Công tác TDTT trường học tuy có những thành tựu nhưng vẫn còn bộc lộ nhiều tồn tại. Báo cáo tại Hội nghị tổng kết công tác GDTC giai đoạn 2008-2012 (7/8/2012) của Bộ GD&ĐT đã nêu những ưu điểm: "Nội dung chương trình được thực hiện theo hướng trang bị những kiến thức về kỹ năng vận động, GD các tố chất thể lực, vận động rèn luyện thể lực và góp phần hình thành nhân cách cho HS. CTMH đã có nhiều điểm mới như bổ sung theo hướng ưu tiên đưa 30% các nội dung tự chọn trong đó có cả các môn thể thao dân tộc [21, tr.2]. Về thành tích trong HĐTT ngoại khóa, Báo cáo cũng khẳng định: “nhiều trường đã có hoạt động ngoại khoá thường xuyên, 80% số trường học có HKPĐ cấp trường, 90 % cấp quận, huyện và 100% cấp tỉnh thành phố tổ chức HKPĐ các cấp. HKPĐ toàn quốc cùng với hàng chục giải thể thao của HS, sinh viên đã thu hút hàng chục triệu HS tham gia, góp phần tạo nguồn tài năng cho thể thao đỉnh cao quốc gia” [21, tr.6].
Bên cạnh những thành tích đạt được, GDTC trường học vẫn còn nhiều hạn chế như: CTMH TD xơ cứng; chất lượng giờ học thấp, đơn điệu, thiếu hứng thú, mật độ vận động ít do chương trình chưa thực sự phù hợp; nhiều địa phương GV
TD chưa đạt chuẩn. Bên cạnh đó, cơ sở vật chất còn thiếu nhiều và chưa đáp ứng với yêu cầu tối thiểu của một giờ lên lớp. Vì vậy tác dụng rèn luyện thân thể và nâng cao thể lực cho HS bị hạn chế rất nhiều [21],[84].
Để nâng cao chất lượng GDTC và HĐTT trường học, Bộ GD&ĐT đã xác định phương hướng giai đoạn 2012-2016 là: “Xây dựng chương trình, nội dung GDTC đáp ứng yêu cầu đổi mới GD căn bản và toàn diện. Nâng cao nhận thức, kiến thức, kỹ năng của HS trong rèn luyện thể chất. Phối hợp rèn luyện kỹ năng hợp tác, làm việc chủ động tích cực, kỹ năng sống của HS thông qua hoạt động TDTT. Nâng cao tỉ lệ HS đạt tiêu chuẩn rèn luyện thân thể phù hợp với lứa tuổi và điều kiện địa phương” [21, tr.7].
Để thực hiện hiệu quả nhiệm vụ này, cần phải nghiên cứu đổi mới nội dung, CTMH TD. Đồng thời căn cứ vào điều kiện thực tế về địa lý, tập quán của địa phương; phân loại điều kiện sức khỏe HS để sử dụng các PPDH hợp lý; ưu tiên lựa chọn môn các thể thao phù hợp với mục tiêu nâng cao sức khỏe và phát triển thể chất HS. Mặt khác, cần phải đẩy mạnh HĐTT ngoại khóa theo hướng tự chọn phù hợp với ham thích và hứng thú của HS.
Nhận xét chung, tình hình GDTC ở các trường THPT còn bộc lộ nhiều bất cập, CTMH TD nhiều và nặng, chưa thiết thực khiến HS không thích học. Ngoài ra với sự xem nhẹ, thiếu bình đẳng so với các nội dung dạy học khác ở nhiều nơi trong thực tiễn, môn TD trong trường THPT đang là gánh nặng của HS, khó làm cầu nối giúp HS đến với thể thao, ham thích tập luyện thể thao. HĐTT của HS THPT gặp nhiều hạn chế, nhất là sân bãi, công trình, thiết bị TDTT các trường THPT chỉ mới đảm bảo được khoảng 40% nhu cầu tập luyện và thi đấu của HS. Phần lớn sân bãi, công trình phục vụ việc dạy học môn TD và tổ chức các hoạt động ngoại khóa thể thao khá thô sơ, không đảm bảo cho việc tập luyện và thi đấu. Hầu như các trường THPT chưa có hình thức hoạt động CLB TDTT đúng nghĩa. Kinh phí hạn chế cũng khiến các ban giám hiệu ít quan tâm đầu tư cho công tác tổ chức thi đấu thể thao rộng rãi trong nhà trường. Đây đó vẫn còn hiện tượng chạy theo thành tích, ảnh hưởng đến chất lượng và phong trào thể thao trường học.
Do vậy, việc nghiên cứu cải tiến chương trình, nội dung, PPDH, rèn luyện nội và ngoại khoá nhằm nâng cao chất lượng GDTC cho HS phổ thông là một đòi hỏi cấp thiết và có ý nghĩa rất quan trọng trong giai đoạn hiện nay.