Khi có đủ điều kiện giao dịch QSDĐ đồng thời các bên tham gia giao dịch đã kí kết hợp đồng hay văn bản thỏa thuận với nhau và được công chứng, chứng thực theo quy định của pháp luật, thì sau đó hợp đồng này phải được đăng ký tại cơ quan đăng kí đất đai và có hiệu lực kể từ thời điểm đăng ký vào sổ địa chính. Theo quy định tại Điều 79 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đất đai quy định về thủ tục giao dịch QSDĐ gồm các bước như sau:
Bước 1: Nộp hồ sơ
Người yêu cầu đăng ký biến động nộp 01 bộ hồ sơ theo quy định (trường hợp thực hiện quyền của người sử dụng đất đối với một phần thửa đất thì người sử dụng đất đề nghị Văn phòng đăng ký đất đai thực hiện đo đạc tách thửa đối với phần diện tích cần thực hiện quyền của người sử dụng đất trước khi nộp hồ sơ thực hiện quyền của người sử dụng đất).
Bước 2: Tiếp nhận và giải quyết hồ sơ
- Văn phòng đăng ký đất đai cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương sẽ thực hiện các công việc như sau:
+ Kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ;
+ Lập phiếu chuyển thông tin địa chính cho cơ quan thuế để xác định và thông báo thu nghĩa vụ tài chính đối với trường hợp phải thực hiện nghĩa vụ tài chính theo quy định.
Bước 3: Cơ quan thuế thực hiện xác định nghĩa vụ tài chính của người sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất
- Chi cục thuế quận, huyện thực hiện các công việc như sau (theo quy định tại Điều 63 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đất đai, được bổ sung khoản 4, khoản 5 vào Điều 63 về thời điểm tính thu tiền sử dụng đất và việc xác định giá đất để tính thu nghĩa vụ tài chính khi cấp lại Giấy chứng nhận đã cấp không đúng quy định của pháp luật tại Khoản 41 Điều 2 Nghị định số 01/2017/NĐ-CP ngày 06/01/2017 của Chính phủ:
+ Xác định nghĩa vụ tài chính, phí và lệ phí liên quan đến quản lý, sử dụng đất;
+ Thông báo việc thực hiện nghĩa vụ tài chính và hướng dẫn người sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất nộp theo quy định pháp luật.
Bước 4: Hoàn chỉnh hồ sơ trình Sở Tài ngun và Mơi trường ký cấp giấy chứng nhận
- Văn phòng đăng ký đất đai thực hiện công việc sau:
+ Tiếp nhận chứng từ đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính của người sử dụng đất, cập nhật, hồn chỉnh tờ trình, giấy chứng nhận.
+ Xác nhận thay đổi vào giấy chứng nhận đã cấp hoặc lập hồ sơ trình Sở Tài ngun và Mơi trường cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất đối với trường hợp phải cấp lại giấy chứng nhận theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường
Bước 5: Trả kết quả hồ sơ
- Cập nhật bổ sung việc cấp giấy chứng nhận vào hồ sơ địa chính, cơ sở dữ liệu đất đai, sao y giấy chứng nhận, lập danh mục hồ sơ lưu trữ;
- Trao giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho người được cấp.
Trên thực tế, việc áp dụng trình tự thủ tục về thực hiện giao dịch QSDĐ vẫn còn những tồn tại bất cập cần được hoàn thiện để đảm bảo quyền tài sản, QSDĐ của người sử dụng đất, phát huy tối đa quyền năng mà họ được hưởng, điển hình một vấn đề được đề cập như sau:
Hiện nay, pháp luật không quy định người sử dụng đất sẽ nộp hồ sơ vào cơ quan cụ thể nào mà chỉ quy định “người sử dụng đất nộp 01 bộ hồ sơ thực
hiện quyền của người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất” theo khoản 1 Điều 79 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ. Điều này gây ra khơng ít khó khăn cho chủ thể sử dụng đất khi thực hiện thủ tục hành chính, bắt buộc họ phải đăng ký giao dịch QSDĐ vì ở mỗi địa phương quy định chi tiết khác nhau, làm tốn kém rất nhiều thời gian, công sức thậm chí là cả tiền bạc của người sử dụng đất chỉ để xác định nơi mình cần phải nộp hồ sơ.
Qua thực tiễn nghiên cứu trên Trang cơ sở dữ liệu quốc gia về thủ tục hành chính [52]:
- Thủ tục hành chính đối với lĩnh vực đất đai trong trường hợp giao dịch QSDĐ tại tỉnh Đồng Nai quy định người có yêu cầu nộp hồ sơ tại Trung tâm hành chính cơng tỉnh Đồng Nai, tại đây cơ quan này sẽ tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm hướng dẫn, kiểm tra tính pháp lý, tính đầy đủ của hồ sơ. Nếu hồ sơ đầy đủ hộp lệ, Trung tâm sẽ chuyển hồ sơ về Văn phòng đăng ký đất đai tỉnh thông qua nhân viên bưu điện.
- Thủ tục hành chính đối với lĩnh vực đất đai trong trường hợp giao dịch QSDĐ tại thành phố Hồ Chí Minh, người sử dụng đất sẽ nộp hồ sơ trực tiếp tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của Văn phòng đăng ký đất đai thành phố, đây là cơ quan tiếp nhận và thụ lý giải quyết hồ sơ.