Với chức năng được Luật Cạnh tranh quy định là quản lý cạnh tranh thì cơ quan quản lý cạnh tranh có trách nhiệm điều tra cả đối với những hành vi hạn chế cạnh tranh và hành vi cạnh tranh không lành mạnh. Cơ quan quản lý cạnh tranh là thiết chế đặc biệt, là yếu tố trung tâm của hiệu quả quản lý cạnh tranh. Qua thời gian hoạt động thực hiện chức năng, nhiệm vụ thì cơ quan này đã bộc lộ một số điểm hạn chế cần phải khắc phục để phù hợp với sự phát triển chung của kinh tế thị trường. Những kiến nghị này xuất phát từ thực trạng của cơ quan quản lý cạnh tranh để nâng cao năng lực quản lý cạnh tranh trước yêu cầu của đất nước trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay.
- Cơ quan cạnh tranh cần đảm bảo tính độc lập thể hiện trong vấn đề cân bằng giữa khả năng tiếp cận tới quy trình lập chính sách để bảo vệ cạnh tranh; đặc biệt ở khâu ra quyết định về vụ việc cạnh tranh. Thực tế hiện nay ở nước ta là cơ quan quản lý cạnh tranh cịn thiếu tính độc lập do trực thuộc cơ quan chủ quản là Bộ Công thương. Cơ quan quản lý cạnh tranh độc lập thì mới có đủ sức mạnh để thực thi các chính sách cạnh tranh. Bên cạnh đó, cần tiếp tục xây dựng quy trình làm việc minh bạch, xác định rõ vai trị của Bộ Cơng thương đối với hoạt động của cơ quan quản lý cạnh tranh. Bộ Công thương không nên can thiệp sâu vào hoạt động đặc thù của cơ quan quản lý cạnh tranh. Cơ quan quản lý cạnh tranh cũng nên có tính độc lập tương đối với các cơ quan nhà nước khác.
Vì vậy, kiến nghị hướng hồn thiện về vị trí của cơ quan quản lý cạnh tranh nên được quy định là cơ quan ngang Bộ trực thuộc Chính phủ (với đề
xuất này phải đi đôi với đề xuất sửa đổi Luật Cạnh tranh). Khi tách khỏi cơ quan chủ quản như hiện nay, cơ quan quản lý cạnh tranh sẽ đạt được sự độc lập nhất để hoàn thành trọng trách mà pháp luật giao cho. Tuy rằng khi xây dựng một cơ quan ngang Bộ Chi phí rất cao nhưng bù lại cơ quan quản lý cạnh tranh sẽ có được niềm tin từ phía cộng đồng doanh nghiệp nhất là các doanh nghiệp tư nhân, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngồi. Vị trí độc lập đó sẽ ngăn chặn sự độc quyền, dần xóa bỏ những hành vi vận động chính sách chạy theo lợi ích cục bộ của ngành, của các doanh nghiệp làm ăn không chân chính.
- Theo quy định tại Nghị định số 06/2006/NĐ-CP ngày 09/01/2006 của Chính phủ, cơ quan quản lý cạnh tranh Việt Nam được giao cho nhiều chức năng trong đó có chức năng thực thi pháp luật về chống bán phá giá, chống trợ cấp và tự vệ. Lý luận cho thấy chính sách cạnh tranh và chính sách phòng vệ thương mại là hai nội dung hoàn toàn khơng có mối quan hệ với nhau bởi vì: chính sách cạnh tranh điều chỉnh các mối quan hệ giữa các doanh nghiệp hoạt động trong nội bộ của quốc gia, cịn chính sách phịng vệ thương mại lại điều chỉnh các mối quan hệ giữa nước nhập khẩu với nước xuất khẩu. Bởi vậy, cơ quan quản lý cạnh tranh khơng nên có chức năng đối với phòng vệ thương mại [14]. Chức năng này nên được chuyển cho cơ quan khác để đảm bảo việc tập trung năng lực vào việc thực thi pháp luật cạnh tranh, quản lý cạnh tranh hiệu quả.
- Mở rộng quy mô của cơ quan quản lý cạnh tranh trên các nội dung về nguồn nhân lực, cơ cấu tổ chức và nguồn tài chính.
+ Về nhân lực: điều tra viên (những cán bộ hoạt động thực tiễn nhất) của cơ quan cạnh tranh cần nâng cao trình độ [33] để đáp ứng yêu cầu về khả năng phân tích cao, được tuyển dụng và đào tạo bài bản, mạnh về cả về chất lượng và số lượng theo yêu cầu của Điều 52 Luật Cạnh tranh. Đây là nhiệm vụ cấp bách, cần thiết. Số lượng các điều tra viên hiện tại của Cục Quản lý
cạnh tranh là hơn 20 người - q ít so với khối lượng cơng việc đặt ra. Trong kho đó tại nhiều nước thành viên của WTO, số lượng người chịu trách nhiệm điều tra liên quan đến những vụ việc cạnh tranh lên tới hàng trăm người như ở Hoa Kỳ, Canađa, Ấn Độ. Đào tạo nâng cao năng lực của điều tra viên có vai trị góp phần quyết định vào tính thực thi của pháp luật quản lý cạnh tranh.
+ Cơ cấu tổ chức: Do là cơ quan mới trong hệ thống các cơ quan nhà nước nên cần được củng cố về tổ chức, phân định rõ thẩm quyền nhằm loại bỏ những chồng chéo trong tiến hành công việc giữa các đơn vị, thực hiện nhiệm vụ hiệu quả và thống nhất.
+ Nguồn tài chính: tính chất lưỡng tính của cơ quan quản lý cạnh tranh (vừa là cơ quan hành pháp, vừa là cơ quan xét xử) tạo ra khó khăn trong sử dụng kinh phí. Nếu cơ quan quản lý cạnh tranh trực thuộc Chính phủ sẽ đảm bảo được tính độc lập, tự chủ trong huy động các nguồn thu, sử dụng kinh phí phục vụ cho các cơng tác chun mơn đặc biệt.
- Nên giới hạn thẩm quyền của Cục Quản lý cạnh tranh ở phạm vi chỉ xử lý các vụ việc cạnh tranh không lành mạnh mà gây hậu quả chủ yếu đến các doanh nghiệp khác. Với những vụ việc cạnh tranh không lành mạnh mà hậu quả gây chủ yếu đến người tiêu dùng thì giao cho cơ quan chuyên về bảo vệ người tiêu dùng. Điều này xuất phát từ yêu cầu nâng cao chất lượng cho việc xử lý các vụ việc cạnh tranh không lành mạnh và tạo được sự chuyên mơn hóa của cơ quan Quản lý cạnh tranh Việt Nam.
- Cơ quan quản lý cạnh tranh cần nâng cao tính năng động, linh hoạt trong xử lý công việc, từ đó nắm bắt được những biến đổi liên tục của thị trường để quá trình hoạt động quản lý cạnh tranh sinh động và hiệu quả. Cần quy định trong Luật để Cục có trách nhiệm chủ động điều tra các vụ việc bởi vì thực tế Cục Quản lý cạnh tranh khơng thể can thiệp, tác động trực tiếp đến hoạt động của doanh nghiệp nếu như doanh nghiệp khơng có vi phạm.
- Xây dựng cơ chế phối hợp giữa cơ quan quản lý cạnh tranh và cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan quản lý chuyên ngành [11]. Làm rõ mối quan hệ giữa cơ quan quản lý cạnh tranh và cơ quan quản lý ngành như Cục Điều tiết Điện lực, Cục Quản lý Dược, Bộ Bưu chính Viễn thơng, Ngân hàng Nhà nước, Cục Sở hữu trí tuệ, Bộ Y tế... để tránh chồng chéo về thẩm quyền xử lý vụ việc cạnh tranh. Thiết lập được mối quan hệ giữa cơ quan quản lý chung và quản lý ngành thực hiện thông qua các cơ chế như thỏa thuận, hợp tác rõ ràng, minh bạch. Từ đó đưa ra những giải pháp để quản lý, xử lý nghiêm minh và kịp thời đối với các hành vi phi cạnh tranh, thiết lập nên môi trường cạnh tranh lành mạnh