Ở bất cứ doanh nghiệp nào, dù đã đầu tư thiết kế và vận hành hệ thống, thế nhưng vẫn không thể có một hệ thống kiểm sốt nội bộ hồn tồn hữu hiệu. Hệ thống kiểm sốt nội bộ chỉ có thể giúp hạn chế tối đa những sai phạm chứ không thể đảm bảo được rằng các rủi ro, gian lận và sai sót khơng xảy ra. Bởi vì kiểm sốt nội bộ có những hạn chế vốn có, cụ thể như sau :
Dù là kiểm soát nội bộ được thiết kế hồn hảo, nhưng có thể vẫn thất bại. Vì tính hữu hiệu thật sự của kiểm soát nội bộ phụ thuộc vào nhân tố chủ yếu là con người. Con người là nhân tố gây ra sai sót do những hạn chế xuất phát từ bản thân con người như hiểu sai về chỉ dẫn của cấp trên hoặc các báo cáo của cấp dưới, hoặc là phạm phải lỗi bởi vì sự vơ ý, bất cẩn, đãng trí, mệt mỏi, đánh giá hay ước lượng sai ...
Kiểm sốt nội bộ khó ngăn cản được gian lận và sai sót của người quản lý cấp cao. Các thủ tục kiểm soát là do người quản lý đặt ra, nó chỉ kiểm tra gian lận và sai sót của nhân viên. Khi người quản lý cấp cao cố tình gian lận thì họ sẽ có thể tìm cách bỏ qua những thủ tục kiểm soát cần thiết.
Gian lận cũng có thể xảy ra do sự thông đồng giữa các nhân viên trong doanh nghiệp hay với các bộ phận bên ngồi doanh nghiệp.
Hoạt động kiểm sốt thường chỉ tập trung vào các sai phạm dự kiến, do đó khi có các sai phạm bất thường xảy ra thì thủ tục kiểm sốt trở nên kém hữu hiệu và thậm chí là vơ hiệu.
Yêu cầu thường xuyên và trên hết của người quản lý là chi phí bỏ ra cho hoạt động kiểm sốt phải nhỏ hơn giá trị thiệt hại ước tính do sai sót hay gian lận gây ra.
Ln có khả năng nhà quản lý lạm dụng quyền hạn của mình bỏ qua các quy định kiểm sốt trong q trình thực hiện nghiệp vụ, do đó có thể dẫn đến việc khơng kiểm sốt được các rủi ro và làm cho mơi trường kiểm sốt trở nên yếu kém.
Do những thay đổi của tổ chức, thay đổi quan điểm quản lý và điều kiện hoạt động của doanh nghiệp có thể dẫn đến những thủ tục kiểm sốt khơng cịn phù hợp.
Như vậy, chính những hạn chế nói trên của kiểm soát nội bộ là nguyên nhân khiến cho kiểm sốt nội bộ khơng thể bảo đảm tuyệt đối, mà chỉ đảm bảo hợp lý trong việc đạt được các mục tiêu của doanh nghiệp. Và kiểm sốt nội bộ chỉ có thể phát hiện và ngăn ngừa những gian lận sai sót, chứ khơng đảm bảo rằng gian lận, sai sót khơng xảy ra. Do vậy, dù kiểm sốt nội bộ có hữu hiệu đến đâu thì cũng đều tồn tại rủi ro nhất định. Vấn đề là người quản lý đã nhận biết, đánh giá và giới hạn chúng trong mức độ chấp nhận được.