Việc Hiến pháp quy định Viện Kiểm sát nhân dân trong cùng một
chương (Chương X) với Tòa án nhân dân là chưa phù hợp. Theo nhận thức chung về quy định tại Điều 126 Hiến pháp 1992, Viện Kiểm sát nhân dân được xem là một trong những cơ quan thực hiện quyền tư pháp, cùng chia sẻ quyền tư pháp với Toà án. Chúng ta nên quan niệm lại về hoạt động tư pháp. Thực ra, có một sự lẫn lộn đang diễn ra giữa khái niệm quyền hành pháp và quyền tư pháp. GS.TS. Nguyễn Đăng Dung cho rằng quyền hành pháp chính là quyền trình dự án luật và quyền lập quy và thứ ba là giám sát chính sách. Đây là hoạt động theo dõi, kiểu tra quá trình thực thi chính sách để đảm bảo cho mọi chủ thể hoạt động đúng với mục tiêu đã định. Nếu Chính phủ phát hiện có vi phạm pháp luật, tức là vi phạm vào chính sách đã được ấn định thì chính phủ có quyền xử lý hoặc đề nghị xử lý. Từ đó phát sinh ra các quyền trong hoạt động của Chính phủ là: thanh tra, điều tra, truy tố, thi hành án. Chính phủ là nguồn sinh ra luật và cũng là người chịu trách nhiệm thi hành các đạo luật đó, cho nên Chính phủ, trong quá trình điều hành xã hội theo luật, tức điều hành chính sách, tất yếu có quyền xử lý những hành vi vi phạm pháp luật. Do đó, điều tra, truy tố, thi hành án là những bộ phận cấu thành căn
bản của quyền Chính phủ. Như vậy, ở đây cho thấy trong mối tương quan với hoạt động tư pháp, hoạt động của chính phủ cũng vừa là ”đầu vào” và cũng vừa là ”đầu ra” cho hoạt động tư pháp. Chính phủ là người phát hiện ra những vi phạm pháp luật và đưa những vi phạm đó ra Tồ để tồ xét xử. Sau đó, cũng chính Chính phủ đem thi hành các bản án mà Toà đã tuyên. Như vậy, một bộ phận căn bản của quyền Hành pháp là quyền điều hành chính sách. Trong việc điều hành chính sách, khi hành pháp phát hiện ra những sai phạm thì Hành pháp đương nhiên có quyền xử lý hoặc đề nghị cơ quan tài phán đưa ra phán xét để mình đem thi hành. Do đó, điều tra, truy tố, thi hành án là bộ phận cấu thành của quyền Hành pháp chứ không phải của quyền Tư pháp. Cách hiểu này rất quan trọng, liên quan đến một số vấn đề về cải cách bộ máy nhà nước hiện nay ở Việt Nam. Khi hiểu điều tra và công tố là hoạt động hành pháp thì có nghĩa là hai hoạt động này khơng nêu cắt khúc thành những thiết chế độc lập mà nên nằm trong Chính phủ. Đây chính là cơ sở lý luận cần thiết cho việc chuyển Viện kiểm sát thành Viện công tố [18] trong tương lai.