Phương pháp truyền thống để định danh vi sinh vật thường dựa vào các chỉ
tiêu phân loại như: đặc điểm hình thái, đặc điểm sinh lý, đặc điểm biến dưỡng và
đặc điểm sinh thái [8], [75].
− Các đặc điểm hình thái của một chủng vi sinh vật bao gồm: hình dạng và kích thước tế bào, hình dạng và màu sắc khuẩn lạc, khả năng di động và sự hiện diện của các cơ quan như: tiêm mao, tiên mao, bào tử, màng nhầy và các thể vùi…
− Đặc điểm sinh lý và đặc điểm biến dưỡng năng lượng bao gồm: khả năng sử dụng nguồn carbon và nitrogen, phương thức biến dưỡng năng lượng, các sản phẩm tạo ra trong quá trình trao đổi chất, mối quan hệ với oxy, khả năng chịu áp suất thẩm thấu, khoảng nhiệt độ và pH thích hợp…Trong đĩ các thử nghiệm sinh hĩa vềđặc điểm sinh lý và đặc điểm biến dưỡng năng lượng là các chỉ tiêu cơ bản nhất trong phân loại vi sinh vật [75].
Các kết quả thử nghiệm sinh hĩa của hàng trăm lồi vi sinh vật tại nhiều phịng thí nghiệm khác nhau trên thế giới được tổng hợp thành những bảng sinh hố
định danh vi sinh vật. Bảng sinh hĩa bao gồm các đặc điểm sinh hĩa đặc trưng nhất
để phân biệt các lồi vi sinh vật. Mỗi đặc điểm sinh hĩa được biểu thị bằng một trị
số là tỉ lệ phần trăm thử nghiệm sinh hĩa cho kết quả dương tính theo thống kê ở
một lồi vi sinh vật. Như vậy, trị số 100 cĩ nghĩa là 100% trường hợp của lồi này
đã được thử đều cho kết quả dương tính. Tuy nhiên, trong thực tế các kết quả thử
nghiệm sinh hĩa biểu thị quy ước bằng các ký hiệu như: (+): dương tính; (-): âm tính; (+/-): khoảng trên 70% là dương tính và (-/+): khoảng trên 70% là âm tính [14], [65].
Thơng thường, đểđịnh danh được lồi vi sinh vật mục tiêu theo phương pháp truyền thống ta phải dựa vào các khĩa phân loại (hay bảng sinh hĩa). Khố phân
loại prokarytote đầy đủ nhất, được sử dụng rộng rãi là khố phân loại Bergey’s (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, ninth edition) [14], [46], [65], [75].
Tuy nhiên, trong một số trường hợp cần phải dựa vào đặc điểm của vật liệu di truyền để cĩ thểđịnh danh một cách chính xác chủng vi sinh vật mục tiêu.