Quyết định hình phạt đối với pháp nhân trong một số trường hợp đặc biệt như quyết định hình phạt trong trường hợp phạm nhiều tội, tổng hợp hình phạt của nhiều bản án.
Quy định tại Điều 86 BLHS năm 2015, theo đó phạm nhiều tội đối với pháp nhân có thể được hiểu là cá nhân đại diện thực hiện một hành vi cấu thành nhiều tội phạm hoặc thực hiện nhiều hành vi cấu thành nhiều tội vì vậy, pháp nhân phải chịu TNHS về nhiều tội phạm. Khi đó, việc quyết định hình phạt của Tòa án ngoài các căn cứ chung tại Điều 83 BLHS năm 2015, còn cần dựa vào các căn cứ bổ sung được ghi nhận tại Điều 86 BLHS năm 2015. Điều luật này chỉ rõ cách tổng hợp hình phạt với hình phạt chính tại khoản 1 và hình phạt bổ sung tại khoản 2. Theo đó, nếu các hình phạt đã tuyên là hình phạt tiền thì cộng lại thành hình phạt chung, hình phạt tiền không tổng hợp với các hình phạt khác. Nếu hình phạt đã tuyên là dình chủ hoạt động có thời hạn đối với từng lĩnh vực cụ thể thì không tổng hợp.
Một vấn đề đặt ra ở đây là trong trường hợp các hình phạt đã tuyên đều là đình chỉ hoạt động có thời hạn trong cùng một lĩnh vực thì tổng hợp
hình phạt như thế nào, có tổng cộng vào không, mức tối đa khi tổng hợp là bao nhiêu. Mặt khác, Điều 86 không đề cập đến hình phạt đình chỉ hoạt động vĩnh viễn, do vậy cần chỉnh sửa phù hợp vì chưa được hợp lý.
Trong các tội phạm mà pháp nhân phải chịu TNHS, nếu một tội bị áp dụng hình phạt đình chỉ hoạt động vĩnh viễn trong một lĩnh vực, hình phạt còn lại là đình chỉ hoạt động có thời hạn trong một lĩnh vực khác, thì hình phạt tổng hợp như thế nào. Hoặc pháp nhân phạm tội bị đình chỉ hoạt động vĩnh viễn trong một lĩnh vực và đối với tội khác họ bị đình chỉ hoạt động trong một lĩnh vực khác thì hình phạt tổng hợp ra sao. Chính vì vậy, theo tác giả cần phải có quy định cụ thể rõ ràng ghi nhận việc tổng hợp hình phạt đối với đình chỉ hoạt động vĩnh viễn. Điều này vừa đảm bảo căn cứ pháp lý chặt chẽ cho việc áp dụng pháp luật, vừa đảm bảo tính thống nhất các quy định của BLHS. Đối với hình phạt bổ sung, nếu các hình phạt đã tuyên là cùng loại thì hình phạt chung được quyết định trong giới hạn do BLHS quy định đối với hình phạt đó. Nếu hình phạt bổ sung là hình phạt tiền, thì các khoản tiền được cộng lại thành hình phạt chung. Nếu các hình phạt đã tuyên khác loại thì pháp nhân thương mại bị kết án phải chấp hành tất cả các hình phạt đã tuyên. Tuy nhiên, việc xác định hình phạt tuyên cùng loại khác loại chưa được xác định, hướng dẫn một cách rõ ràng, cần phải hoàn thiện để áp dụng pháp luật chính xác, thống nhất. Ví dụ như: Tòa án áp dụng cho pháp nhân một hình phạt bổ sung: một là, cấm huy động vốn dưới hình thức cấm phát hành, chào bán chứng khoán trong 2 năm; hai là, cấm huy động vốn khách hàng trong 2 năm, vậy hai hình phạt bổ sung này có được coi là cùng loại không?
Trong trường hợp pháp nhân thương mại đang chấp hành án mà lại bị đưa ra xét xử về một tội phạm khác thì Tòa án cần phải tiền hành hoạt động tổng hợp hình phạt của nhiều bản án. Tại Điều 87 BLHS năm 2015 quy định ba trường hợp tổng hợp hình phạt của nhiều bản án đối với pháp nhân thương mại tương tự như quy định đối với cá nhân phạm tội. Trong trường hợp pháp
nhân đang chấp hành án mà lại bị đưa ra xét xử về tội đã phạm trước khi có bản án này, Tòa án tổng hợp hình phạt theo cách tổng hợp hình phạt theo cách thức giống với việc tổng hợp với các nhân phạm tội. Tuy nhiên, hình phạt chung chưa được xác định đầy đủ và rõ ràng trong Điều 86 vì vậy dẫn đến khó khăn trong việc áp dụng Điều 87 quy định về thời hạn chấp hành hình phạt chung được trừ đi thời hạn chấp hành hình phạt của bản án trước đối với hình phạt đình chỉ hoạt động có thời hạn, cấm kinh doanh, cấm hoạt động trong một số lĩnh vực, cấm huy động vốn. Đối với trường hợp pháp nhân đang chấp hành bản án lại thực hiện hành vi phạm tội mới thì cũng có khó khăn tương tự.