Phần 4 Kết quả và thảo luận
4.3.4. Kết quả nghiên cứu so sánh trình tự axit amin của virus KTY-PRRS-
06 qua các đời cấy chuyển
Những sai khác về trình tự nucleotide của bộ ba mã hóa có thể dẫn đến những sai khác về thành phần axit amin (cứ 3 nucleotide mã hóa cho một axit amin - 3 nucleotide này được gọi là bộ 3 mã hóa) tuy nhiên cũng có những sự thay đổi về nucleotide mà không dẫn đến sự thay đổi về axit amin do một số axit amin có thể do nhiều bộ ba nucleotide cùng mã hóa. Chính vì vậy, đôi khi sự sai khác về nucleotide lại không dẫn đến sự sai khác về axit amin nên không làm thay đổi cấu trúc của protein được mã hóa bởi gen.
Tuy nhiên, có những sai khác về nucleotide sẽ dẫn đến những sai khác trong bộ 3 mã hóa và hệ quả là sự sai khác axit amin và có thể thay đổi cả tính chất của protein được tạo ra bởi axit amin này và đây là nguyên nhân phát sinh các biến dị di truyền thay đổi tính gây bệnh của virus.
Để nghiên cứu toàn diện về đặc tính sinh học phân tử của các chủng virus KTY-PRRS-06 thì sau khi xác định được trình tự nucleotide cần xác định tiếp thành phần axit amin của đoạn gen đó để có kết quả chính xác về sự biến đổi ở mức độ phân tử của chủng virus KTY-PRRS-06 qua các đời cấy chuyển.
Từ các trình tự nucleotide của đoạn gen thu được, tiến hành xác định trình tự axit amin của đoạn gen ORF5 dựa trên bộ mã của vi khuẩn bậc thấp (Bacterial code) có trong ngân hàng gen và so sánh trình tự axit amin của chủng virus KTY- PRRS-06 qua các đời cấy chuyển. Kết quả so sánh được trình bày ở hình 4.12 dưới đây.
Hình 4.12. So sánh trình tự axit amin của chủng KTY-PRRS-06 ở các đời cấy chuyển
Qua hình 3.12 chúng tôi thấy trình tự axit amin trong đoạn gen ORF5 của chủng virus KTY-PRRS-06 ở các đời nghiên cứu có kích thước 200 axit amin.
Cũng giống với trình tự nucleotide, trình tự axit amin trong đoạn gen ORF5 của chủng virus KTY-PRRS-06 ở đời P0 và đời P10 giống nhau; đời P20, P30 và P40 giống nhau.
Sự sai khác diễn ra giữa đời P0, P10 so với các đời P20, P30, P40 được thể hiện ở bảng 4.10.
Bảng 4.10. Sai khác về vị trí axit amin ở các đời của chủng KTY-PRRS-06 STT Vị trí sai khác P0 P10 P20 P30 P40 STT Vị trí sai khác P0 P10 P20 P30 P40 1 33 N N D D D 2 59 K K N N N 3 94 P P A A A 4 96 G G V V V 5 164 G G R R R 6 196 Q Q L L L
Qua bảng 4.10 chúng tôi thấy, sai khác về trình tự axit amin của chủng KTY- PRRS-06 ở các đời P0 và P10 so với đời P20, P30 và P40 tại 6 vị trí gồm axit amin thứ 33 (N ↔ D); axit amin thứ 59 (K ↔ N); axit amin thứ 94 (P ↔ A); axit amin thứ 96 (G ↔ V); axit amin thứ 164 (G ↔ R); axit amin thứ 196 (Q ↔ L).
Từ kết quả so sánh cho thấy trong thành phần axit amin ở các đời cấy chuyển của chủng virus này không có sự thay đổi hoặc có sự thay đổi không đáng kể.
Kết quả giải trình tự đoạn gen ORF5 của chủng virus KTY-PRRS-06 và trình tự axit amin tương ứng được xác định, chúng tôi thu thập và sử dụng chương trình Genetyx để so sánh tỷ lệ đồng nhất về thành phần axit amin của chủng virus KTY-PRRS-06 qua các đời cấy chuyển. Kết quả được trình bày ở bảng 4.11.
Bảng 4.11. So sánh sự tương đồng về axit amin của virus KTY-PRRS-06
các đời cấy chuyển
P0 - ORF5 P10 - ORF5 P20 - ORF5 P30 - ORF5 P40 - ORF5
P0 - ORF5 100,00
P10 - ORF5 100,00 100,00
P20 - ORF5 96,88 96,88 100,00
P30 - ORF5 96,88 96,88 100,00 100,00
Qua bảng 4.11 cho thấy sau khi cấy chuyển qua 40 đời đối với chủng virus KTY-PRRS-06 thì sự tương đồng về axit amin cũng đạt tỷ lệ khá cao. Cụ thể, mức tương đồng về trình tự axit amin của đoạn gen ORF5 ở đời P0 và P10 là 100%; ở các đời P20, P30 và P40 là 100%; ở các đời P0 và P10 so với các đời P20, đời P30, đời P40 là 96,88%.
Tóm lại, từ kết quả phân tích thành phần nucleotide, axit amin và so sánh giữa các đời cấy chuyển của chủng virus nghiên cứu chúng tôi nhận thấy trình tự nucleotide và axit amin của các đời cấy chuyển không có sự sai khác hoặc có sự sai khác không đáng kể. Điều đó chứng tỏ rằng chủng virus KTY-PRRS-06 có sự ổn định về đặc tính di truyền giữa các đời cấy chuyển.