Vị trí của một cơ quan trong cấu trúc thực hiện quyền lực nhà nước là địa vị chính trị của cơ quan đó trong bộ máy nhà nước. Vị trí của cơ quan trong bộ máy nhà nước chủ yếu thể hiện mối quan hệ chính yếu, mối quan hệ nổi bật nhất, mối quan hệ dẫn tới sự tồn tại của cơ quan đó trong bộ máy nhà nước.
Về xu hướng hồn thiện vị trí, tính chất pháp lý của Chính phủ hiện có nhiều luồng ý kiến. Có ý kiến cho rằng, khơng nên đặt vị trí của Chính phủ là “Cơ quan hành pháp” mặc dù trên thực tế hai thuật ngữ “Cơ quan chấp hành của Quốc hội” và “Cơ quan hành pháp” không hàm chứa nhiều khác biệt về nội dung. Bởi lẽ, nếu đặt vị trí của Chính phủ là “Cơ quan hành pháp” dễ dẫn tới chỗ có thể liên tưởng rằng Bộ máy nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam được tổ chức theo nguyên tắc chủ đạo là nguyên tắc tam quyền phân lập trong khi thực tế không phải vậy. Nguyên tắc tam quyền phân lập cho dù áp dụng dưới hình thức và với mức độ nào đi chăng nữa cũng thường thể hiện một sự độc lập và cân bằng quyền lực tương đối giữa các nhánh quyền lập pháp, hành pháp và tư pháp. Kết quả là các nhánh quyền này hoặc ngang bằng nhau như trong chính thể cộng hịa Tổng thống, hoặc cân bằng và độc lập tương đối với nhau như chính thể cộng hòa Đại nghị, nơi mà nếu Chính phủ khơng đạt được sự tín nhiệm của Nghị viện thì hoặc Chính phủ sẽ phải từ chức hoặc Chính phủ có thể đề nghị Nguyên thủ quốc gia giải tán Nghị viện. Chính thể nước ta khơng được thiết kế theo cách như vậy. Nguyên tắc quyền lực thống nhất đặt Quốc hội vào vị trí cơ quan quyền lực nhà nước cao nhất. Nếu xảy ra trường hợp Chính phủ khơng đạt được tín nhiệm của Quốc hội thì Chính phủ sẽ bị bãi nhiệm chứ khơng có trường hợp Quốc hội bị
giải tán. Chính vì vậy, vị trí chính xác của Chính phủ trong cơ chế thực hiện quyền lực nhà nước ở Nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam là “Cơ quan chấp hành của Quốc hội”.
Bên cạnh đó, một học giả khác đã cho ý kiến rằng: “Thực ra, khái niệm “hành chính” là hệ quả của việc thực hiện chức năng hành pháp [25, tr.831]. Là “cơ quan chấp hành của Quốc hội”, quy định này phần nào mô tả một lĩnh vực của hành pháp, nhưng nếu hiểu rộng, Chính phủ với nhiệm vụ chấp hành và điều hành thì việc đưa các Luật, Nghị quyết của Quốc hội vào đời sống thực tế (hành pháp) nếu khơng có tổ chức, chỉ đạo, đưa ra các biện pháp cụ thể thì hoạt động chấp hành trở nên vơ nghĩa. Vì lẽ đó, khái niệm “hành pháp” ở đây tương đối rộng, cịn “hành chính” chỉ là hệ quả tất yếu của hành pháp khơng phải chỉ có Chính phủ thực hiện mà là của cả bộ máy nhà nước (Quốc hội, Tòa án, Viện kiểm sát cũng thực hiện hoạt động hành chính). Hơn nữa, việc chấp hành các Luật, Nghị quyết của Quốc hội cũng là việc tổ chức thực hiện và chỉ đạo điều hành toàn bộ nền hành chính từ trung ương đến địa phương trong thực hiện pháp luật. Liên quan đến chủ thể thực hiện quyền hành pháp, cần khẳng định rằng chỉ có Chính phủ (tập thể Chính phủ, đứng đầu là Thủ tướng) thực hiện quyền hành pháp. Bởi lẽ, toàn bộ hoạt động hoạch định chính sách, đường hướng phát triển của hệ thống quản lý nhà nước là do Chính phủ định hình và trình Quốc hội. Thực tế đã chỉ ra rằng, không một lĩnh vực nào của đời sống xã hội mà lại thiếu tiếng nói của Chính phủ. Tơi đồng ý với ý kiến trên của TS. Phạm Tuấn Khải. Do vậy để hoàn thiện Hiến phá p, cần quy đi ̣nh cụ thể hơn đi ̣a vi ̣ pháp lý của Chính phủ trong thực hiê ̣n quyền hành pháp trong cơ chế phân công quyền lực , phối hợp quyền lực, kiểm soát quyền lực theo chiều ngang giữa cơ quan hành pháp với các cơ quan lâ ̣p pháp, tư pháp . Do đó, cần thiết phải quy định : "Chính phủ là cơ
quan hành pháp và là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất của nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Viê ̣t Nam…”