Ghi chú: Sản phẩm PCR trực tiếp khuẩn lạc với cặp mồi T7–Pro/SP6–Pro được
điện di trên gel agarose 1%. Giếng M: thang chuẩn DNA 1 kb; giếng 1: đối chứng dương (khuôn là vector pGEM/NLI–IF; giếng 2: đối chứng âm (khuẩn lạc không được biến nạp DNA); giếng 3 – 8: khuẩn lạc được biến nạp pGEM/SW14–TBR.
Kết quả điện di sản phẩm trên gel agarose 1% cho thấy sự xuất hiện của 1 băng DNA duy nhất có kích thước xấp xỉ 1,6 kb (Hình 3.5, giếng 3 – 8) tương ứng với kích thước tính tốn lý thuyết (trong đó bao gồm đoạn promoter SW14–TBR và đoạn trình tự 186 bp là khoảng cách giữa hai mồi T7–Pro/SP6–Pro trên vector pGEM–T, tương tự như phản ứng đối chứng dương sử dụng vector pGEM/NLI–IF làm khn (Hình 3.5, giếng 1). Ngược lại, sản phẩm của phản ứng đối chứng âm (với khuôn là khuẩn lạc không được biến nạp DNA) khơng thu được băng DNA nào (Hình 3.5, giếng 2). Kết quả này cho phép chúng tôi bước đầu kết luận đã thu nhận được các khuẩn lạc dương tính có mang plasmid tái tổ hợp chứa đoạn promoter SW14–TBR.
Một khuẩn lạc trắng có kết quả PCR dương tính sau đó được chọn ngẫu nhiên để ni cấy, tách chiết DNA plasmid và kiểm tra bằng phương pháp PCR và cắt bằng enzyme giới hạn (Hình 3.6). Kết quả điện di trên gel agarose 1% trên hình 3.6A cho thấy sản phẩm PCR từ khuôn plasmid với cặp mồi SW14–Fw/SW14–Rv (đặc hiệu cho đoạn promoter SW14–TBR) cho một băng DNA có kích thước khoảng 1,4 kb
(Hình 3.6A, giếng 2), trong khi sản phẩm PCR với cặp mồi T7/SP6 đặc hiệu cho vector pGEM–T (có khoảng cách 186 bp trên pGEM–T) cho một băng DNA có kích thước xấp xỉ 1,6 kb (Hình 3.6A, giếng 4), phù hợp với kích thước lý thuyết của đoạn DNA cần nhân bản.
Tương tự, kết quả điện di sản phẩm cắt giới hạn plasmid pGEM/SW14–TBR bằng EcoRI (đoạn DNA được chèn vào giữa hai vị trí nhận biết của EcoRI trên vector pGEM–T) (Hình 3.6 B, giếng 1) hay NdeI (có 1 vị trí nhận biết ở Nu thứ 6 – 11 trên promoter SW14–TBR và 1 vị trí khác trên vector pGEM–T) (Hình 3.6 B, giếng 2) đều cho hai băng DNA có kích thước lần lượt khoảng 3,0 kb tương ứng với bộ khung vector pGEM–T và xấp xỉ 1,4 kb tương ứng với đoạn promoter SW14–TBR đúng như tính tốn lý thuyết. Ngồi ra, sản phẩm cắt giới hạn đồng thời bằng NdeI và BglII (có 1 vị trí nhận biết ở Nu thứ 1331 – 1336 trên promoter SW14–TBR) cũng thu được các băng DNA đúng với tính tốn theo lý thuyết, trong đó đoạn SW14–TBR bị cắt thành 2 mảnh có kích thước khoảng 1,3 kb và 0,1 kb (Hình 3.6 B, giếng 3). Các kết quả thu được cho phép khẳng định chắc chắn hơn việc nhân dịng thành cơng đoạn promoter