Hiện nay, các cơ quan thanh tra nằm trong cơ cấu của hệ thống hành chính nhà nước; chịu sự chi phối trực tiếp của các cơ quan hành chính Nhà nước cùng cấp và chịu sự chỉ đạo về tổ chức, hoạt động, công tác của cơ quan thanh tra cấp trên. Hoạt động thanh tra luôn gắn liền với hoạt động của các cơ quan hành chính Nhà nước, phục vụ cho công tác quản lý hành chính Nhà nước. Tùy thuộc vào từng ngành, lĩnh vực cụ thể mà hoạt động thanh tra có những u cầu, mục đích, nội dung và hoạt động riêng. Đối với giao thông vận tải, do đặc thù của ngành tuy không tạo ra sản phẩm vật chất mới cho xã hội như các ngành kinh tế khác nhưng giao thơng vận tải đóng vai trị hết sức quan trọng trong nền kinh tế quốc dân bởi nó đáp ứng mọi nhu cầu đi lại, vận chuyển hàng hóa giúp cho q trình sản xuất xã hội diễn ra liên tục, bình thường; thúc đẩy phát triển kinh tế - văn hóa ở các vùng sâu, vùng xa; từ đó góp phần củng cố tính thống nhất của nền kinh tế, tăng cường sức mạnh quốc phịng. Ngồi ra, giao thông vận tải tạo điều kiện thuận lợi cho giao lưu kinh
Hoạt động thanh tra nhà nước là nhiệm vụ quan trọng trong công tác quản lý, chỉ đạo, điều hành và xây dựng ngành nói chung và ngành giao thơng vận tải nói riêng; đồng thời, góp phần nâng cao hiệu quả hoạt động quản lý, chỉ đạo, điều hành và thực hiện chức năng, nhiệm vụ của ngành giao thông vận tải.
Đối tượng thanh tra GTVT là cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc phạm vi quản lý của Bộ GTVT, Sở GTVT theo ủy quyền hoặc phân cấp của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. Bên cạnh đó, cịn có cả những cơ quan, tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngồi có nghĩa vụ chấp hành quy định pháp luật trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của ngành GTVT. Để đảm bảo việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn – kỹ thuật, quy tắc quản lý thuộc ngành GTVT của những đối tượng trên thì cơng tác Thanh tra chuyên ngành GTVT do Thanh tra Bộ/Sở GTVT tiến hành trong lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý hành chính Nhà nước của Bộ/Sở GTVT; Các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thực hiện trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý theo phân công của cấp có thẩm quyền.
Theo Luật Thanh tra trước đây (2004) không quy định việc thành lập cơ quan thanh tra ở các Tổng cục, Cục và Chi cục nhưng thực tế đã có khơng ít Tổng cục, Cục, Chi cục thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành. Việc thành lập các cơ quan thanh tra này đã dẫn đến hoạt động thanh tra bị trùng lặp về phạm vi; làm tăng biên chế một cách khó kiểm sốt, hoạt động của các cơ quan thanh tra ngày càng phân tán, rời rạc. Tuy nhiên, nếu xóa bỏ các cơ quan thanh tra chuyên ngành ở các Tổng cục, Cục, Chi cục và giao toàn bộ chức năng thanh tra chuyên ngành cho Thanh tra Bộ/Sở để khắc phục nhược điểm này thì khơng hiệu quả. Bởi lẽ, nhiều Thanh tra Bộ/Sở không thể đảm nhận hết chức năng này vì nhiệm vụ thanh tra ngày càng lớn và số lượng biên chế lại có hạn chế. Từ những lý do trên, để đảm bảo yêu cầu xử lý nhanh
chóng, kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật và khắc phục được khó khăn trong thực tiễn, Luật thanh tra năm 2010 đã giao chức năng thanh tra chuyên ngành ở ngành, lĩnh vực cho các Tổng cục, Cục thuộc Bộ, Chi cục thuộc Sở thực hiện. Trong lĩnh vực GTVT, ngoài thanh tra Bộ/Sở GTVT thực hiện chức năng thanh tra chun ngành cịn có các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành như: Tổng cục Đường bộ Việt Nam;Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam và Cục Hàng hải Việt Nam;Chi cục Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam;….
Hơn nữa, việc giao chức năng thanh tra chuyên ngành cho Tổng cục, Cục, Chi cục phải xuất phát từ yêu cầu công tác quản lý hành chính nhà nước và các cơ quan nào được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành sẽ do Chính phủ quy định theo đề nghị của Tổng Thanh tra Chính phủ sau khi đã thống nhất với Bộ trưởng. Điều này có nghĩa là không phải bất kỳ Tổng cục, Cục thuộc Bộ, Chi cục thuộc Sở nào cũng được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành.
Ngoài ra, để tránh việc thành lập các cơ quan thanh tra ở các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Luật Thanh tra cũng khẳng định rõ các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành không thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành độc lập mà hoạt động thanh tra ở các cơ quan này do Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thực hiện. Nghĩa là Thủ trưởng cơ quan có trách nhiệm trực tiếp xây dựng kế hoạch thanh tra, quyết định thanh tra, thành lập Đoàn thanh tra, cử công chức thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kết luận thanh tra. Hoạt động thanh tra của các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chun ngành GGTVT do chính cơng chức của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành GTVT thực hiện.
Do những đặc thù của hoạt động GTVT mà công tác thanh tra chuyên ngành GTVT địi hỏi sự chính xác, cơng bằng, minh bạch và khách quan cao. Vấn đề đặt ra là để đảm bảo cho công tác thanh tra chun ngành GTVT thì cần phải có cơ chế xem xét, đánh giá việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn được giao của những cá nhân, cơ quan, tổ chức hữu quan. Vì vậy, cơng tác thanh tra hành chính do Thanh tra Bộ/Sở GTVT tiến hành nhằm bảo đảm các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn được giao. Hay nói cách khác thì cơng tác thanh tra hành chính do thanh tra Bộ/Sở GTVT tiến hành nhằm đảm bảo cho công tác thanh tra chuyên ngành GTVT hiệu quả hơn.
Từ những phân tích trên, có thể quan niệm rằng: “Thanh tra giao thông
vận tải là hoạt động xem xét, đánh giá, xử lý theo trình tự, thủ tục do pháp luật quy định đối với việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, cá nhân do Thanh tra Bộ/Sở GTVT và các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành tiến hành.”