Kể từ ngày15/10/2001, Tổng cục Hải quan đã áp dụng thí điểm chế độ miễn kiểm tra đối với hàng xuất khẩu tại cảng Sài Gòn và cảng Hải Phòng. Mở rộng địa bàn và tăng thêm diện hàng hoá xuất khẩu được miễn kiểm tra Hải quan, trong đó, chú trọng những mặt hàng được coi là “đầu tàu tăng
trưởng” như nông sản, thực phẩm chế biến, đIện tử và linh kiện…Bên cạnh đó, quy trình nghiệp vụ đối với hàng xuất khẩu được cảI thiện hơn nữa để đáp ứng nguyện vọng cơ bản của doanh nghiệp là có thể xuất hàng vào bất cứ thời điểm nào trong ngày.
2. Sự ổn định của biểu thuế
Nhiều doanh nghiệp nhận xét, biểu thuế xuất nhập khẩu hiện nay thay đổi quá thường xuyên khiến doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn trong việc tính tốn hiệu quả kinh doanh. Theo Bộ thương mại, do nền kinh tế nước ta đang trong giai đoạn chuyển đổi nên rất khó tránh khỏi việc phải có những thay đổi thường xuyên về thuế suất nhằm đáp ứng nhu cầu bảo hộ của ngành hàng mới. Tuy nhiên Bộ Thương Mại đề nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài Chính phối hợp với các Bộ, ngành hữu quan, trên cơ sở chiến lược phát triển của các ngành, kết hợp với các cam kết của ta trong tiến trình hội nhập, nghiên cứu ban hành một biểu thuế tương đối ổn định cho thời kỳ 2002-2005. Ngồi ra, khi tăng thuế, nên có thời gian đệm từ 1-2 tháng cho các doanh nghiệp chuẩn bị và kịp hoàn tất các thương vụ đã lên kế hoạch kinh doanh. Việc tăng thuế khơng nên có hiệu lực thi hành ngay hoặc chỉ sau 15 ngày như hiện nay, khiến doanh nghiệp rất lúng túng.
Nhanh chóng ban hành các chú giải biểu thuế để tránh tranh chấp trong việc áp mã tính thuế.
3. Chính sách thuế
Cịn rất nhiều bàn cãi xung quanh cách tính thuế VAT của Việt Nam, cùng một mặt hàng nhưng có khi bị tính thuế nhiều lần, để tránh sự trùng lắp cần có sự sửa đổi, hồn thiện chính sách thuế từ các cấp ban ngành có thẩm quyền, tránh thiệt hại cho người tiêu dùng, các doanh nghiệp tham gia tạo nguồn xuất khẩu.
Nghị định 79/2000/NĐ- CP ngày 29/12/2000 đã quy định chi tiết thi hành luật thuế giá trị gia tăng, phương pháp tính thuế giá trị gia tăng theo cách khấu trừ thuế được tính như sau:
Số thuế giá trị gia tăng phải
nộp
= Thuế VAT đầu ra –
Thuế VAT đầu vào được khấu trừ Trong đó:
Thuế VAT đầu ra = Giá tính thuế của hàng hố, dịch vụ chịu thuế bán ra * Thuế suất VAT của hàng hố dịch vụ đó.
Thuế VAT đầu vào = Tổng số thuế VAT ghi trên hoá đơn VAT mua hàng hoá, dịch vụ.
Với các trường hợp khi mua hàng hố đã được tính thuế đầu vào thì khi áp dụng thuế giá trị gia tăng thì được hồn trả lại thuế đầu vào. Trong trường hợp cơ sở sản xuất, chế biến mua nông sản chưa qua chế biến của người sản xuất mà khơng có hố đơn VAT sẽ được tính khấu trừ thuế VAT đầu vào theo tỷ lệ % tính trên giá trị hàng hố mua vào. Nhưng việc khấu trừ thuế khơng được áp dụng đối với các cơ sở mua để sản xuất hàng xuất khẩu và kinh doanh thương nghiệp. Do sự quản lý không đủ chặt chẽ của các cơ quan thuế cũng như sở của luật thuế cho nên có nhiều doanh nghiệp, cá nhân tham gia kinh doanh không thực hiện đúng những thủ tục đăng ký kinh doanh, đăng ký kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế, lập sổ kế toán và giữ chứng từ, hố đơn liên quan đến việc tính thuế đã gây khó khăn cho các cơ quan tính thuế. Ngồi ra, cịn rất nhiều cơ quan cố tình nộp chậm hoặc khơng nộp thuế, tình trạng khai man ( khi tăng thuế đầu vào để được khấu trừ), trốn thuế (buôn lậu) thường xuyên xảy ra gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
Chính vì vậy, để hoạt động sản xuất kinh doanh và xuất khẩu thực sự có hiệu quả, các cơ quan, ban ngành có thẩm quyền cần nhanh chóng hồn thiệt chế độ tính thuế và áp thuế cho phù hợp. Với mọi loại thuế gián thu, kể cả thuế nhập khẩu phảI được hoàn lại cho tất cả các doanh nghiệp tham gia cung ứng nguyên liệu, phụ liệu đầu vào cho xuất khẩu, các doanh nghiệp trực tiếp xuất khẩu được ưu tiên hoàn nhanh thuế VAT đã nộp ở khâu đầu vào khơng qua 20 ngày kể từ khi doanh nghiệp hồn tất thủ tục hải quan về xuất khẩu. Việc tính thuế nhập khẩu cần thể hiện sự khuyến khích cho cả các cơng cụ và dụng cụ sản xuất hàng xuất khẩu.