm Nồng độ DNA (ng/µL) Chủng S_CT_B2 0,431 0,226 0,004 1,91 157,99 Chủng W_TN_B1 0,407 0,217 0,003 1,88 149,48 Chủng W_TB_B2 0,463 0,247 0,003 1,87 170,20
Trước khi giải trình tự rDNA 16S chúng tơi tiến hành khuếch đại chúng bằng phản ứng PCR bằng cặp mồi 27F/1525R, đoạn trình tự này cĩ kích thước khoảng 1500 bp, sau khi thực hiện phản ứng PCR sản phẩm được thể hiện trên Hình 3.4.
Giếng 1: Sản phẩm sau khi tách DNA chủng S_CT_B2
Giếng 2: Sản phẩm sau khi tách DNA chủng W_TB_B2
Giếng 3: Sản phẩm sau khi tách DNA chủng W_TN_B1
Giếng 4: Thang Lambda DNA/EcoR I + Hind III Giếng 5: Sản phẩm khuếch đại rDNA 16S chủng S_CT_B2 Giếng 6: Sản phẩm khuếch đại rDNA 16S chủng W_TB_B2 Giếng 7: Sản phẩm khuếch đại rDNA 16S chủng W_TN_B1.
Hình 3.4: Kết quả thu nhận DNA bộ gen và sản phẩm khuếch đại trình tự rDNA 16S
Hình trên cho thấy sản phẩm khuếch đại cĩ vạch nằm tương ứng với chiều dài khoảng 1500 bp so với thang chuẩn, như vậy sản phẩm khuếch đại này tương
ứng với kích thước đoạn DNA sản phẩm dự kiến.
Sản phẩm PCR sau khi khuếch đại được gửi giải trình tự tại cơng ty Macrogen Inc, Hàn Quốc. Kết quả được tiến hành xử lý bằng phần mềm FastPCR
để nối lại trình tự rDNA 16S gần như nguyên vẹn của các chủng lại, kết quả trình tự
rDNA 16S gần như nguyên vẹn của các chủng vi khuẩn được trình bày trong Phụ lục V.
Sau khi đã cĩ trình tự rDNA 16S của mỗi chủng, chúng tơi tiến hành tìm và so sánh độ tương đồng di truyền của các chủng trên ngân hàng dữ liệu bằng cơng cụ
đồng di truyền của các chủng trên ngân hàng dữ liệu được trình bày trong Phụ lục VI.
Từ kết quả so sánh độ tương đồng di truyền của các chủng trên ngân hàng dữ
liệu cho thấy:
¾ Chủng S_CT_B2 (1392 bp) thuộc chi Pseudomonas và cĩ quan hệ gần nhất với lồi Pseudomonas aeruginosa ở mức độ tương đồng di truyền là 99%.
¾ Chủng W_TB_B2 (1416 bp) thuộc chi Burkholderia và cĩ quan hệ gần nhất với lồi Burkholderia thailandensisở mức độ tương đồng di truyền là 99%.
¾ Chủng W_TN_B1 (1468 bp) thuộc chi Bacillus và cĩ quan hệ gần nhất với lồi Bacillus licheniformisở mức độ tương đồng di truyền là 97%. Tuy nhiên, để kết luận các chủng là lồi nào thì cần phải dựa trên cây phát sinh lồi. Bằng phần mềm BioEdit và MEGA cùng với dữ liệu trình tự rDNA 16S của các lồi cùng chi trong ngân hàng gen, chúng tơi đã xây dựng cây phát sinh lồi tổng quát được thể hiện trên Hình 3.5; 3.6 và 3.7.
P.azotoformans IAM 1603T (D84009) P.costantinii CFBP 5705T (AF374472) P.extremorientalis KMM 3447T (AF405328) P.simiae OLiT (AJ936933)
P.salomonii CFBP 2022T (AY091528) P.palleroniana CFBP 4389T (AY091527) P.tolaasii LMG 2342T (AF255336) P.trivialis DSM 14937T (AJ492831) P.lurida DSM 15835T (AJ581999) P.poae DSM 14936T (AJ492829) P.antarctica CMS 35T (AJ537601) P.meridiana CMS 38T (AJ537602) P.cedrina subsp. fulgida DSM 14938T (AJ4
P.fluorescens IAM 12022T (D84013) P.grimontii CFML 97-514T (AF268029) P.rhodesiae CIP 104664T (AF064459) P.marginalis LMG 2210T (Z76663)
P.panacis CG20106T (AY787208) P.mucidolens IAM 12406T (D84017) P.synxantha IAM 12356T (D84025) P.veronii CIP 104663T (AF064460) P.brennerii CFML 97-391T (AF268968)
P.proteolytica CMS 64T (AJ537603) P.kilonensis DSM 13647T (AJ292426) P.mandelii CIP 105273T (AF058286) P.migulae CIP 105470T (AF074383) P.collierea PR212T (AM421016) P.lini CFBP 5737T (AY035996)
P.frederiksbergensis DSM 13022T (AJ24938 P.brassicacearum DBK11T (AF100321) P.thivervalensis CFBP 11261T (AF100323) P.chlororaphis subsp. aurantiaca NCIB 10 P.chlororaphis DSM 50083T (Z76673)
P.chlororaphis subsp. aureofaciens DSM 6 P.cichorii LMG 2162T (Z76658) P.meliae MAFF 301463T (AB021382) P.tremae CFBP 6111T (AJ492826)
P.syringae pv. savastanoi ATCC 13522T (A P.amygdali LMG 2123T (Z76654) P.congelans DSM 14939T (AJ492828) P.cannabina CFBP 2341T (AJ492827) P.ficuserectae JCM 2400T (AB021378)
P.lundensis ATCC 49968T (AB021395) P.taetrolens IAM 1653T (D84027) P.jessenii CIP 105274T (AF068259) P.vancouverensis DhA-51T (AJ011507) P.moorei RW 10T (AM293566) P.reinekei Mt-1T (AM293565) (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
P.clemancea PR221T (AM419155) P.mohnii Ipa-2T (AM293567)
P.abietaniphila ATCC 700689T (AJ011504) P.rhizosphaerae IH5T (AY152673) P.graminis DSM 11363T (Y11150) P.lutea OK2T (AY364537) P.koreensis KACC 10848T (AF468452) P.moraviensis CCM 7280T (AY970952)
P.agarici LMG 2112T (Z76652) P.teessidea PR65T (AM419154)
P.stutzeri ATCC 17588T (AF094748) P.xanthomarina KMM 1447T (AB176954) P.asplenii ATCC 23835T (AB021397)
P.japonica IAM 15071T (AB126621) P.vranovensis CCM 7279T (AY970951) P.monteilii CIP 104883T (AF064458) P.plecoglossicida FPC951T (AB009457)
P.mosselii CIP 105259T (AF072688) P.cremoricoloranta IAM 1541T (AB060137) P.fulva NRIC 0180T (AB060136) P.parafulva AJ 2129T (AB060132) P.oryzihabitans IAM 1568T (D84004) P.putida IAM 1236T (D84020) P.pohangensis H3-R18T (DQ339144) P.marincola KMM 3042T (AB301071) P.segetis FR1439T (AY770691) P.borbori R-20821T (AM114527) P.cuatrocienegasensis 1NT (EU791281) P.guineae LMG 24016T (AM491810) P.peli R-20805T (AM114534) P.argentinensis CH01T (AY691188) P.straminea IAM 1598T (D84023) P.mendocina NCIMB 10541T (D84016) P.pseudoalcaligenes LMG 1225T (Z76666) P.luteola IAM 13000T (D84002) P.takelamaensis HR2T (EU046271) P.oleovorans IAM 1508T (D84018) P.tuomuerensis 78-123T (DQ868767) P.aeruginosa DSM 50071T (X06684) S CT B2 P.resinovorans LMG 2274T (Z76668) P.guezennei RA26T (AJ876736) P.otitidis MCC 10330T (AY953147) P.alcaligenes IAM 12411T (D84006)
P.jinjuensis KACC 10760T (AF468448) P.multiresinivorans ATCC 700690T (X96787 P.nitroreducens IAM 1439T (AM088473) P.knackmussii B13T (AF039489) P.citronellolis DSM 50332T (Z76659)
P.delhiensis RLD-1T (DQ339153) P.azotifigens 6H33bT (AB189452)
P.pachastrellae KMM 330T (AB125366) P.pertucinogena IFO 14163T (AB021380) P.sabulinigri J64T (EU143352)
P.xinjiangensis S3-3T (EU286805) P.elongata DSM 6810T (AF500006) P.stanieri ATCC 27130T (AB021367)
P.beijerinckii ATCC 19372T (AB021386) P.halophila DSM 3050T (AB021383) P.doudoroffii MBIC 1298T (AB019390)
P.flectens ATCC 12775T (AB021400) P.boreopolis ATCC 33662T (AB021391)
P.cissicola ATCC 33616T (AB021399) P.beteli ATCC 19861T (AB021406) P.geniculata ATCC 19374T (AB021404)
P.hibiscicola ATCC 19867T (AB021405) P.lanceolata ATCC 14669T (AB021390) P.saccharophila DSM 654T (AB021407)
P.syzygii ATCC 49543T (AB021403) P.huttiensis ATCC 14670T (AB021366) P.lemoignei LMG 2207T (X92555) P.carboxydohydrogena DSM 1083T (AB021393 9 7 1 0 0 5 9 1 0 0 8 9 1 0 0 5 4 1 0 0 1 0 0 8 8 4 8 9 5 9 6 7 5 7 3 9 7 9 9 5 8 9 9 8 7 6 1 9 9 9 9 7 0 9 9 7 0 1 0 0 9 6 8 9 7 5 4 2 9 9 7 5 6 1 4 7 1 0 9 0 4 3 2 2 7 3 3 7 7 8 2 7 6 4 9 1 0 0 2 2 2 3 4 4 8 4 5 3 5 7 3 9 2 3 8 9 6 6 4 4 3 0 2 9 8 9 3 7 3 7 5 8 2 7 1 9 3 4 2 8 1 5 4 4 2 6 9 6 6 1 4 6 3 8 5 9 2 4 6 8 3 0 5 9 7 5 8 6 3 7 2 8 6 5 1 8 2 7 1 2 3 9 4 8 3 3 2 3 7 1 0 4 7 5 9 2 5 1 2 1 7 1 9 4 7 5 3 3 3 7 4 9 5 1 1 1 3 4 2 6 0.02
Hình 3.5: Cây phát sinh lồi tổng quát của chủng S_CT_B2 với các chủng khác
B.plantarii LMG 9035T (U96933) B.vandii LMG 16020T (U96932)
B.cocovenenans ATCC 33664T (AB021389) B.glumae LMG2196T (U96931)
B.pyrrocinia LMG 14191T (U96930) B.cepacia ATCC 25416T (U96927)
B.multivorans LMG 13010T (Y18703) B.vietnamiensis LMG 10929T (AF097534) B.pseudomallei ATCC 23343T (DQ108392) B.thailandensis E264T (EF535235)
W TB B2
B.endofungorum HKI 456T (AM420302) B.rhizoxinica HKI 454T (AJ938142) B.caryophylli ATCC 25418T (AB021423)
B.soli GP25-8T (DQ465451) B.glathei LMG 14190T (U96935) B.hospita LMG 20598T (AY040365) B.fungorum LMG 16225T (AF215705) B.megapolitana LMG 23650T (AM489502) B.phenazinium LMG2247T (U96936) B.phytofirmans PsJNT (AY497470) B.graminis C4D1MT (U96939) B.terricola LMG 20594T (AY040362) B.xenovorans LB400T (U86373) B.sediminicola HU2-65WT (EU035613)
B.ginsengisoli KMY03T (AB201286) B.bryophila LMG 23644T (AM489501) B.caledonica LMG 19076T (AF215704)
B.kururiensis (AB024310) B.unamae MTl-641T (AY221956)
B.nodosa Br3437T (AY773189) B.mimosarum PAS44T (AY752958)
B.ferrariae FeGl01T (DQ514537)
B.silvatlantica SRMrh-20T (AY965240) B.norimbergensis (Y09879)
B.pickettii ATCC 27511T (AY741342) 1 0 0 6 1 8 2 5 4 9 8 5 7 7 1 5 4 7 9 9 5 1 0 0 8 3 9 4 3 9 9 1 9 9 6 0 2 5 5 9 6 2 1 0 0 3 6 3 7 5 6 7 5 6 6 4 9 3 5 3 3 8 5 1 6 1 7 3 0 0.01
Hình 3.6: Cây phát sinh lồi tổng quát của chủng W_TB_B2 với các chủng khác (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
B.bataviensis LMG 21833T (AJ542508) B.drentensis LMG 21831T (AJ542506) B.soli LMG 21838T (AJ542513) B.novalis LMG 21837T (AJ542512) B.vireti LMG 21834T (AJ542509) B.fumarioli LMG 17489T (AJ250056) B.niacini IFO15566T (AB021194) B.pocheonensis Gsoil 420T (AB245377)
B.methanolicus NCIMB 13113T (AB112727) B.foraminis CV53T (AJ717382) B.subterraneus COOI3BT (AY672638)
B.selenatarsenatis SF-1T (AB262082) B.boroniphilus T-15ZT (AB198719) B.jeotgali YKJ-10T (AF221061) B.circulans IAM 12462T (D78312) B.firmus IAM 12464T (D16268) B.infantis SMC 4352-1T (AY904032) B.korlensis ZLC-26T (EU603328) B.pallidus CW 7T (EU364818) B.kribbensis BT080T (DQ280367) B.acidicola 105-2T (AF547209) B.isabeliae CVS-8T (AM503357) B.ginsengihumi Gsoil 114T (AB245378) B.sporothermodurans M215T (U49080)
B.alveayuensis TM 1T (AY605232) B.eolicus 4-1T (AJ504797) B.smithii DSM 4216T (X60643) B.lentus NCIMB 8773T (AB021189)
B.galactosidilyticus LMG 17892T (AJ53563 B.ruris R-6760T (AJ535639) B.badius ATCC 14574T (X77790) B.farraginis R-6540T (AY443036) B.fortis R-6514T (AY443038) B.coagulans NBRC 12583T (AB271752) B.beijingensis ge10T (EF371374) B.ginsengi ge14T (EF371375) B.flexus IFO15715T (AB021185) B.megaterium IAM 13418T (D16273) B.koreensis BR030T (AY667496) B.aquaemaris TF-12T (AF483625) B.vietnamensis 15-1T (AB099708) B.marisflavi TF-11T (AF483624) B.seohaeanensis BH724T (AY667495) B.coahuilensis m4-4T (EF014452) B.coahuilensis m4-4 aT (EF014450) B.coahuilensis m4-4 bT (EF014451) B.butanolivorans K9T (EF206294) B.simplex DSM 1321T (AJ439078) B.asahii MA001T (AB109209)
B.funiculus NAF001T (AB049195) B.panaciterrae Gsoil 1517T (AB245380)
B.pseudomycoides (AF013121) B.thuringiensis IAM 12077T (D16281) B.anthracis ATCC 14578T (AB190217) B.cereus ATCC 14579T (AE016877)
B.acidiceler CBD 119T (DQ374637) B.luciferensis LMG 18422T (AJ419629) B.cohnii DSM 6307T (X76437)
B.halmapalus DSM 8723T (X76447) B.alkalitelluris BA288T (AY829448) B.litoralis SW-211T (AY608605) B.niabensis 4T19T (AY998119) B.azotoformans ATCC 29788T (X60609) B.endophyticus 2DT (AF295302) B.humi LMG 22167T (AJ627210) B.cibi JG-30T (AY550276) B.indicus Sd-3T (AJ583158) B.idriensis SMC 4352-2T (AY904033) B.aerophilus 28KT (AJ831844) B.altitudinis 41KF2bT (AJ831842) B.stratosphericus 41KF2aT (AJ831841)
B.pumilus ATCC 7061T (AY876289) B.licheniformis ATCC 14580T (CP000002) W TN B1 B.subtilis NCDO 1769T (X60646) B.vallismortis DSM 11031T (AB021198) B.velezensis CR-502T (AY603658) B.arenosi LMG 22166T (AJ627212) B.arvi LMG 22165T (AJ627211) B.pycnus NBRC 101231T (AB271739) B.insolitus DSM 5T (AM980508) B.decisifrondis E5HC-32T (DQ465405) B.massiliensis 4400831T (AY677116) B.halodenitrificans DSM 10037T (AY543169 B.haloalkaliphilus DSM 5271T (AJ238041) B.halophilus DSM 4771T (AJ243920) B.aidingensis 17-5T (DQ504377) B.qingdaonensis CM1T (DQ115802) B.chaganniensis CG15T (AM492159) B.chagannorensis CG-15T (AM492159) B.aurantiacus K1-5T (AJ605773) B.cellulosilyticus N-4T (AB043852) B.polygoni YN-1T (AB292819) B.hwajinpoensis SW-72T (AF541966) B.taeanensis BH030017T (AY603978)
B.okhensis Kh10-101T (DQ026060) B.wakoensis N-1T (AB043851) B.krulwichiae AM31DT (AB086897) B.akibai 1139T (AB043858) B.alcalophilus DSM 485T (X76436) B.hemicellulosilyticus C-11T (AB043846) B.halodurans DSM 497T (AJ302709) B.alkalidiazotrophicus MS 6T (EU143680) B.macyae JMM-4T (AY032601) B.alkalinitrilicus ANL-iso4T (EF422411)
B.plakortidis P203T (AJ880003) B.patagoniensis PAT 05T (AY258614) B.lehensis MLB2T (AY793550) B.oshimensis K11T (AB188090) B.decolorationis LMG 19507T (AJ315075) B.arsenicus con a-3T (AJ606700) B.gelatini LMG 21880T (AJ551329) B.macauensis ZFHKF-1T (AY373018) B.solisalsi YC1T (EU046268) B.horti K13T (D87035) B.mannanilyticus AM-001T (AB043864)
B.chitinolyticus HSCC 596T (AB045100) B.ehimensis KCTC3748T (AY116665)
B.longisporus LMG13275T (AJ223991) B.macerans IAM 12467T (AB073196) B.formosus DSM 9885T (AB112712)
B.schlegelii ATCC 43741T (AB042060) B.tusciae IFO 15312T (AB042062) 1 0 0 1 0 0 8 6 4 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 9 4 8 9 9 8 7 4 9 3 1 0 0 9 7 6 5 9 9 1 0 0 7 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 8 0 5 7 8 2 6 8 2 9 9 7 1 0 0 4 1 5 3 9 9 1 0 0 6 6 8 4 1 0 0 1 0 0 8 6 1 0 0 9 7 1 0 0 9 7 9 9 1 0 0 2 5 5 3 9 5 8 4 2 2 9 6 8 1 9 6 6 8 2 3 9 8 9 2 4 8 1 4 8 2 9 9 6 7 6 8 3 7 8 2 3 9 7 3 8 7 3 8 6 5 1 5 9 4 5 7 5 8 0 4 7 6 7 4 4 5 0 4 5 5 3 3 2 8 1 6 8 1 0 2 4 4 7 7 6 2 5 3 3 4 2 7 5 5 4 4 3 4 2 9 2 2 4 1 3 1 3 2 7 9 2 6 6 1 0 1 9 1 8 1 0 2 5 0 5 1 1 1 3 0 0 1 1 2 0 0.01
Hình 3.7: Cây phát sinh lồi tổng quát của chủng W_TN_B1 với các chủng khác
Tuy nhiên, số lượng lồi sử dụng ở cây phát sinh lồi tổng quát là rất nhiều vì thế sau khi xử lý bằng phần mềm BioEdit thì số trình tự dùng để so sánh là khoảng 1000 nucleotide. Do đĩ, kết quảở cây phát sinh lồi tổng quát chưa thể hiện chính xác kết quả. Vì thế, chúng tơi tiếp tục dựng cây phát sinh lồi chi tiết cho từng chủng với các lồi so sánh là các lồi trong cùng nhánh, cĩ mối quan hệ họ hàng gần nhất với chủng khảo sát. Kết quảđược thể hiện trên Hình 3.8; 3.9 và 3.10.
P.citronellolis DSM 50332T (Z76659) P.delhiensis RLD-1T (DQ339153) P.knackmussii B13T (AF039489)
P.jinjuensis KACC 10760T (AF468448) P.multiresinivorans ATCC 700690T (X96787
P.nitroreducens IAM 1439T (AM088473) P.alcaligenes IAM 12411T (D84006)
P.guezennei RA26T (AJ876736) P.otitidis MCC 10330T (AY953147) P.resinovorans LMG 2274T (Z76668) P.aeruginosa DSM 50071T (X06684) S CT B2 P.halophila DSM 3050T (AB021383) 9 5 1 0 0 4 2 3 6 5 0 9 2 9 7 6 8 5 4 1 0 0 0.02
Hình 3.8: Cây phát sinh lồi chi tiết của chủng S_CT_B2 với các chủng khác trong
B.plantarii LMG 9035T (U96933) B.vandii LMG 16020T (U96932)
B.cocovenenans ATCC 33664T (AB021389) B.glumae LMG2196T (U96931)
B.pyrrocinia LMG 14191T (U96930) B.cepacia ATCC 25416T (U96927)
B.multivorans LMG 13010T (Y18703) B.vietnamiensis LMG 10929T (AF097534) B.pseudomallei ATCC 23343T (DQ108392) B.thailandensis E264T (EF535235)
W TB B2 B.hospita LMG 20598T (AY040365) 1 0 0 8 5 6 8 6 9 9 7 8 0 7 3 5 2 8 5 0.005
Hình 3.9: Cây phát sinh lồi chi tiết của chủng W_TB_B2 với các chủng khác trong
chi Burkholderia (số trình tự so sánh là 1355 nucleotide).
B.vallismortis DSM 11031T (AB021198) B.velezensis CR-502T (AY603658) B.subtilis NCDO 1769T (X60646) (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
B.licheniformis ATCC 14580T (CP000002) W TN B1
B.pumilus ATCC 7061T (AY876289) B.altitudinis 41KF2bT (AJ831842) B.aerophilus 28KT (AJ831844)
B.stratosphericus 41KF2aT (AJ831841)
B.halophilus DSM 4771T (AJ243920) 1 0 0 9 7 1 0 0 5 9 8 6 9 9 0.01
Hình 3.10: Cây phát sinh lồi chi tiết của chủng W_TN_B1 với các chủng khác
trong chi Bacillus (số trình tự so sánh là 1369 nucleotide).
Đối với cây phát sinh lồi chi tiết, trình tự sau khi xử lý được dùng để so sánh lớn hơn 1300 nucleotide. Vì vậy, kết quả này đáng tin cậy.
Dựa vào kết quả so sánh trình tự rDNA 16S ta cĩ thể kết tạm kết luận chủng S_CT_B2 gần giống với lồi Pseudomonas aeruginosa, chủng W_TB_B2 gần giống với lồi Burkholderia thailandensis và chủng W_TN_B1 gần giống với lồi
Bacillus licheniformis. Tuy nhiên, để cĩ thể kết luận, chúng tơi tiến hành so sánh các đặc điểm về sinh thái và các đặc tính sinh lý, sinh hĩa để tính hệ số tương đồng Jaccard của từng cặp vi khuẩn trên (được trình bày trong Bảng A, Phụ lục VII). Kết quả tính hệ số tương đồng Jaccard như sau:
¾ Chủng S_CT_B2 với chủng Pseudomonas aeruginosa cĩ hệ số tương
đồng là: 93,02% (40/43). Do đĩ, cĩ thể kết luận chủng S_CT_B2 là lồi
Pseudomonas aeruginosa.
¾ Chủng W_TB_B2 với chủng Burkholderia thailandensis cĩ hệ số tương
đồng là: 95,35% (41/43). Do đĩ, cĩ thể kết luận chủng W_TB_B2 là lồi
Burkholderia thailandensis.
¾ Chủng W_TN_B1 với chủng Bacillus licheniformis cĩ hệ số tương đồng là: 90,24% (37/41). Do đĩ, cĩ thể kết luận chủng W_TN_B1 là lồi
Bacillus licheniformis.