Trong chế độ làm việc, Điều 115, Hiến pháp 1992 quy định một nguyên tắc quan trọng: “Những vấn đề quan trọng thuộc thẩm quyền của
Chính phủ phải được thảo luận tập thể và quyết định theo đa số”. Luật tổ
chức Chính phủ (Điều 32) đã cụ thể hóa “Chính phủ làm việc theo chế độ kết hợp trách nhiệm tập thể với việc đề cao quyền hạn và trách nhiệm cá nhân của Thủ tướng và mỗi thành viên Chính phủ”. Luật cũng quy định những vấn đề
mà Chính phủ phải thảo luận tập thể và biểu quyết theo đa số. Tuy nhiên, trên thực tế, nguyên tắc làm việc tập thể của Chính phủ khơng được tuân thủ nghiêm ngặt hoặc bị “biến tướng” bằng hình thức thảo luận qua phiếu xin ý kiến thành viên Chính phủ. Các câu hỏi trong Phiếu xin ý kiến, đơi khi, thiếu tính khoa học và chưa thể hiện một cách thực chất những vấn đề cần được tập thể Chính phủ giải quyết. Có phiếu chỉ gồm một câu hỏi duy nhất là “Đồng chí có đồng ý với việc ban hành văn bản hay không?”.
Một vấn đề khác cần được khắc phục hiện nay là sự vi phạm quy trình giải quyết cơng việc của Chính phủ nói chung và quy trình thơng qua văn bản của Chính phủ, nói riêng. Những biểu hiện cụ thể trong đó là: khơng thành lập Ban soạn thảo theo quy định của pháp luật; một số văn bản được phó thác cho một cơ quan chủ trì nên thể hiện tính cục bộ rõ nét; một số văn bản không được gửi thẩm định, không được gửi lấy ý kiến theo quy định nhưng vẫn được trình lên Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
Liên quan đến quy trình ban hành quyết định hành chính, cần lưu ý những hạn chế trong việc tổ chức lấy ý kiến về dự thảo quyết định là một biểu hiện của tính cơng khai trong hoạt động cơng vụ. Việc tổ chức lấy ý kiến hiện nay còn hạn chế về phạm vi, quy mô, đôi khi mang nặng tính hình thức và thậm chí có trường hợp né tránh cơng đoạn này. Kết quả là quyết định hoặc không được đưa vào đưa vào cuộc sống hoặc gây ra phản ứng của đối tượng thi hành.
Một biểu hiện đáng lo ngại khác trong phương thức hoạt động của Chính phủ là tình trạng giải quyết cơng việc không đúng thẩm quyền: Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ thay vì giải quyết cơng việc thuộc trách nhiệm của mình lại chuyển lên để Thủ tướng, Phó Thủ tướng giải quyết. Có những việc có lẽ cần được quy trách nhiệm cho một chủ thể thì lại được đề nghị để thành lập Uỷ ban liên ngành, gây ra tính hình thức và sự cồng kềnh bộ
máy, khó quy kết trách nhiệm cho một người cụ thể. Chính vì lẽ đó mà Quy chế làm việc của Chính phủ mới được ban hành đã có quy định khá đặc biệt và khó lý giải dưới góc độ kỷ luật hành chính là “Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ phải thực hiện đúng quyền hạn được giao…, không chuyển công việc thuộc chức năng, thẩm quyền của mình lên Thủ tướng Chính phủ hoặc cho các cơ quan khác và cũng không giải quyết các công việc thuộc thẩm quyền của cấp dưới, của cơ quan khác” (Điều 6, khoản 2).
Đề cập tới hạn chế trong phương thức làm việc của Chính phủ, khơng thể khơng nói tới tình trạng uỷ quyền một cách tràn lan và thiếu căn cứ như hiện nay. Có một số văn bản quy phạm pháp luật được ban hành dưới hình thức quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ lại được uỷ quyền cho Phó Thủ tướng ký. Tương tự như vậy với các văn bản quy phạm pháp luật của Bộ, cơ quan ngang Bộ và Uỷ ban nhân dân. Đây là một nguyên nhân dẫn đến sự mâu thuẫn, chồng chéo trong hệ thống văn bản pháp luật.
Hiện nay, ngoài sự tham mưu của các Bộ, cơ quan ngang Bộ là những chủ thể quản lý nhà nước, Thủ tướng Chính phủ cịn có khả năng tranh thủ ý kiến của các tổ chức tư vấn riêng của mình và những cá nhân có liên quan. Tuy nhiên, phương thức hoạt động của các tổ chức tư vấn còn thiếu rõ ràng và chồng lấn lên chức năng quản lý Nhà nước của các cơ quan của Chính phủ (chẳng hạn như một số Ban nghiên cứu, tổ chức tư vấn trực thuộc Thủ tướng lại dự kiến được trao những thẩm quyền như những cơ quan quản lý Nhà nước).
Từ việc phân tích những hạn chế về tổ chức và phương thức hoạt động của Chớnh phủ, cần phát hiện những nguyên tắc và u cầu hồn thiện thiết chế nói trên nhằm đáp ứng tiêu chí và đặc điểm của một nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa.