Ngày nay trong một FTA các quốc gia thường đàm phán và ký kết những nội dung chính sau:
Thứ nhất là quy định về việc cắt giảm các hàng rào thuế quan và phi
thuế quan. Một bộ phận không thể thiếu trong bất kỳ một FTA nào chính là các điều khoản quy định việc cắt giảm các hàng rào thuế quan và phi thuế quan đối với hàng hóa có xuất xứ từ các thành viên khác. Khơng tính tới các mặt hàng liên quan tới an ninh, văn hóa cũng như phong tục tập quán của riêng mỗi quốc gia hay một số nơng phẩm, ngày càng có nhiều loại hàng hóa được liệt kê trong danh mục cắt giảm thuế.
Thứ hai là quy định danh mục mặt hàng đưa vào cắt giảm thuế quan.
Hiệp định GATT tại điều XXIV điểm 8b ghi rõ: “Một khu vực mậu dịch tự do
được hiểu là một nhóm gồm hai hoặc nhiều các lãnh thổ thuế quan. Trong đó, thuế và các quy định mang tính hạn chế về thương mại sẽ bị dỡ bỏ đối với phần lớn các sản phẩm có xuất xứ từ các lãnh thổ đó và được trao đổi thương mại giữa các lãnh thổ lập thành khu vực mậu dịch tự do”. WTO khơng có
định nghĩa cụ thể cho khái niệm “phần lớn các mặt hàng thương mại” (substantially all the trade) nhưng thông lệ áp dụng chung là 90% thương
mại. Tuy nhiên, 90% số dòng thuế hay 90% theo kim ngạch thương mại hoặc kết hợp cả hai yếu tố này thì khơng có sự áp dụng hoặc cách hiểu thống nhất mà tuỳ thuộc vào khả năng và kết quả đàm phán từng FTA.
Thứ ba là quy định lộ trình cắt giảm thuế quan. Một vấn đề đặt ra là các
quốc gia khơng thể tiến hành việc gỡ bỏ hồn tồn những biện pháp thuế cũng như phi thuế đối với một số mặt hàng trong thời hạn một sớm một chiều. Chính vì thế, các FTA ln có những điều khoản quy định lộ trình cắt giảm mà các nước thành viên phải tuân thủ nghiêm ngặt. Lộ trình này dài hay ngắn được các nước đàm phán tùy thuộc vào đặc thù của một số mặt hàng cụ thể hoặc cũng có thể dựa vào khả năng tự do hóa của các quốc gia thành viên. Tuy nhiên, khoảng thời gian cắt giảm thuế thường được kéo dài khơng q 10 năm, chỉ có một số trường hợp ngoại lệ mới vượt quá 10 năm đối với mặt hàng nhậy cảm, đối với nước có trình độ kém phát triển.
Thứ tư là quy định về quy tắc xuất xứ. Để có thể xác định chính xác
nguồn gốc của các mặt hàng, FTA thường nêu lên những vấn đề về quy chế xuất xứ. Theo đó, hàng hóa khi lưu thơng vào thị trường các nước thành viên cần phải có một hàm lượng nội địa nhất định mới đủ tiểu chuẩn được hưởng ưu đãi nhằm tránh tình trạng nước khơng tham gia hiệp định sử dụng cách tái xuất hoặc chỉ lắp ráp tại một nước tham gia hiệp định mà có thể xuất khẩu sang nước cịn lại của hiệp định khơng phải chịu thuế.
Bên cạnh các nội dung chính của FTA nêu trên, các FTA ngày nay cịn có các nội dung khác đề cập tới vấn đề tự do hóa trong lĩnh vực dịch vụ và đầu tư. Tuy vậy, mức độ tự do đối với hai lĩnh vực này khơng cao như trong hàng hóa. Cùng với sự phát triển đa dạng của kinh tế thế giới và đặc biệt là
nhu cầu của các quốc gia phát triển, các FTA gần đây, ngoài các điều khoản quy định lộ trình cắt giảm hàng rào thuế quan và phi thuế quan đơn thuần, còn bao gồm những quy định về các biện pháp hạn chế định lượng, các rào cản kỹ thuật, quyền sở hữu trí tuệ, cạnh tranh, mua sắm chính phủ, lao động, bảo hiểm và môi trường…
Ở phần cuối, các FTA thường đề cập tới những hướng dẫn về thủ tục, chính sách, cơ chế giải quyết tranh chấp và một số điều khoản liên quan đến sửa đổi, bổ sung, một số ngoại lệ cũng như thời hạn hiệu lực của Hiệp định.
