3.1. ĐỐI TƯỢNG, ĐỊA ĐIỂM VÀ THỜI GIAN NGHIÊN CỨU 3.1.1. Đối tượng nghiên cứu
Chủng virus KTY-PRRS-06 được phân lập tại ổ dịch ở Hải Phòng năm 2015 và lưu trữ tại phòng Thí nghiệm trọng điểm CNSH Thú y - Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam.
3.1.2. Vật liệu nghiên cứu
* Mẫu virus nghiên cứu
Chủng virus KTY-PRRS-06 đã được phân lập được từ mẫu bệnh phẩm của lợn mắc PRRS được bảo quản ở phòng Thí nghiệm trọng điểm CNSH Thú y - Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam.
* Dụng cụ, máy móc, thiết bị
- Chai nuôi cấy tế bào, khay 24 giếng, khay 96 giếng, pipet.
- Tủ ấm 370C/ 5% CO2, nồi hấp, tủ sấy, tủ lạnh các loại: -40C, -200C, -800C, bình nitơ lỏng, kính hiển vi soi nổi, máy chụp ảnh tế bào...
- Sử dụng buồng cấy vô trùng, máy ly tâm lạnh, máy spin, vortex, máy lắc ấm, máy PCR,...
- Máy giải trình tự tự động Beckman Coulter CEQ 8000 (Mỹ), máy tính và các phần mềm xử lý dữ liệu như phần mềm CEQ 8000 (version 9.0), phần mềm Genetyx (version 5.0.4), MEGA5 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 5.10).
* Hóa chất, môi trường
- Tế bào Marc-145 được nuôi cấy trong bình nuôi (T25 hoặc T75) và trên khay 24 giếng.
- Hóa chất sử dụng trong nuôi cấy tế bào: Môi trường nuôi cấy DMEM, FCS, kháng sinh (Penicillin (100 U/µl), Streptomycin (100 µg/ml), EDTA, Trypsin, DMSO),…
- Các chất dùng để tách chiết RNA của virus: Trizol (1ml Trizol/2ml hỗn dịch), PCS, Chloroform, Iso-propy alcohol, Ethanol 70%.
3.1.3. Địa điểm nghiên cứu
- Bộ môn Bệnh lý Thú y - Khoa Thú y - Học Viện Nông nghiệp Việt Nam. - Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ sinh học Thú y - Khoa Thú Y - Học Viện Nông nghiệp Việt Nam.
3.1.4. Thời gian nghiên cứu
Từ tháng 9 năm 2015 đến tháng 6 năm 2016.
3.2. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU
3.2.1. Nghiên cứu một số đặc tính sinh học của chủng virus KTY-PRRS-06 qua 40 đời cấy chuyển trên môi trường tế bào Marc-145 qua 40 đời cấy chuyển trên môi trường tế bào Marc-145
- Hồ sơ giống virus KTY-PRRS-06 lựa chọn nghiên cứu. - Khả năng gây bệnh tích tế bào qua các đời cấy chuyển. - Hiệu giá virus KTY-PRRS-06 qua các đời cấy chuyển.
3.2.2. Nghiên cứu một số đặc tính sinh học phân tử của chủng virus KTY-PRRS-06 qua 40 đời cấy chuyển trên môi trường tế bào Marc-145 PRRS-06 qua 40 đời cấy chuyển trên môi trường tế bào Marc-145
- Giải trình tự gen ORF5 của chủng virus KTY-PRRS-06;
- So sánh trình tự nucleotide của đoạn gen ORF5 của chủng virus KTY- PRRS-06 qua các đời cấy chuyển.
- So sánh trình tự axit amin của đoạn gen ORF5 của chủng virus KTY- PRRS-06 qua các đời cấy chuyển.
- Xây dựng cây sinh học phân tử thể hiện mối quan hệ di truyền của chủng virus KTY-PRRS-06.
3.3. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU