Trụ sở chính của NHNo&PTNT Việt Nam ra đời cùng với sự hình thàh và phát triển của NHNo&PTNT Việt Nam.
Ngày 26 tháng 3 năm 1988, Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ban hành Nghị định 53/HĐBT thành lập các Ngân hàng chuyên doanh trong đó có Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam. Tiếp đó ngày 14/11/1990 Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng ký Quyết định số 400/CT thành lập Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam trên cơ sở Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam. Sáu năm sau, ngày 15/10/1996, thừa uỷ quyền của Thủ tướng Chính phủ, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ban hành quyết định 280/QĐ- NH5 thành lập lại và đổi tên Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thành Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam.
Sau 18 năm trưởng thành và phát triển, dù mang tên khác nhau nhưng NHNo&PTNT đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được Đảng và Nhà nước giao phó. Từ một Ngân hàng nhỏ bé, với tổng tài sản có chưa tới 1000 tỷ đồng, hoạt động tín dụng nhỏ lẻ thuần tuý, cơ sở vật chất kỹ thuật, công cụ làm việc
nghèo nàn, lạc hậu, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam đã phát triển thành một trong những Ngân hàng thương mại kinh doanh đa năng hàng đầu ở Việt Nam, có vị thế, uy tín trong nước và trên trường Quốc tế với tổng tài sản có lên tới trên 200 ngàn tỷ đòng, với mạng lưới trên 200 Chi nhánh, phòng giao dịch, gần 30.000 cán bộ nhân viên và có quan hệ Ngân hàng đại lý với 932 Ngân hàng đại lý tại 112 quốc gia và vũng lãnh thổ, là thành viên của nhiều tổ chức, hiệp hội tín dụng lớn, có uy tín trên thế giới…Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam đạt được nhiều thành tích đáng khích lệ, đóng góp to lớn vào sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá, phát triển kinh tế đất nước, nhất là trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn, được Đảng và Nhà nước phong tặng danh hiệu "Anh hùng lao động thời kỳ đổi mới"
Trụ sở chính NHNo&PTNT Việt Nam là cơ quan chỉ đạo điều hành mọi hoạt động của NHNo&PTNT Việt Nam. Tại Trụ sở chính có Hội đồng quản trị, Ban điều hành (Ban Tổng giám đốc) và các ban chuyên môn nghiệp vụ. Các ban của Trụ sở chính có liên quan đến hoạt động tín dụng (đi vay và cho vay) như: Ban tín dụng, ban thẩm định, ban nguồn vốn, ban kế hoạch tổng hợp, ban quản lý dự án uỷ thác đầu tư, Ban quan hệ quốc tế, Trung tâm phòng ngừa và xử lý rủi ro. Mỗi ban có những chức năng và nhiệm vụ liên quan, nhưng việc thẩm định các món vay vượt quyền phán quyết của Chi nhánh cấp I để làm cơ sở cho Tổng giám đốc phê duyệt việc chấp thuận cho chi nhánh cho vay hay không cho vay là do Ban thẩm định tại Trụ sở chính thực hiện và có sự kiểm soát qua lại của Ban tín dụng.