Chi nhánh NHCSXH tỉnh Hà Giang trực thuộc NHCSXH, được thành lập theo quyết định số 40/QĐ-HĐQT ngày 14/1/2003 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHCSXH và chính thức đi vào hoạt động từ tháng 3 năm 2003. Đến nay Chi nhánh đã có bộ máy tổ chức ổn định, với trụ sở chính tại thị xã Hà Giang, gồm có 5 phịng chun mơn, nghiệp vụ: Phịng Kế hoạch nghiệp vụ tín dụng, Phịng Kế tốn ngân quỹ, Phịng Kiểm tra - kiểm
tốn nội bộ, Phịng Hành chính tổ chức, Phịng Tin học và 10 Phịng giao dịch (PGD) NHCSXH tại các huyện, 195 cán bộ màng lưới tại các xã, phường. Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho hộ nghèo và các đối tượng chính sách trong quan hệ giao dịch với ngân hàng, Chi nhánh đã tổ chức 182 điểm giao dịch xã tại những nơi có bán kính xa trụ sở UBND xã trên 3 km với tổ TK&VV tại các thôn, bản. Khi mới được tách ra, Chi nhánh chỉ có 07 cán bộ từ NHNo&PTNT chuyển sang. Đến 31/12/2009 tồn tỉnh có 137 cán bộ công nhân viên.
Ban đại diện Hội đồng quản trị NHCSXH tỉnh gồm 12 thành viên do Phó chủ tịch thường trực UBND tỉnh làm trưởng ban; Giám đốc Ngân hàng Nhà nước, Giám đốc NHCSXH, Giám đốc Sở Tài chính, Giám đốc Sở Kế hoạch và đầu tư, Giám đốc Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn, Giám đốc Sở Lao động thương binh và xã hội, Trưởng Ban dân tộc, tơn giáo, Chủ tịch Hội Liên hiệp phụ nữ, Bí thư Đồn thanh niên, Chủ tịch Hội nông dân, Chủ tịch Hội cựu chiến binh tỉnh. 11 Ban đại diện HĐQT NHCSXH huyện, thị xã do các Chủ tịch (Phó chủ tịch) UBND huyện, thị làm trưởng ban và các thành viên như ở tỉnh.
Ngân hàng Chính sách xã hội tỉnh Hà Giang có những chức năng nhiệm vụ chủ yếu là chuyển tải nguồn vốn tín dụng ưu đãi của Chính phủ đến các đối tượng nghèo và đối tượng chính sách để phát triển sản xuất, kinh doanh, thực hiện mục tiêu xóa đói giảm nghèo và giải quyết việc làm của tỉnh. Hiện Chi nhánh đang thực hiện 10 chương trình tín dụng ưu đãi. Cụ thể: cho vay hộ nghèo, cho vay Quỹ quốc gia về việc làm, cho vay xuất khẩu lao động, cho vay học sinh sinh viên có hồn cảnh khó khăn, cho vay Nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn, cho vay hộ sản xuất kinh doanh tại vùng khó khăn, cho vay thương nhân hoạt động thương mại tại vùng khó khăn, cho vay hỗ trợ hộ nghèo về nhà ở, cho vay hộ đồng bào dân tộc thiểu số đặc biệt khó khăn, cho vay doanh nghiệp vừa và nhỏ ( kfw).
Phương thức cho vay của NHCSXH tỉnh Hà Giang được thực hiện chủ yếu thông qua cơ chế uỷ thác từng phần qua 4 tổ chức hội, đồn thể ( Hội Nơng dân, Hội Cựu chiến binh, Hội Phụ nữ, Đoàn Thanh niên) theo hợp đồng uỷ thác trực tiếp cho vay đến người vay. Cho vay uỷ thác của NHCSXH tỉnh Hà Giang được thực hiện thơng qua hoạt động bình xét người vay tại các Tổ TK&VV do các hội, đoàn thể thành lập tại từng địa phương trong tỉnh.