Về nguyên nhân của những hạn chế yếu kém nêu trên, có nguyên nhân chủ quan và khách quan, nhưng nguyên nhân chủ quan vẫn là chính, cụ thể:
- Mặt trái của kinh tế thị trường đã tác động tiêu cực vào tâm tư, tình cảm của nhiều cán bộ, đảng viên trong doanh nghiệp, nhất là các doanh nghiệp tư nhân. Họ cho rằng mình đi làm thuê nên quan hệ với chủ doanh nghiệp là quan hệ chủ tớ, dẫn tới nhận thức không đúng, tự ti, ngại tham gia hoạt động các tổ chức đồn thể, khơng muốn phấn đấu vào Đảng, từ đó ảnh hưởng nhất định tới cơng tác xây dựng Đảng và chất lượng của tổ chức đảng. Mặt khác, do nhận thức của một số chủ doanh nghiệp chưa hiểu đúng về vai trị, vị trí của tổ chức đảng trong doanh nghiệp. Họ cho rằng, có tổ chức đảng thì phải chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo sẽ khó khăn trong hoạt động sản xuất kinh doanh nên khơng muốn có tổ chức đảng trong doanh nghiệp của mình.
- Một số cấp ủy, lãnh đạo các đoàn thể cơ sở chưa nhận thức đầy đủ về chủ trương của Trung ương và của Ban Thường vụ Tỉnh ủy, đơn giản hóa hoặc xem nhẹ việc xây dựng và phát triển tổ chức đảng, đoàn thể trong các doanh nghiệp khu vực ngồi nhà nước. Trong q trình tổ chức thực hiện ở một số địa phương, đơn vị có quan tâm nhưng chưa có giải pháp cụ thể và bước đi phù hợp. Công tác lãnh đạo, chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện Nghị quyết của Trung ương và chương trình hành động của tỉnh chưa thường xuyên; việc tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc, tạo mơi trường thuận lợi để kinh tế tư nhân và doanh nghiệp trên địa bàn phát triển còn hạn chế. Công tác tuyên truyền, hướng dẫn về chủ trương, chính sách phát triển kinh tế, xây dựng củng cố tổ chức đảng trong các doanh nghiệp ngồi nhà nước cịn hạn chế về nội dung và phương pháp, biện pháp cụ thể. Kinh phí hoạt động cho tổ
chức đảng đồn thể trong doanh nghiệp rất khó khăn. Đội ngũ cán bộ thiếu và yếu lại thiếu sâu sát cơ sở, uy tín đối với chủ doanh nghiệp chưa cao, nên có những doanh nghiệp có điều kiện nhưng vẫn khơng thành lập được các tổ chức đảng, đoàn thể.
- Tuy số lượng doanh nghiệp ngồi nhà nước tăng nhanh, nhưng quy mơ nhỏ, vốn hạn hẹp, số lượng lao động ít, năng lực quản lý thấp, hoạt động manh mún, nhỏ lẻ và tự phát, việc đầu tư chiều sâu vào các lĩnh vực sản xuất có kỹ thuật, cơng nghệ cao, giá trị gia tăng lớn cịn q ít. Trình độ chun mơn, năng lực quản lý của một số chủ doanh nghiệp còn bất cập, nhất là trong điều hành sản xuất kinh doanh, khả năng tìm kiếm thị trường, tầm nhìn chiến lược kinh doanh, ứng dụng khoa học công nghệ mới. Nhiều doanh nghiệp chưa chú trọng đến cải tiến, thiết bị công nghệ, ứng dụng các tiến bộ kỹ thuật để nâng cao năng suất, chất lượng sản phẩm để nâng cao sức cạnh tranh trên thị trường. Công nhân lao động trong doanh nghiệp yếu về tay nghề và ý thức tổ chức kỷ luật. Định mức khoán cơng việc để trả lương cho người lao động cịn nhiều bất cập, thực hiện các chế độ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, phòng hộ lao động,... nhiều nơi chưa đảm bảo theo quy định hiện hành. Công tác đào tạo, bồi dưỡng tay nghề, chuyên môn kỹ thuật cho người lao động chưa được chủ doanh nghiệp quan tâm đúng mức. Khơng ít doanh nghiệp thành lập, hoạt động một thời gian tự biến mất; một số doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh không chú trọng đến chất lượng, thương hiệu sản phẩm, hiệu quả và sức cạnh tranh kém. Nhiều doanh nghiệp còn vi phạm pháp luật, như: trốn lậu thuế, gian lận thương mại, kinh doanh trái phép...
- Ở một số doanh nghiệp đã có tổ chức đảng nhưng vai trị, vị trí của cấp ủy khơng được phát huy đúng mức, thậm chí khơng hoạt động hoặc hoạt động cầm chừng do đội ngũ cán bộ yếu về chuyên môn, nghiệp vụ, năng lực hoạt động công tác đảng. Nhiều cấp ủy chi bộ không xây dựng được quy chế làm việc nên dẫn đến sự phối hợp giữa cấp uỷ với hội đồng quản trị, giám đốc
doanh nghiệp chưa được quan tâm đúng mức, thiếu các điều kiện ràng buộc pháp lý. Chính vì vậy hầu hết các tổ chức đảng ở đây hoạt động hồn lệ thuộc chặt chẽ vào chủ doanh nghiệp, khơng chủ động, vi phạm quy định Điều lệ Đảng. Ở doanh nghiệp nào chủ doanh nghiệp ủng hộ và tạo điều kiện hoạt động, thì tổ chức đảng hoạt động có hiệu quả và ngược lại.
- Việc đăng ký cho thành lập doanh nghiệp chưa tốt, còn nhiều doanh nghiệp đăng ký nhưng không hoạt động. Công tác quản lý doanh nghiệp ở một số nơi bị buông lỏng, một số doanh nghiệp chưa chấp hành nghiêm các quy định của Nhà nước, thiếu các chế tài để xử lý chủ doanh nghiệp không chấp hành quy định của pháp luật. Bên cạnh đó, cơng tác cải cách thủ tục hành chính theo hướng một cửa liên thông đã được triển khai và thực hiện, nhưng chất lượng và hiệu quả giải quyết công việc chưa đáp ứng được yêu cầu, do trình độ, năng lực của một số cán bộ, cơng chức thực thi nhiệm vụ cịn yếu, trách nhiệm chưa cao. Thực hiện cơ chế, chính sách về phát triển các ngành nghề đã được ban hành nhưng chưa đồng bộ, khó thực hiện,...
- Việc xây dựng và ban hành các cơ chế, chính sách hỗ trợ doanh nghiệp ứng dụng các thành tựu khoa học công nghệ cao, khuyến khích các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực có lợi thế của tỉnh chưa nhiều. Lực lượng cán bộ làm công tác quản lý nhà nước thuộc lĩnh vực phát triển kinh tế tư nhân, doanh nghiệp ở các ngành chức năng, các cấp chính quyền chưa đáp ứng được yêu cầu, nên việc phát hiện sai sót của các doanh nghiệp, cũng như xử lý các sai phạm, uốn nắn các doanh nghiệp tuân thủ các chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước còn nhiều hạn chế.